标题: 求助：跑完mdrun后检查是否平衡时能量各项和的序号和实际文件对应错乱 [打印本页] 作者Author: dahai7719 时间: 2023-12-16 21:21 标题: 求助：跑完mdrun后检查是否平衡时能量各项和的序号和实际文件对应错乱 老师您好，我刚学习Gromacs, 用讲义当中homo\waterbox 的例子跑完平衡相和产生相的mdrun后，查看是否充分达到平衡，发现能量项的序号对应输出的各项文件是错乱的，选密度，结果输出的是温度，选能量输出的文件却是密度，有的时候重复一次或者两次又是对的，很奇怪，我仔细检查了能量各项，发现能量项比讲义上多了一项（图中的 8： Conserved-En），附图中贴上了错乱的内容，好像每次提取指定的相同能量项都不一样，除了产生了一个下面的NOTE之外，并没有其他提示
NOTE 1 [file prod.mdp]: You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have
verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance.