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标题: Gromacs联用Plumed后运行速度巨慢求助 [打印本页]

作者
Author: RAL 时间: 2023-12-15 11:49
标题: Gromacs联用Plumed后运行速度巨慢求助
【编译方法】
Plumed-2.8.1: GCC-9.3.0 + OpenMPI-4.1.4
Gromacs-2022.3: GCC-9.3.0，经上述Plumed-2.8.1 patch后，使用自带的threadMPI
gmx -version输出内容：
  GROMACS version: 2022.3-plumed_2.8.1
  Precision:       mixed
  Memory model:    64 bit
  MPI library:       thread_mpi
  OpenMP support:    enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 128)
  GPU support:       disabled
  SIMD instructions:  AVX2_256
  CPU FFT library: fftw-3.3.8-sse2-avx
  GPU FFT library: none

【计算体系和参数】
约1500原子的三维周期性盒子，GAFF力场，NPT系综

【计算结果】
均为单节点内CPU并行计算，使用2x Intel(R) Xeon(R) Gold 6126 CPU，24核，192GB内存。
不启用Plumed时，计算命令为 gmx mdrun -v -deffnm job_noplumed -ntmpi 1 -ntomp 24，Gromacs估测的速度为304.861 ns/day
按附件中的plumed.dat设置参数，启用Plumed后，设置环境变量export PLUMED_NUM_THREADS=24，计算命令为 gmx mdrun -v -deffnm job_withplumed -ntmpi 1 -ntomp 24 -plumed plumed.dat，Gromacs估测的速度骤降到0.156 ns/day，慢约两千倍

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2023-12-15 17:09
既然你是单节点，完全可以在编译plumed时关掉MPI啊。

我一般都是做一些Hamiltonian replica exchange时才会在编译plumed时支持MPI。

作者
Author: RAL 时间: 2023-12-15 19:48

Daniel_Arndt 发表于 2023-12-15 17:09
既然你是单节点，完全可以在编译plumed时关掉MPI啊。

我一般都是做一些Hamiltonian replica exchange时 ...

好的，我尝试一下，谢谢

作者
Author: RAL 时间: 2023-12-16 16:42

Daniel_Arndt 发表于 2023-12-15 17:09
既然你是单节点，完全可以在编译plumed时关掉MPI啊。

我一般都是做一些Hamiltonian replica exchange时 ...

您好，我尝试使用了不带MPI的Plumed，问题依旧

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