计算化学公社

标题: 各位大神好，有个GROMACS 关于RMSD的问题请教下大家 [打印本页]

作者
Author: hf.li 时间: 2023-12-15 10:02
标题: 各位大神好，有个GROMACS 关于RMSD的问题请教下大家
复合物：最小二乘法（Backbone），RMSD计算（Protein_ligand）
蛋白Nit20：最小二乘法（Backbone），RMSD计算（Backone，其实protein也选过和Backone差别不大）
配体S1：最小二乘法（ligand），RMSD计算（ligand）

我这里有三个问题：1这个情况是否说明小分子与蛋白都相对稳定了，但是结合状态不太稳定；2.如果想整个complex稳定，该怎么办；3是否能通过过程判断当前这个结合位置不是最佳？
希望大家解答下，感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 20:56
complex波动那么大明显离谱，结合轨迹搞清楚是什么原因导致的，诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越所致。始终不要只看RMSD而不看轨迹

作者
Author: hf.li 时间: 2023-12-18 09:05

sobereva 发表于 2023-12-15 20:56
complex波动那么大明显离谱，结合轨迹搞清楚是什么原因导致的，诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越 ...

好的，sob老师，我先根据轨迹看一下吧，这里所有的RMSD用的都是原始的轨迹，没有经过trjconv命令处理

作者
Author: hf.li 时间: 2023-12-18 09:16

sobereva 发表于 2023-12-15 20:56
complex波动那么大明显离谱，结合轨迹搞清楚是什么原因导致的，诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越 ...

sob老师，我用两次trjconv命令处理后得到的fit.xtc文件去跑rmsd发现结果变成现在这样了，那我们以后看rmsd输入的xtc文件是要trjconv处理后的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-18 23:32

hf.li 发表于 2023-12-18 09:16
sob老师，我用两次trjconv命令处理后得到的fit.xtc文件去跑rmsd发现结果变成现在这样了，那我们以后看rms ...

通常不需要特殊处理，看如果蛋白质-配体复合物的模拟中途有一部分由于PBC记录原因跑到盒子另一头了，则需要处理以保持复合物的完整。下文专门说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: hf.li 时间: 2024-1-3 15:35

sobereva 发表于 2023-12-18 23:32
通常不需要特殊处理，看如果蛋白质-配体复合物的模拟中途有一部分由于PBC记录原因跑到盒子另一头了，则需 ...

好的，清晰了许多，谢谢您

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