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标题: 高斯两种方式优化几何结构能量相差很大 [打印本页]

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-6 21:31
标题: 高斯两种方式优化几何结构能量相差很大
我用高斯优化好一个二重态的结构，想算一下四重态的结构，但是我用两种方法计算的结果不一样，一种是考取二重态的.chk文件计算四重态的能量为（HF=-2787.9442），另一种是将二重态生成的.log文件重新生成坐标计算四重态（HF=-2787.9556），能量相差很大，哪一种方法更合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-6 23:51
意义不明。你要得到四重态结构，一般过程是gview打开二重态的out文件，保存成新输入文件，写上opt关键词，自旋多重度设4，然后做优化。
无论是gview打开二重态优化后的chk还是输出文件，看到的结构都是相同的，按上述操作得到的四重态的结构和能量也是相同的。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-10-7 09:18

sobereva 发表于 2016-10-6 23:51
意义不明。你要得到四重态结构，一般过程是gview打开二重态的out文件，保存成新输入文件，写上opt关键词， ...

我明白她的意思，就是一种方法是大博士你说的方法，还有一种就是用.chk文件，只是把输入文件中的多重度由2变成4，利用.chk文件读取几何和初猜进行优化，这两种方式得到的能量不一致

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-7 09:42

sobereva 发表于 2016-10-6 23:51
意义不明。你要得到四重态结构，一般过程是gview打开二重态的out文件，保存成新输入文件，写上opt关键词， ...

老师，我是想比较一下哪个基态更稳定，但是不同的计算方法计算四重态得到的能量结果差很大，我也觉得不管用哪种方法计算得到的能量正常应该是相同的，但是我现在遇到的这种情况不知道应该怎么解释，为什么同一个结构计算四重态时能量会不一样。

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-7 09:43

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 09:18
我明白她的意思，就是一种方法是大博士你说的方法，还有一种就是用.chk文件，只是把输入文件中的多重度由 ...

多谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 11:16

嘟嘟的小木鱼发表于 2016-10-7 09:42
老师，我是想比较一下哪个基态更稳定，但是不同的计算方法计算四重态得到的能量结果差很大，我也觉得不管 ...

说能量前你先确保两个计算最终用的结构是相同的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 11:17

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 09:18
我明白她的意思，就是一种方法是大博士你说的方法，还有一种就是用.chk文件，只是把输入文件中的多重度由 ...

结果肯定是完全一致的，肯定是最基本的操作没弄对，或者数据都没读对。
直接从chk里读结构，和gview取优化最后一帧的结构，完全是相同的初猜。

作者
Author: helpme 时间: 2016-10-7 11:38
可能从多重度2的chk中读取了guess=read，而另一个方法用默认的初始guess。
这样虽然多重度都是4，但是可能电子态不一样，所以能量不一样很正常。
从目前看，第二种方法得到的能量低（这里赞一下楼主，第一次提问就把能量贴出来了，而不是简单说哪个高哪个低），第二种方法的结果应该更好。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-10-7 11:57

sobereva 发表于 2016-10-7 11:17
结果肯定是完全一致的，肯定是最基本的操作没弄对，或者数据都没读对。
直接从chk里读结构，和gview取优 ...

我的理解是这样的，在二重态优化完成之后
方法一：利用.chk，geom=check guess=read fopt 0 4
方法二：读取优化好的二重态.log文件生成.com文件后 fopt 0 4这两者之间存在能量不一致，是否应该在方法一里去掉guess=read？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 13:15

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 11:57
我的理解是这样的，在二重态优化完成之后
方法一：利用.chk，geom=check guess=read fopt 0 4
方法二： ...

fopt应当写opt，f是多余的。

guess=read纯属多余，自旋多重度都不同，拿二重态的轨道当初猜不会有任何益处。

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-7 14:12

helpme 发表于 2016-10-7 11:38
可能从多重度2的chk中读取了guess=read，而另一个方法用默认的初始guess。
这样虽然多重度都是4，但是可能 ...

我知道了，谢谢您的回复

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-7 14:13

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 11:57
我的理解是这样的，在二重态优化完成之后
方法一：利用.chk，geom=check guess=read fopt 0 4
方法二： ...

抱拳，多谢！！！

作者
Author: 嘟嘟的小木鱼 时间: 2016-10-7 14:13

sobereva 发表于 2016-10-7 13:15
fopt应当写opt，f是多余的。

guess=read纯属多余，自旋多重度都不同，拿二重态的轨道当初猜不会有任何 ...

