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标题: 求助：gromacs中itp文件对应到in文件中出错 [打印本页]

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Author: sj12138 时间: 2023-12-14 23:15
标题: 求助：gromacs中itp文件对应到in文件中出错
各位老师，我是想将我gromacs的oplsaa力场中的itp文件的参数对应到in文件中，我使用的是msi2lmp将pdb文件转换为data文件。然后自行将itp文件中的力场参数写入in文件的方法。我遇到了以下两个问题

1，itp文件中的二面角是RB二面角类型，但是我在lammps手册上并没有找到这类二面角类型，那么这类型的二面角参数应该如何写入in文件中？

2.我在gromacs的itp文件中并没有出现improper项，但是我转换为的data文件中出现了improper项（cvff），这是什么原因那？应该怎么解决那？如何找到对应的参数写入in文件中呢？

麻烦各位老师不吝赐教，十分感谢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-15 18:52
1. 转成opls形式或者用nharmonic形式。
2. improper主要是维持平面结构，cvff给一个5左右的力常数基本就行。

作者
Author: sj12138 时间: 2023-12-15 20:28
本帖最后由 sj12138 于 2023-12-15 20:30 编辑

slxc920113 发表于 2023-12-15 18:52
1. 转成opls形式或者用nharmonic形式。
2. improper主要是维持平面结构，cvff给一个5左右的力常数基本就行 ...

十分感谢您的回复，但是我依旧有3个问题想请教您

1.转成opls形式的时候由于rb二面角类型是C0-5，一共5个参数（C5=0），但是opls形式只有K1-4一共四个参数，会出现通过opls形式可以转换为rb形式，但是rb在反推opls时出现一个K能推出两个数的情况，这样的话怎么解决那？

2.如果使用nharmonic形式的话是不是rb的C0等于A1以此类推，C5等于A6，n=6那？而rb形式的参数只需要转换为lammps对应的单位就可以对吗？

3.cvff格式按照手册需要提供K d n三个量，您说的5的力常数我理解为K，那么d和n应该怎么取值那？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-15 22:47
本帖最后由 slxc920113 于 2023-12-15 22:49 编辑

1. OPLS转RB的数学公式，反过来你倒推一下公式。

2. RB形式中psi=180-phi，根据三角函数公式，前面的系数正负号注意变换。

3. n=2，d=-1

作者
Author: sj12138 时间: 2023-12-16 14:57

slxc920113 发表于 2023-12-15 22:47
1. OPLS转RB的数学公式，反过来你倒推一下公式。

第二条和第三条都明白了，十分感谢老师的指点。

对于第一条我是知道这个数学公式的，但是我通过F可以推导出C但是通过C反推F的时候是不是只能通过C0、C1、C2、C3这4个式子推导那？因为如果要是使用中间的四个等式的话会出现将推导出的F2 F1 F3代入到C0等式时和C0数对不上的情况

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