公社群聊Q&A整理：2016.09.01 07 ~ 2016.09.07 23 Concate - 计算化学公社

2016.09.01 06:35:16
Q:
问下老师 I原子使用LanI08 基组报错，是不是基组写的不对Error reading general basis specification.
A:
自己去EMSL拷定义
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2016.09.01 06:36:03
Q:
[图片]请问这个报错是什么问题啊？
[图片]
A:
opt=cartesian
Q:
谢谢，是因为这几个报错的原子在同一平面上没办法继续优化么，所以用这个opt=cartesian么
A:
是因为排成了直线，没法定义二面角
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2016.09.01 06:37:16
Q:
Sob老师，您好，判断两个分子成键都有什么方法呢，QTAIM中存在键鞍点可以判断成键吗
A:
那叫键临界点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
是否成键和是否存在bcp没必然关系
怎么判断看具体类型
绘制ELF/LOL/能量密度图、计算键级、看键长和共价半径的关系等等都可以
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2016.09.01 17:49:51
Q:
请教老师及各位，我想在体系中对P使用赝势MWB10[图片]
而不是默认的SDD，但gaussian报错显示Consistency failure in GetPot 请问是怎么回事？
谢谢
我把Pd的SDD改为MWB28后也可以用了根据手册SDD和MWB28不是一回事吗？
A:
不要对P用赝势，前三周期元素都不要用。实在算不动就3-21G*
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2016.09.01 17:49:51
Q:
请问Sob老师及各位，我想画开壳层体系的orbital diagram，之前老师推荐我用multiwfn中的CAD，可是我画出之后[图片]，发现无法知道两个
Frag中的轨道对应哪个原子的哪个原子轨道。要获得具体原子轨道否该采用其他方法？
A:
用Multiwfn打开片段或复合物的.fch，用主功能0看相应编号轨道的形状
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.09.01 18:08:53
Q:
请教一下各位老师，对于过渡金属催化小分子的反应体系，寻找反应路径除了用B3LYP方法，还可以用哪些方法对比验证一下寻找路径的准确性呢？
还有不同的方法需要在相同的基组下吗？
A:
M06。最好在相同基组
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2016.09.01 18:25:01
Q:
请问有什么方法可以描述配合物中电子的流动方向呢？
[图片]
老师，我做了一个分子的dos图，是否可以说，空轨道态密度的峰值处电子跃迁的几率大呢？
A:
“跃迁的几率”具体指什么？意义不明
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2016.09.01 18:36:36
Q:
能量密度H能反映出什么
A:
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2016.09.01 19:01:29
Q:
这个不收敛有一个annihilation of the first spin contaminant@兰州大学_共振拉曼
这个情况怎么理解
还望各位帮忙啊
A:
annihilation of...这提示跟你的报错根本没关系
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2016.09.01 19:24:54
Q:
[图片]求解
You need to solve for more vectors in order to follow this state 有关于这方面的帖子没？
A:
增大nstates，还不行就减小maxstep
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2016.09.01 21:52:18
Q:
请问，用multiwfn做能量分解分析的时候，方法和基组的选择问题，是要试试多种方法和基组来选择结果最好的吗？我用B3LYP/6-31G(d，p)，出来
的结果并不好
A:
没必要测试。用一个最靠谱的级别就完了。
怎么不好？
Q:
恩，Sob老师，M06/def2tzvp这样的水平下优化的结果可靠吗
A:
没法说得很绝对。但至少基组已经超级可靠了
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2016.09.01 22:51:56
Q:
fortran给subroutine传入的参数是不是相当于传入了指针？因为运行结束后主程序里那些参数的值也变了…
subroutine和function有什么区别？
A:
是的。function是传值，subroutine是传址
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2016.09.01 23:03:42
Q:
老师，我有个体系含有32个原子（C、H、N），现在用CCSD/aug-cc-pvtz算二聚体的相互作用能[图片]，但总是[图片]这样结束，请问我可以把基组
改到aug-cc-pvdz能有帮助吗
A:
你这是CCSD(T)不是CCSD，后者算弱相互作用比
前者差得远。
这种体系根本别指望用当前级别。
aug-cc-pVDZ根本配不上CCSD(T)
后HF计算不要用conver=6
Q:
老师，我那个错误应该怎么解决呢，去掉conver=6就会出现L502错误。谢谢
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.09.01 23:23:49
Q:
请问一下，我计算离子液体与气体的相互作用，想要定性的看看到底阴、阳离子哪个起主要作用，是单独优化阴阳离子分别与气体的结构计算能量
，还是优化了整体离子液体与气体的结构后，然后分别去掉阴或者阳离子计算单点能查看好呢？
A:
都可以，取决于目的。和实验比用前者，纯理论研究相互作用能大多用后者
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2016.09.01 23:50:18
Q:
大神们，离域指数如何分析
A:
看Multiwfn手册4.17.1和4.17.2节的例子
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2016.09.01 23:51:19
Q:
老师请问高斯计算出来的电荷，单位是？
A:
如果指原子电荷，是e，即elementary charge
写a.u.也可以
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2016.09.01 23:53:33
Q:
老师请问TDA这个关键词的使用是把TD写为TDA就可以吗
A:
y
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2016.09.01 23:53:56
Q:
请问分别做两个方向的irc都是走向反应物的方向是什么原因呢？
A:
[图片]
[图片]
[图片]
Q:
老师这些我都用到了，但是还是走一个方向
A:
