计算化学公社

标题: VMD里输入指令topo retypedihedral报错求助 [打印本页]

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-15 14:14
标题: VMD里输入指令topo retypedihedral报错求助
我用packmol建模，然后根据帖子lammps和gromacs聚合物建模的方法 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)用vmd给原子附上电荷啥的，我输入指令topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下图，请问应该怎么弄，希望可以指导一下tcl脚本

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-12-15 14:34
少写了一个s
retypedihedrals

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-15 14:39

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-15 14:34
少写了一个s
retypedihedrals

谢谢老师，我刚刚也发现了问题的所在，请问您会写tcl脚本吗，我不太清楚脚本的结构写了一个简单的，您能帮我看一下吗

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-15 14:40

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:39
谢谢老师，我刚刚也发现了问题的所在，请问您会写tcl脚本吗，我不太清楚脚本的结构写了一个简单的，您能 ...

topo clearbonds
topo clearangles
topo cleardihedrals
topo clearimpropers

topo guessbonds
topo guessangles
topo guessdihedrals

topo retypebonds
topo retypeangles
topo retypedihedrals

mol reanalyze top
topo writelammpsdata mysystem.data

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 20:27
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “TKConsle输入” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 20:28

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:40
topo clearbonds
topo clearangles
topo cle ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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