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标题: 求助：能量最小化后小分子中的键发生错配 [打印本页]

作者
Author: 芮啦 时间: 2023-12-14 11:34
标题: 求助：能量最小化后小分子中的键发生错配
各位老师好，我有两个多酚与金属离子形成配合物，使用Gaussian做了优化加振动分析，并使用sobtop生成了GAFF力场下的.itp文件。在用Gromacs进行MD模拟过程中，在能量最小化之后，出现以下提示。查看能量最小化后的结构，发现分子上的键发生了错配，如红框所示，羟基与羰基上的O连在了一起，麻烦各位老师帮忙分析一下出错的原因，不胜感激

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-14 13:24
确保结构文件的原子顺序和拓扑文件对应关系没错，并且自行检查羟基部分相关参数试图弄清楚原因
排查方式和思路在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说了

作者
Author: 芮啦 时间: 2023-12-14 13:44

sobereva 发表于 2023-12-14 13:24
确保结构文件的原子顺序和拓扑文件对应关系没错，并且自行检查羟基部分相关参数试图弄清楚原因
排查方式和 ...

谢谢sob老师，我按照您提供的方法排查一下问题

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