都用了哪些方法？
没看见我15:58:57发的图？
Q:
优化的时候加了calcall,做irc的时候也加了calcall
A:
calcall只是其中一种做法
还有加大步长呢
Q:
这个过渡态的结构是从文献里截取的
老师做irc的时候我加了iop(1/8=2)会不会有影响
A:
加它干嘛，跟IRC毛关系也没有
烂七八糟的IOp尽量少加
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2016.09.01 23:58:09
Q:
请问一下，谁知道Gaussian view 的序列号，是Gaussian09 软件包
我怎么也找不到，麻烦知道的给我说一下，谢谢
A:
[图片]
Q:
请问一下，谁知道Gaussian view 的序列号在哪找，是Gaussian09 软件包
A:
刚才不是都回了
到底是g09的还是gv的
Q:
Gv
A:
没看见我15:58:57发的图？
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2016.09.01 23:59:24
Q:
sob老师请问def2-TZVP 与 6-311+G（2d,p）在计算-2价阴离子时，哪个比较好
A:
算能量显然后者。前者没弥散
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2016.09.02 00:00:28
Q:
前者加个D是不是就是前者好了呢？
A:
y
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2016.09.02 00:02:18
Q:
老师，请问怎样用multiwfn测量σ-hole区域面积大小
A:
不要在论坛里和群里同时问同一个问题
群规里写了
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2016.09.02 00:04:37
Q:
[图片]老师好请问图中3dd是什么意思
A:
三重态的d-d跃迁
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2016.09.02 00:22:06
Q:
咨询一下，这个亚甲基蓝，我查到如
[图片]
那高斯view构建分子的时候，是需要画成离子？然后添加一个cl离子？谢谢指点
A:
gv画的是结构，没法指定是离子还是什么。电荷是你计算时候给整体设的
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2016.09.02 02:28:40
Q:
[图片]
问一下这个alpha和beta轨道是什么理论里有提到吗？这是一个doublet的分子，谢谢各位
呃...Hartree-Fock？
HF?
我去翻翻Atkins的物化教材谢谢您
A:
看量化书，甭看物化书
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2016.09.02 02:52:44
Q:
[图片]
欢迎加入------deleted------，一个科研平台，平台几乎每晚都有发红包
A:
字号不得超过12！
Q:
直答理工是什么意思
A:
还有，不要在本群做过多宣传，今天你已经发过三次相关信息了
Q:
/白眼哦想起了那个论坛里Gaussian都没拼对的招聘贴
A:
再发就要采取措施了
Q:
发红包什么的才
不像科研平台/抠鼻
A:
没错
学术交流不管是直接还是变相和钱挂勾儿早晚会变味儿
Q:
我认为这只是知识专利碎片化的一种思路，他们也在组织录一些教学视频，也在为解决科研问题做贡献，并且实现知识的价值。发红包只是初期招
揽的一种手段罢了@Sobereva
哈哈，被发现了
我认为知识的移动化、“微信化”对科研没什么好处。重要ASAP都有x-mol帮你翻译成中文看，看完了就觉得这篇文章啥都懂了竟然不再去看原文；
找人回答问题越来越方便、让某些人几乎失去了检索能力；让看本书、专著，甚至长一点的Review都难比登天。
附议
A:
+1
平时写作业用惯了各种解题神器app，一到考试就懵圈
Q:
科研肯定还是自己搞，没有人会去帮你发现问题，而是在你发现问题的时候，就差那么一个点的突破的时候有人可以推你一把
/强
A:
自己想方设法最终突破那个点，能力值的提升，以及获得的喜悦才是最多的。科研做深了，研究的问题越来越难越来越专，有能力帮助自己的人就
会越来越少甚至根本没有，乃至不管花多少钱悬赏求助都没人来帮。这时候能突破那个点的，只有靠自己；而突破的可能性，正来自于之前自己不断突
破难点历练出来的能力。
Full combo不了，花个30块钱，让别人代打；或者BOSS打不过，花个30块钱买个挂，打赢了有啥成就感。不靠自己突破极限就获得不了成长。
Q:
/强/强
言之有理
希望人人都能够读到心里去
A:
虽然我日复一日年复一年在网上回答各种问题，但也希望提问者别忘了我前面说的。靠过多的提问虽然往往很快获得了正确答案，但可能反倒害了
自己。
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2016.09.02 03:41:06
Q:
sob老师，您好，如果我的结构A-B，其中B只是一个原子，我能分别求A，B的单点，求相互作用能吗
A:
能
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2016.09.02 04:02:32
Q:
请问，带背景电荷做SCF跟没有背景电荷的SCF。是不是双电子积分没变啊？
A:
没变，只有核吸引势变了
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2016.09.02 04:09:17
Q:
问一个很基础的问题。做 MD 的时候为什么要做 cell optimization 呢？
A:
我倒没听说这条。
MD之前的优化主要就是免得跑崩了
Q:
是不是仅针对 NPT 系综而言才需要做 cell optimization 啊？
A:
也不是必须做
如果这个是指控压，允许调节盒子尺寸，那是得做。如果是指MD之前的极小化，那倒不需要
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2016.09.02 05:00:46
Q:
老师，按上述方法改了之后可以正确的打开了。数据正常了。但是在update HOMO LUMO信息的时候出现下列错误。应该怎么改？
[图片]
A:
要么计算时候去掉弥散函数，要么计算时用IOp(3/32=2)避免去除线性依赖基函数（可能造成数值不稳定），要么用Multiwfn看轨道和产生cube文件
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2016.09.02 05:13:17
Q:
老师，Multiwfn看轨道的图片能改的漂亮些吗[图片]
[图片]
改的和高斯差不多颜色
A:
调节显示方式，调光源，或者自行用VMD
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.09.02 05:13:27
Q:
[图片] sob老师这是什么原因呢
A:
明显路径输得不对
哪可能连后缀都没有
Q:
加入后缀也是一样的
A:
路径不对
连路径都不会输就把文件拖进去自动显示路径
Q:
我把整个拖进去，程序就关了
A:
如果拖进去之后两边有双引号去掉双引号，那是因为你的路径有空格造成的
Q:
所以才进行了几种尝试，按理说以前到这里会自动保存的
A:
路径输对了100%能正确载入
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2016.09.02 05:14:36
Q:
M062X有必要加色散矫正么，sob社长..
