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标题: 请问vmd统计氢键时，轨迹应用gmx nojump还是mol处理 [打印本页]

作者
Author: 一条君 时间: 2023-12-17 00:38
标题: 请问vmd统计氢键时，轨迹应用gmx nojump还是mol处理
1.请问vmd统计轨迹中某帧氢键时，轨迹应用gmx trjconv nojump还是mol处理
2.vmd统计氢键时，不考虑周期性条件，根据您的经验，通常会带来多大的误差，谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-17 02:25
1 mol
2 盒子体积越大，误差越小（边界分子占总分子数比例越小）

作者
Author: lele123 时间: 前天 09:56
本帖最后由 lele123 于 2025-8-15 10:19 编辑

sobereva 发表于 2023-12-17 02:25
1 mol
2 盒子体积越大，误差越小（边界分子占总分子数比例越小）

老师，请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么？大多数情况下，哪个选项更为通用呢？

在蛋白-配体模拟过程中，通常有两种情况：
第一种是配体穿越盒子后，再次与蛋白结合；
第二种是配体穿越盒子后，游离在溶液中。

我看到有人科普说，对于第一种情况，-pbc nojump处理之后，配体会出现在很远的地方，跟结果就有很大偏差

作者
Author: student0618 时间: 前天 10:40

lele123 发表于 2025-8-15 09:56
老师，请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么？大多数情况下，哪个选项更为通用呢？

在蛋白-配体模拟 ...

nojump 不会限制在盒子内，因此会越跑越远。

mol 把分子变完整，但跑到边界时会跳到另一端。

用哪个真要看目的，不过这种情况用pbc cluster可能更好。

作者
Author: lele123 时间: 前天 10:52

student0618 发表于 2025-8-15 10:40
nojump 不会限制在盒子内，因此会越跑越远。

mol 把分子变完整，但跑到边界时会跳到另一端。

好的谢谢解答，cluster这个选项很少有人提到，我研究一下

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 02:38

lele123 发表于 2025-8-15 09:56
老师，请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么？大多数情况下，哪个选项更为通用呢？

在蛋白-配体模拟 ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这两页幻灯片解释得足够清楚了

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