谢谢老师，我知道了。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-10-7 14:15

sobereva 发表于 2016-10-7 13:15
fopt应当写opt，f是多余的。

guess=read纯属多余，自旋多重度都不同，拿二重态的轨道当初猜不会有任何 ...

老师，guess=read只有自旋多重度一致的时候使用还是什么情况下都不要使用？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 14:29

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 14:15
老师，guess=read只有自旋多重度一致的时候使用还是什么情况下都不要使用？

一般情况下，电子态和之前chk的情况一样的时候才用，否则并不会比默认的初猜更好而节约时间，有害无益。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-10-7 14:36

sobereva 发表于 2016-10-7 14:29
一般情况下，电子态和之前chk的情况一样的时候才用，否则并不会比默认的初猜更好而节约时间，有害无益。

也就是说，只有自旋多重度一致的时候使用为佳？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 15:18

我本是个娃娃发表于 2016-10-7 14:36
也就是说，只有自旋多重度一致的时候使用为佳？

对

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-10-7 17:24

sobereva 发表于 2016-10-7 15:18
对

感谢大博士社长

作者
Author: lige1018 时间: 2019-8-14 21:07
我也出现了这个问题，read chk做的单点计算，和保存log坐标做的单点计算，电荷和多重度没变，但是得到的两个能量不一样，我也不知道原因。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-14 21:40

lige1018 发表于 2019-8-14 21:07
我也出现了这个问题，read chk做的单点计算，和保存log坐标做的单点计算，电荷和多重度没变，但是得到的两 ...

大概率是两种做法收敛到了不同的SCF解上，这对于自由基、过渡金属很常见，因为它们经常有不止一个SCF解。没有合适的初猜下，直接算，得到的结果可能不是正确的。

作者
Author: lige1018 时间: 2019-8-14 22:50

zjxitcc 发表于 2019-8-14 21:40
大概率是两种做法收敛到了不同的SCF解上，这对于自由基、过渡金属很常见，因为它们经常有不止一个SCF解。 ...

谢谢回复，我的体系里面有Fe。我之所以想保存log里面的坐标，是想加上一些键做单点，但是做完单点，能量和键都变了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-15 09:18

lige1018 发表于 2019-8-14 22:50
谢谢回复，我的体系里面有Fe。我之所以想保存log里面的坐标，是想加上一些键做单点，但是做完单点，能量 ...

非单重态的过渡金属要尤其小心：（1）检查算完之后分子轨道（尤其是单占据轨道）是否符合预期，还是收敛到了别的SCF解上；（2）检查波函数是否稳定，即用stable=opt看能量是否会继续下降；（3）经常还要使用片段组合波函数来构造初猜，见http://sobereva.com/82及http://gaussian.com/afc/。

PS：“加上一些键做单点”这个话有歧义，如果只是添加GV里显示的化学键，结果是一样的，这样做没有意义。你想说的是更换取代基吧

作者
Author: lige1018 时间: 2019-8-15 16:21

zjxitcc 发表于 2019-8-15 09:18
非单重态的过渡金属要尤其小心：（1）检查算完之后分子轨道（尤其是单占据轨道）是否符合预期，还是收敛 ...

谢谢您的回复，学习到了很多。我发现我自己加键没有意义，软件能够显示键完全取决于软件自己的标准，所以优化后，键还是消失了。不过键的连接问题，我后期通过修改输入文件，自行添加bond解决了。谢谢您的帮助！

作者
Author: NB的随风 时间: 2023-5-13 09:31

sobereva 发表于 2016-10-7 14:29
一般情况下，电子态和之前chk的情况一样的时候才用，否则并不会比默认的初猜更好而节约时间，有害无益。

老师您好，刚看完这篇帖子，在这方面有些疑惑：使用B3LYP/6-31G*几何优化得到chk文件，接着如果换成B3LYP/def2-SVPD算单点，可以利用guess=read读取chk文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 16:13

NB的随风发表于 2023-5-13 09:31
老师您好，刚看完这篇帖子，在这方面有些疑惑：使用B3LYP/6-31G*几何优化得到chk文件，接着如果换成B3LYP ...

可以
至少比自动基于Harris泛函产生的初猜强

作者
Author: NB的随风 时间: 2023-5-13 16:40

sobereva 发表于 2023-5-13 16:13
可以
至少比自动基于Harris泛函产生的初猜强

感谢老师回复

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