A:
有改进，不是必须
Q:
HF成分多了对弱相互作用就有改进..这样是合理的吧...
A:
和HF成份没直接关系
Q:
交换项不就包含弱相互作用了吗？
A:
色散作用靠相关项体现
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2016.09.02 06:03:58
Q:
老师，我优化高分子链中的一个重复单元，算出来两个螺芴之间的二面角是38度，但实验结果是135度，主要是什么原因，是选取的片段太小了么？
A:
可能没考虑和相邻链之间的相互作用
或者优化到了极小点而非最小点
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2016.09.02 06:35:11
Q:
大家知道有什么软件可以看电子云随时间的变化的吗谢谢
单看电子的动力学核不动
A:
octopus
Q:
nwchem 可以吗
A:
可以算，但可视化大抵得自己想办法
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2016.09.02 06:43:03
Q:
sob老师，你的初猜用的啥
A:
core
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2016.09.02 07:59:06
Q:
请问老师，我在def2-tzvp下找的过渡态、稳定构型和IRC，然后又用def2-TZVPPD优化了一遍过渡态和稳定构型，写文章的时候用def2-TZVPPD的构
型和能量有没有问题？
A:
无
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2016.09.02 08:00:17
Q:
感觉vmd画的分子图有点模糊，大家有没有同感？
比如[图片]
解决这个模糊的问题吗？
A:
模糊是你截图时候取的像素太小
Q:
pdf的问题么？
A:
什么pdf？
如果你把图粘到了word里，转换为pdf，转换时则可能会自动降低图像质量来减小体积
用诸如high quality print设定转换就没这个问题
Q:
噢
您真是神人
问题我还没想清楚呢就被您解答了
确实是word里很清楚打印成pdf就模糊了
可是怎么才能high quality print呢
我都是另存为adobe pdf，选项里没有调分辨率的
A:
[图片]
[图片]
Q:
插入图片呢？png的
A:
如果是word直接另存为就不知道了，我一直停留在2003
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2016.09.02 16:44:18
Q:
鈊無雜念撤回了一条消息
请问老师MP2/AVTZ频率矫正因子大约多少呢
A:
对于基频的校正因子是0.9598
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2016.09.02 17:30:26
Q:
sob老师，关于huckel初猜有什么资料可推荐吗
A:
看高斯手册里引的扩展休克尔的原文吧
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2016.09.02 18:01:41
Q:
各位老师请问.fch可以代替.wfn文件作为Multiwfn的输入吗？看前者包含的信息比wfn多如果可以就一直用高斯转fch格式用了
A:
输入文件怎么选者这里有详述
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.09.02 18:39:49
Q:
老师，SCF能外推时，aug-cc-pVxZ系列基组的a参数能用cc-pVxZ的么？
[图片]
A:
能
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2016.09.02 18:46:49
Q:
李老师，SOB老师讲义中说SMD最适合在M05-2X/6-31G*下使用，这个有没有具体的参考文献，我咱没搜到，您是否阅览过
A:
看SMD原文
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2016.09.02 19:30:53
Q:
请问sobmecp有个简单的说明吗？谢谢
A:
<font>go</font>ogle一搜立马就找到
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2016.09.02 21:30:53
Q:
请问老师，如果两个三重态为基态的分子发生加成反应，成为一个三重态为基态的复合物，那么是不是代表这个过程涉及势能面交叉？应该怎么计
算这个反应路径呢？
A:
显然会涉及。5重态和三重态上的反应路径都找出来，考虑其中交叉的可能。极小交叉点可以用sobMECP程序去找
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2016.09.02 22:14:08
Q:
用Gaussion算16个原子的UV-Vis光谱，TDDFT方法，态数设多少比较合适，求给个经验值
A:
跟体系具体类型和泛函有关。20个一般够了
Q:
老师，泛函wb97XD，基组631G*，计算16个原子体系的UV-Vis光谱，态数nstates=20就可以了吗
非共轭环状结构
想拟合完整的紫外-可见区吸收谱
P=O之间有共轭体系
20个可以吗
A:
一般可以
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2016.09.02 23:44:08
Q:
sob老师，ELF没有价Basin能说明没有键的作用吗
A:
没法这么说。更何况还有离子键
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2016.09.03 00:00:16
Q:
[图片]请问老师，我用Multiwfn中的CDA模块得出了左边的orbital diagram。现在我想知道两个Frag中分子轨道的原子轨道组成，因为体系复杂无
法从mutiwfn显示的图像推断。我发现CDA所得的轨道编号与NAOMO的一致，不知道是否可以参考对应于整个体系的NAOMO分析结果?
