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标题: gmx hhond 计算非N/O元素作为氢键受体的氢键数时出错 [打印本页]

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-15 21:43
标题: gmx hhond 计算非N/O元素作为氢键受体的氢键数时出错
老师好，我要计算四乙基氯化铵（四乙基铵阳离子和氯离子组成）和丙三醇之间的氢键数目。按照讲义上的方法将Cl改成O产生tpr文件，基于这个tpr和之前的轨迹用gmx hbond计算氢键，但氢键数为0。红外表征四乙基氯化铵和丙三醇之间存在氢键。上传了相关文件，麻烦老师帮忙看看问题出在哪啊

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-15 21:51
没拓扑文件，没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大，氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改大

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-15 22:03
本帖最后由 yilan 于 2023-12-15 22:10 编辑

改动地方如图所示，将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊？

E:/1.png

作者
Author: yilan 时间: 2023-12-15 22:10

sobereva 发表于 2023-12-15 21:51
没拓扑文件，没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大，氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改 ...

将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊？

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Author: sobereva 时间: 2023-12-15 22:24

yilan 发表于 2023-12-15 22:10
将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊？

-a和-r，看gmx hbond的help

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