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标题: 运行gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr 报错 [打印本页]

作者
Author: z1065480896 时间: 2023-12-15 10:49
标题: 运行gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr 报错
最近按照讲义做蛋白质与配体复合物模拟的动力学，做自己的体系，加水之后，运行这一步命令

gmxgrompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1

报错。各位老师帮忙看看，报错说54386行（我看就是SOL部分，不清楚具体什么原因）

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 11:49
[ molecules ]部分不要带莫名其妙的空行

[ moleculetype ]
; Name          nrexcl
LIG_GMX          3
Protein_chain_A    3

一个moleculetype怎么能定义俩分子。认真搞懂培训班里的例子和拓扑文件的逻辑

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