例如图中complex的轨道38，仅仅由Frag1的中的轨道23构成，检查NAOMO的分析结果，38轨道基本由3个原
子（都属于Frag1）的3个轨道成（组成相加=99.3），是否我可以说Frag1中的23是由这3个原子轨道构成？
A:
你就读取片段的fch文件，照常做轨道成分分析就完了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.09.03 00:28:06
Q:
各位老师，我的导师给我发了一张培训信息及其培训内容。不知道这个培训水平如何以及是否适合自己。想向各位老师请教一下。我目前课题内容
是使用Gaussian软件计算典型碳材料的吸附问题，可能将来会涉及到对化学反应的计算。我是纯工科专业，在实验课题组中，本科二年级开始跟着组里
唯一一个做计算化学的师兄讨论、学习Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods和高斯手册来学习计算化学。周围没有人了解计算
化学，但导师对计算化学很重视。因此想向大家请教一下，这个培训对自己是否有帮助，以及培训中涉及的
软件是否是否适合自己或者说是常用的。预先谢谢大家的帮助。
各位老师，我的导师给我发了一张培训信息及其培训内容。不知道这个培训水平如何以及是否适合自己。想向各位老师请教一下。我目前课题内容
是使用Gaussian软件计算典型碳材料的吸附问题，可能将来会涉及到对化学反应的计算。我是纯工科专业，在实验课题组中，本科二年级开始跟着组里
唯一一个做计算化学的师兄讨论、学习Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods和高斯手册来学习计算化学。周围没有人了解计算
化学，但导师对计算化学很重视。因此想向大家请教一下，这个培训对自己是否有帮助，以及培训中涉及的软件是否是否适合自己或者说是常用的。预
先谢谢大家的帮助。
A:
千万别去！这个破公司搞坑钱培训可坏了！
照这个博文去看培训通知，怎么看怎么假
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
量化培训参加科音的是最佳选择
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2016.09.03 02:28:14
Q:
sob老师
[图片]
此链接貌似有问题
http://www.tucao.tv/
而不是http://www.tucao.cc/
A:
链接后来变了
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2016.09.03 03:17:39
Q:
谢谢老师的回答。不好意思，想追问一下
您的意思是否是指通过CAD模块得到的片段的轨道无法再进一步切分得到原子轨道组成？
我是否能用整个配合物的NAO分析结果得到orbital diagram？NAO结果中能得到每个轨道的能量及组成的原子轨道，但却没法知道每个原子轨道的能
量大小，所以应该画不出来。。
A:
是CDA不是CAD
能分析片段轨道的成分啊，不是前面说了
不可能用NAO分析来得到轨道相互作用图
片段轨道必须是独立做SCF得到的，而不是对整个复合物波函数分析得到的
Q:
不好意思我可呢能没表达清楚
我是独立做的每个片段独立做了单点。对这些些片段fchk作分析，只能得到这些轨道中各个原子的成分，但却无法知道对应是这些原子的那些轨道
例如4f 5d等
A:
根据基组定义，加和对应原子轨道的那些基函数的贡献，这里说了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
Sob老师比如我采用NAO方法您的意思是对某个片段再次做一个pop=nboread的单点输出，然后再分析这样？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.03 03:40:23
Q:
计算完UV-Vis光谱之后，从log文件那一块看出态数设置是否足够
A:
看最大的激发能，是否足够高
----------------------------------------------------
2016.09.03 05:09:53
Q:
[图片]
LDOS中那个比色卡中两个极端色红色和蓝色代表什么，有啥意义呢
A:
life 显然是用来展现图中不同颜色处的数值大小
Q:
我可能没表达清楚，我实际上是想弄明白这些数字代表的含义，不像是电子密度，也不像能级大小
我可能没表达清楚，我实际上是想弄明白这些数字代表的含义，不像是电子密度，也不像能级大小
A:
就是单位能量及单位空间范围区间里能态的数目
Q:
“某空间内的态”是如何定义的？有什么相关资料推荐学习么？
A:
看multiwfn手册3.12.4节关于LDOS的说明
----------------------------------------------------
2016.09.03 08:19:19
Q:
初学计算过渡态，想请教大家一个问题。查资料时看到用QST2计算过渡态时，若为A+B-->C+D的反应，需要输入反应物和生成物的复合结构，是什么
意思？找过渡态时反应物和产物必须是优化过的，那对于这种有两个反应物的情况是需要把两个反应物的结构摆到一起进行优化么？还望各位前辈指点
迷津
A:
不是必需的
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2016.09.03 18:10:13
Q:
[图片]请问，加了-1之后用Opt=cartesian为何out文件里没有显示固定住原子
，在用直角坐标优化如果想固定某个原子也是其他原子符号和坐标直接写0，要固定的原子X符号和坐标之间写-1吗，然后优化关键词
OPT=CARTESIAN吗？
但是我需要固定两个原子。我用了-1，结果打-1的2个原子坐标还是有变化。
呵呵，，，我问的是general的问题，跟具体某个情况无关
A:
y，但不用特意写opt=cartesian。有变动是因为开了对称性，会自动搞到标准朝向
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2016.09.03 18:16:45
Q:
各位老师，大家对于error in internal coordinate system 问题怎么解决啊，已经加了opt=Cartesian
A:
当前的关键词帖出来。cartesian一定能解决此问题，没解决8成用了gdiis之类导致其不生效
----------------------------------------------------
2016.09.03 19:20:11
Q:
sob老师，我可以把ELF值和能量分解中的pauli排斥能联系起来吗
A:
不能
----------------------------------------------------
2016.09.03 21:16:40
Q:
各位大侠，我一直好奇一个问题，GROMACS相对AMBER的优势在哪，好多文章用ambertool生成力场参数以后都用gromacs来生成轨迹，这是为什么呢
