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标题: 请问gromacs里的dssp怎么用啊 [打印本页]

作者
Author: iscadye 时间: 2023-12-15 13:23
标题: 请问gromacs里的dssp怎么用啊
输入gmx do_dssp -s md20ns.tpr -f md20ns.xtc -o md1.xpm -sc md1.xvg的命令之后就会报错：
DSSP executable (/usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP)

请问这钟情况该如何解决，谢谢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-12-15 14:35
需要先安装dssp，然后把dssp的可以执行文件所在路径赋值给环境变量DSSP，然后才能用gmx do_dssp

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 20:25
要么把dssp可执行文件放到/usr/local/bin/，要么按楼上说的通过环境变量告诉程序dssp可执行文件在哪

作者
Author: iscadye 时间: 2023-12-19 16:49

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-15 14:35
需要先安装dssp，然后把dssp的可以执行文件所在路径赋值给环境变量DSSP，然后才能用gmx do_dssp

请问怎么赋值给环境变量DSSP啊

作者
Author: iscadye 时间: 2023-12-19 16:50

sobereva 发表于 2023-12-15 20:25
要么把dssp可执行文件放到/usr/local/bin/，要么按楼上说的通过环境变量告诉程序dssp可执行文件在哪

我试了一下，放不进去，但是他说的那种方法不太清楚怎么操作

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-12-19 20:00

iscadye 发表于 2023-12-19 16:49
请问怎么赋值给环境变量DSSP啊

把下面等号后面的部分换成dssp可执行文件的路径

export DSSP=/path/to/dssp

复制代码

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