？
A:
灵活，拓扑文件容易自行编辑，速度快，免费
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2016.09.03 23:49:04
Q:
ORCA opt后的trj载入不了VMD，trj文件要添加什么内容以便VMD识别吗？
A:
.trj改名为.xyz，往VMD一拖就完了
----------------------------------------------------
2016.09.04 00:00:03
Q:
嗯嗯懂了，太感谢啦！我现在刚学过渡态，有没有好的算例可以方便练手的？从网上都找不到什么合适的，哪位前辈有好的学习资料可以分享，万
分感谢/玫瑰/玫瑰
A:
摆成接近实际极小点结构，或者通过两个结构进行内坐标插值恰能得到接近过渡态的结构
看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods，里面有几个例子，或者明年参加科音的量化培训班，有大量过渡态例子
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2016.09.04 00:08:19
Q:
请问下gromacs中这个问题应该怎么解决呢？谢谢老师
[图片]
A:
结构可能崩了。力场设定不合理，或者初始结构不合理，或者模拟参数设定不合理等（诸如步长偏大）
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2016.09.04 00:39:15
Q:
sob老师，请问一个反应A+B-->C+D
由于ABCD分子大小不一样，如果要计算自由能变，可以用不同的热力学组合方法计算出来的结果相加减么
如果小分子计算准确，相加减的时候是不是可以避免大误差的累积呢
A:
显然必须用相同的热力学组合方法才能求差，否则无意义
Q:
是不同热力学组合方法计算的绝对能量没有可比性么
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.04 01:03:42
Q:
[图片][图片]请问H4和O39之间的临界点怎么找不到啊，这个该怎么解决？
这两个原子之间小于范德华半径之和，产生了氢键作用
A:
很可能本身就没有bcp
先用这个看看有bcp的可能性
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
Q:
谢谢老师，如果本身不存在临界点意味着氢键作用不存在么或者氢键作用很弱么？[图片]我用VMD图（-0.03-0.02）显示的不是蓝色
A:
有没有bcp跟是否存在氢键无任何必然关系
[图片]
Q:
再请问您一下[图片]我算的这个[图片]之间的氢键非常强，N7-H10距离为1.65464，N1-H10距离为1.082然后[图片]，是不是N7-H10已经断键了啊然
后形成了N1-H10的新键啊？我们做的实验这个离子液体对氨气的吸收却是物理吸收
A:
可以这么说
Q:
那要是形成新键的话，是不是属于化学反应啊，那么做的是物理吸收的话有没有这种可能？
A:
属于
考虑其它原因导致与实验现象的不符，诸如溶剂效应等
----------------------------------------------------
2016.09.04 01:15:04
Q:
harris初猜感觉好麻烦
A:
[图片]
Q:
sob老师，有没有harris初猜的文献或者书籍。
手头的几篇看不太懂
A:
没有更多书籍讲这个
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2016.09.04 02:35:08
Q:
sob老师，molpro的默认的初猜是什么
A:
[图片]
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2016.09.04 17:55:43
Q:
请问，若是maxcyc=512都没有收敛，且显示到513 cycles出现错误，是否可以从log导出最后一步的构型然后继续优化？
A:
可
所以说maxcyc加到好几百完全是浪费时间
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2016.09.04 17:55:43
Q:
请问老师：对过渡态结构跑IRC得到的产物和反应物结构，和OPT出来的产物和反应物结构，是否是同一种结构，有什么判断标准吗？看起来差不多
就可以？
A:
显然不可能精确一样，哪怕IRC跑得很完整。看着相近就足以验证IRC了
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2016.09.05 02:09:18
Q:
同一种显卡，不同厂商都叫 GTX 960，是哪里相同哪里不同？
A:
显卡设计不同（但有些厂家用公版，则看起来一样）
生产厂家不同
销售、代理、售后服务不同
价格不同
Q:
但是核心的芯片是一样的？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.05 02:40:03
Q:
我有一个结构，为什么用DFT b3lyp/6-311+g(d,p) int=ultrafine没有出现虚频，而用DFT b3lyp/6-31+g(d,p) int=ultrafine优化会出现虚频
A:
巧合
----------------------------------------------------
2016.09.05 04:34:15
Q:
请问运行GDMA，我运行后结果打在屏幕上，而没有生成结果文件，请问怎么设置
A:
重定向到文件里不就完了
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2016.09.05 04:55:19
Q:
请问：Warning!!: The largest alpha MO coefficient is
该警告对计算单点能影响大么，另外体系的什么性质影响比较大
A:
不用管
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2016.09.05 04:55:19
Q:
老师，0K下的体系的能量可以用不同级别计算的电子能量和ZPE相加得到么？
A:
可
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2016.09.05 05:17:26
Q:
对于b2plyp，如果觉得def2TZVPP太贵，最好改为def2TZVP还是defTZVPP;它们的计算时常和精度大致是什么样的关系
A:
def2TZVP
后者不比前者便宜多少，而且还老
Q:
如果def2TZVP依然很吃力呢，计算单点
A:
那就根本甭用双杂化，或者用ORCA开RI算双杂化
Q:
用M062x/def2TZVP计算单点精度是不是就差了点
def系列我们一般都不用了是吧
def-TZVP不是和适合代替6-311G**么
A:
def-TZVP依然很有用
Q:
如果执着用b2ply/def-TZVP，可以吧
A:
不可[图片]
Q:
[图片]
[原创表情]
A:
双杂化不得用极化函数那么少的基组，连def2-TZVP都用不起就不得用双杂化
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2016.09.05 22:04:18
Q:
有没有关于PBE泛函不足的
那按你说的 PBE有什么强项了
A:
PBE是最流行的第一性原理用的泛函，各个方面都还成，虽然并非都拔尖，有点像分子体系的B3LYP的感觉。比wb97xd弱的明显是弱相互作用，还有
电荷转移激发态、超极化率等。
虽然靠杂化泛函得到的结果往往能明显更好，但耗时明显高得多。
杂化泛函相比纯泛函，对于PBC计算耗时增加甚巨，而不是像在高斯中那样只增加一点。
----------------------------------------------------
2016.09.05 23:22:57
Q:
打扰大家了，请问有没有人使用ORCA程序计算单三态之间的势能最小交叉点？sob-MECP也可以计算最小能量交差点，用相同的方法基组两个程序计
算同一个化合物，最小能量交叉点是否一致呢？谢谢大家
A:
原则上应当一致
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2016.09.06 01:01:11
Q:
[图片]
Sob老师你好，你的博文http://sobereva.com/314中的这一段，这个公式是怎么来的？
我查了下其他文献，是这样的
[图片]
我想问一下，这个是怎么转换的？
A:
这是很常见的公式，比如J Comput Chem 26: 1214–1221, 2005
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2016.09.06 02:08:43
Q:
请教大家，unrestricted orbital kohn-sham（UKS）计算的时候，Spin Square(S^2) 受基组大小影响么？
A:
不大，因为这主要看占据轨道，占据轨道受基组没那么敏感
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2016.09.06 07:43:04
Q:
natural spin orbital analysis，这个怎么做，请教
A:
后HF计算时写pop=NOAB
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2016.09.06 19:36:06
Q:
各位小伙伴，如果要定量分析位阻的大小用什么方法比较合适呢？
A:
NBO的NLMO分析
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2016.09.06 22:40:12
Q:
各位前辈，请教一下spartan'14搜索某个化合物构象，calculations里构象个数设置不同，搜索结果Boltzmann差别较大，该如何设置参数？（后期
理论ECD计算用）
[图片]
[图片]
[图片]
好的
可否再向您请教一下，像spartan,sybyl，MOE等都可以用来搜索构象，用于ECD计算哪个效果会好一些呢？
文献中有用sybyl8.0做ECD计算构象搜索，但因为这个软件需要版权，买不起
A:
用molclus做构象搜索，很好用，很灵活
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
Q:
晚辈刚接触计算化学，没太懂前辈您的意思
我的化合物显示如下：
[图片]
A:
用molclus做构象搜索，很好用，很灵活
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.09.06 22:45:16
Q:
请问各位大神，优化一个只有碳氢氧40个原子的分子激发态，S1，S2，一直出现SCF不收敛和几何优化错误，是什么原因？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.09.06 23:29:47
Q:
[图片]大家好，请问这是我计算的静电势图，计算发现氨气的N原子与上图离子液体中羟基的氢原子形成氢键作用，然后NH3的氢原子与离子液体氧
原子形成氢键作用。NH3并不是与离子液体的那些强的位点作用啊，这个该怎么解释？[图片]
[图片]大家好，请问这是我计算的静电势图，计算发现氨气的N原子与上图离子液体中羟基的氢原子形成氢键作用，然后NH3的氢原子与离子液体氧
原子形成氢键作用。NH3并不是与离子液体的那些强的位点作用啊，这个该怎么解释？[图片]
NH3是插入并打断了原来离子液体OH...O的氢键作用，形成了两个新的氢键作用
A:
静电势预测反应或形成复合物位置是假定当前结构不发生变化、电子可极化效应可忽略的情形。当前NH3插入后明显影响了结构，离子液体本身也
呈柔性，所以光靠离子液体在孤立状态下的表面静电势没法来预测。
由于静电势对构象依赖性很强，如果光靠离子液体孤立状态下的特征分析NH3结合位置，靠ADCH等原子电荷更好。即便是离子液体孤立状态下羟基氢
的正电荷也比较大。
NBO对分析弱相互作用几乎完全无用。
Q:
[图片]
老师，我想看静电势，可是我把我的fchk文件拖进来，new cube是灰色不能点是咋回事啊
同样的文件我问别人了，别人在他的电脑上那个按钮就不是灰色的
[图片]
目前的问题是我的结构优化后用fchk文件在Gview里不能看静电势，刚才说错了，别人用我的文件也看不了，可是我同学他自己的结构相似的步骤就
能看，老师能不能帮我解释一下是咋回事呢
A:
gview没认出来机子里的Gaussian。或者俩程序没装到同一目录
Q:
请问，Multiwfn中做的静电势平面图中只有正值，没有负值啊？
[图片]
而文献中的有正有负
[图片]
我做的是静电势填色图，不同的
A:
明显有负值啊，就是青色的区域
----------------------------------------------------
2016.09.07 01:47:00
Q:
请教个常见问题，关于root和nstates，
1. 如果只做td，例如td(root=3, nstates=6), 那么应该输出的是6个态的轨道跃迁能量，针对第3个态会做什么呢——如果仅想计算前三个态的激
发能时，是不是就无需优化了？
2. 如果做td+opt, 例如opt td(root=3, nstates=6)，是不是就是先算出了6个态的能量，然后仅优化第3个态？
A:
这里都解释了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
1 算激发能指定root毫无用处
2 是
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2016.09.07 02:15:59
Q:
求教：
[图片]
上面这个化合物，它容易在电喷雾离子源（ESI）上失去一个质子，变成一个负离子。我不明白这个过程是什么样子的.
不知道是哪个位置的质子失去了，变成负离子后，也不知道是哪个位置带电. 这个化合物有两种H，不知道失去的是哪种？
非常感谢
A:
各个位置去掉电子都优化后算算能量，考察那种阴离子最稳定
----------------------------------------------------
2016.09.07 03:24:28
Q:
这两种基组的写法是否等价？
这两种基组的写法是否等价？
这两种基组的写法是否等价？
EMSL上的这两种赝势基组有什么不同[图片]
请问一下EMSL上的这两种赝势基组有什么不同[图片]，为什么一般选用后者，这两种基组的写法是否等价？
A:
问题别问N多遍
一个是赝势，一个是赝势+赝势基组
仔细看
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
当然可以不同原子用不同赝势，前提是这么做有意义
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2016.09.07 03:31:54
Q:
Sob老师你好，关于激发态寿命的计算，昨天您发的文献我看的时候有一个问题，
[图片]
[图片]
这里的f，振子强度，用Gaussian算的话，一般只保留到小数点后四位，那么这个10^-8级的f是怎么得到的？另外，f<0.01的话一般认定为跃迁禁阻
，所以这些寿命比较长的激发态(激发能同时在可见光范围内的话)，其实大都是跃迁禁阻的吗？
A:
用Multiwfn算跃迁偶极矩然后换算成f。主功能18里的选项1可以算跃迁偶极矩和振子强度
----------------------------------------------------
2016.09.07 04:03:12
Q:
请问下径向分布函数这个图中，红色的线是怎么做出来的呢？
[图片]
A:
对RDF做径向积分
----------------------------------------------------
2016.09.07 05:40:56
Q:
老师，为什么用multiwfn做能量分解分析的时候到最后一步输入第二个碎片的时候，等了几秒钟就直接跳出来了，路径没什么问题啊，实在找不到
原因了，求老师赐教@Sobereva
A:
大抵输入文件有毛病。死活搞不定就发给我
----------------------------------------------------
2016.09.07 06:18:08
Q:
请教一下，这种电子密度图能用multiwfn产生吗？
[图片]
A:
Herit 如果是个金属团簇，Gaussian+Multiwfn绘制很简单
----------------------------------------------------
2016.09.07 06:36:53
Q:
老师，您好！向您请教一个问题。我们重复您手册上关于”Plot difference map of electron density to study electron transfer
of imidazole coordinated magnesium porphyrin“的例子。但是上面没有标注原始文献，请您给予指导。谢谢
A:
这没有什么好说的，密度差凭化学直觉分析就完了
这要什么文献？随便举的例子又不是取自文献的
Q:
有没有办法确认（电子云密度增多区域）是哪个（电子云密度减少区域）提供的啊？
我一直想，自洽场迭代过程中，能不能看看那种每个区域增多减少的趋势。
或者轨道定域然后打开的一些方法
A:
一看图形就知道了，或者计算不同片段的净电荷的增减量
----------------------------------------------------
2016.09.07 13:24:45
Q:
[图片]
这个通过带隙计算chemical hardness和chemical potential的公式对吗
怎么找不到其它参考文献有相似的公式
[图片]
A:
这不叫带隙，这叫HOMO-LUMO gao，不要搞混。
这是通过轨道近似来计算化学势和硬度，没事甭用这个很粗糙的近似，直接老老实实靠不同电子态能量差来算。
这俩量的原文这里都有
概念密度泛函综述和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
----------------------------------------------------
2016.09.07 14:07:40
Q:
丁迅雷老师在这个群里吗？有些问题想请教他
A:
找华电ding
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2016.09.07 16:45:30
Q:
请问，Fortran有没有小技巧，函数间数组传递，一次传一行过去？
一个二维的数组，每一行传给不同的subroutine
A:
就用比如B(i,:)呗
----------------------------------------------------
2016.09.07 16:50:16
Q:
[图片]
老师，氢键标准这样对吗
A:
没什么问题
Q:
这是蛋白质文献里面的定义，能通用吗，比如无机小分子
A:
可以。不过角度范围比一般用的略宽
----------------------------------------------------
2016.09.07 17:02:02
Q:
您好，请问我已经做了色散和零点能校正然后# b3lyp/6-31++g(d,p) geom=connectivity counterpoise=3
empiricaldispersion=gd3又做了BSSE校正，是不是在前面的基础上加上E_BSSE的值就行了，相当于同时做了色散，零点能和BSSE校正？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.07 17:56:50
Q:
请问：二级微扰稳定化能（NBO）与Part1、Part2相互作用能，有相关性吗？
A:
什么part？如果指unit，没很强的关系，具体看作用类型
----------------------------------------------------
2016.09.07 18:37:39
Q:
请问一下我在进行二面角扫描时，出现#2070错误
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe at Wed Sep 07 10:33:59 2016.
%chk=C:\Users\zhoupe123\Desktop\DMC OPTIMIZATION FRE Dihedral angle.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C -0.00001300 -0.01613600 2.34345400
H -0.00512100 -0.79833000 3.09906600
H 0.89277900 0.60317100 2.43909600
H -0.88761100 0.61111400 2.43476900
C 0.00004000 0.07576500 0.00000000
C -0.00001300 -0.01613600 -2.34345400
H -0.00512100 -0.79833000 -3.09906600
H -0.88761100 0.61111400 -2.43476900
H 0.89277900 0.60317100 -2.43909600
O
-0.00001300 -0.70966800 1.08273800
O -0.00001300 -0.70966800 -1.08273800
O 0.00000500 1.28272800 0.00000000
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 10 1.0
2
3
4
5 10 1.5 11 1.5 12 2.0
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0 11 1.0
7
8
9
10
11
12
D 6 11 5 10 0.000000 S 36 10.000000
%chk=C:\Users\zhoupe123\Desktop\DMC OPTIMIZATION FRE Dihedral angle.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C -0.00001300 -0.01613600 2.34345400
H -0.00512100 -0.79833000 3.09906600
H 0.89277900 0.60317100 2.43909600
H -0.88761100 0.61111400 2.43476900
C 0.00004000 0.07576500 0.00000000
C -0.00001300 -0.01613600 -2.34345400
H -0.00512100 -0.79833000 -3.09906600
H -0.88761100 0.61111400 -2.43476900
H 0.89277900 0.60317100 -2.43909600
O -0.00001300 -0.70966800 1.08273800
O -0.00001300 -0.70966800 -1.08273800
O 0.00000500 1.28272800 0.00000000
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 10 1.0
2
3
4
5 10 1.5 11 1.5 12 2.0
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0 11 1.0
7
8
9
10
11
12
D 6 11 5 10 0.000000 S 36 10.000000
这个是input文件
求指导
A:
目前的版本不允许设柔性扫描时候的初值，初值就是当前坐标定义的
----------------------------------------------------
2016.09.07 19:15:15
Q:
Multiwfn能给出Absolute Hardness值吗
A:
自己手算就完了，点几下计算器而已
----------------------------------------------------
2016.09.07 19:45:22
Q:
请教一个单点能计算的问题%nprocshared=32
%mem=100GB
#p rCCSD/6-31++G(d,p) TEST Nosymm
GGGH
0 1
H 5.841286 -0.268371 1.505797
N 5.286924 -0.196348 0.658438
C 4.819459 0.994437 0.452368
.......
这个任务提交后总是提示%nprocshared=32
Will use up to 32 processors via shared memory.
%Nosave
%mem=100GB
Erroneous write. Write -1 instead of 4096.
fd = 4
orig len = 4096 left = 4096
g_write
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000001000, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000005871, rsp 00007fffafb8afd8, rbp ffffffffffffffff
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005871, r8 00002ab00cef6180
r9 0000000000000000, r10 00007fffafb8ad60, r11 0000000000000206
r12 0000000000001000, r13 0000000000000004, r14 0000000000001000
r15 000000000d24b2d0
--- traceback not available
没开始算就结束了？
第一次提交还算了一会
是输入文件有问题么？请高手指点
A:
硬盘不够
----------------------------------------------------
2016.09.07 20:24:23
Q:
我想问一下算溶剂效应不收敛，出现error on total polarization charge错误，我看一个帖子sob老师说可以改为scrf=CPCM试一下，CPCM和PCM是
不是两种计算溶剂效应的方法？我查说CPCM不如PCM精读高，请问这两者有什么区别呢？
中性体系不可以用CPCM是么
那这个错误error on total polarization charge导致的不收敛一般可以怎么解决呢
A:
那根本就不是报错
不收敛是其它原因
没事甭用CPCM
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.09.07 22:03:08
Q:
老师，Multiwfn画UV-Vis光谱和高斯画的，两者的默认设置是一样的吗
A:
一样
----------------------------------------------------
2016.09.07 22:29:59
Q:
请问公社中用户名为coolrainbow的大神在该群里面吗？
请问[图片]里面提到的网站内的内容[图片]如今在哪里可以找到
A:
公社专用邮箱8号里就有
----------------------------------------------------
2016.09.07 22:36:57
Q:
[图片]各位大神，用WFA计算静电势为什么老是出错，提醒说要加nosymm，请问是什么意思，看Sob老师的帖子-谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关
键词的使用-也没有提到过，请指点一下
[图片]
[图片]
A:
用multiwfn，甭用WFA
Q:
那结果一样吗
A:
一样
Q:
一直都用WFA，之前怎么不出错
A:
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
Q:
最近总是这个问题，卡在进行不下去/撇嘴
A:
结果不可能恰好一样，因为Multiwfn的结果更精确，是精确算的分子表面上的点的静电势；而WFA是靠格点数据插值算的静电势，显然没Multiwfn准
而且Multiwfn的功能比WFA强大得多，诸如定量局部表面分析WFA根本没有
而且没这些破要求
Q:
那Sob老师，您能解释一下上边那个问题吗
总是想知道为什么
A:
问作者
我不负责回答竞争对手程序的问题
正如同问Q-Chem开发者高斯的问题一样
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