公社群聊Q&A整理：2016.09.07 23 ~ 2016.09.13 19 Concate - 计算化学公社

2016.09.07 22:52:09
Q:
跪求文献http://www.nature.com/nchem/journal/v5/n8/full/nchem.1690.html#figures
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.09.07 23:25:44
Q:
各位大虾，高斯什么方法算有机共轭体系比较合适
A:
B3LYP
不说清楚具体算什么只能姑且推荐这个
Q:
是有机纳米多空材料，只含有C,N,O,H这几种元素
恩
A:
是具体算什么问题
电子光谱、NMR、振动频率、反应能...
Q:
切个团簇
算lumo homo 轨道能级
看能级差大小
A:
B3LYP就很合适
Q:
多谢
如果体系大了怎么办
A:
还是B3LYP
起码6-31G*
Q:
好的
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2016.09.07 23:32:06
Q:
谢谢Sob老师，还有一个问题，激发态算出来的振子强度f<0.01，按理说这是跃迁禁阻的，我想问一下，这样的f所算出的寿命，是不是并没有参考价值？
Sob老师？打搅了，能回答一下我的问题吗？
A:
一般没价值
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2016.09.07 23:40:30
Q:
sob老师在么？用你的molclus搜索结构，投了篇文章，审稿人问：作为一个不太流行的方法，molclus与遗传算法有什么相同和不同的地方？有什么优点？
A:
molclus不是算法，而是程序。
原理就是帖子介绍的，很容易理解
那些专门的构型/构象搜索算法，虽然看似好，但往往并不比molclus用的简单粗暴方式强哪去。molclus这样简单粗暴方式就能解决的问题，没必要刻意去用那些专门的算法。
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2016.09.08 00:00:04
Q:
请问为何不一样啊？你给的例子计算出来和log中一样
[图片]
A:
iop(9/40)没设，或者其它步骤有问题
Q:
是 iop(9/40)没设的原因，但这个设置不是显示跃迁多少的问题吗，怎么会影响振子强度呢？@Sobereva
A:
不设这个，组态系数只能输出很少一部分，当然跃迁偶极矩算不准，振子强度也不准
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2016.09.08 00:03:48
Q:
最近学习Gaussian中，请问为什么用GV构建立体空间输出结果对称性不对（比如C3v C4v优化后变成C1）
那意思就是理想模型吗
假如对一种结构比如C3v（文献提供）进行opt单纯优化，可是结果还是C1呀还是说构型可以参考输出结果，对称性需要自己判断二者进行结合写文章
A:
这里文末讨论了
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2016.09.08 00:42:15
Q:
问一下有什么参数可以描述两个成键原子间的电子离域程度，或者键的极性。电子离域越强，键的极性越强吗
A:
离域程度算键级或者离域化指数。
基于程度跟极性完全是两码事
极性可以靠NBO、拉普拉斯键级、ELF盆偶极矩等方式考察
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2016.09.08 01:15:19
Q:
请问有没有人知道，关于理论计算物质的激发态比较出名的期刊
A:
各种物理化学刊物都有算激发态的
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2016.09.08 02:21:21
Q:
群里哪位兄台能帮忙查一下SCI收录文章的WOS号呢？谢谢哈
Ultrathin ZnS SingleCrystalNanowires: Controlled Synthesis and Room-temperature Ferromagnetism Properties
还有一篇Width- and edge-dependent stability, electronic structures and magnetic properties of graphene-like and wurtzite ZnS nanoribbons
多谢您啊！@冰释之川
A:
字号不要超过12。都成大字报了
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2016.09.08 03:39:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
[图片]老师，用DFT-D程序对色散校正得到这样结果，这个结果就是色散作用能吗？和用multiwfn做能量分解分析得到各项的能量有什么关系吗？@Sobereva
A:
靠DFT-D3校正计算色散作用能必须复合物和片段的校正能求差，而不是对复合物算个校正能
和Multiwfn的关系在手册里的能量分解例子里说了。
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2016.09.08 05:17:46
Q:
请教各位老师，我想了解一下态密度。我查了一下基本上说的都是电子态密度问题，是不是说态密度和电子态密度是一个意思？一般情况下，能不能从电子态密度来分析两个原子之间键的变化情况？
A:
是。
某些情况能间接分析，但并不直接
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2016.09.08 06:25:26
Q:
手册上说荧光光谱形状的计算要用Freq=(ReadFC,FC,Emission,ReadFCHT) ，还要使用基态优化和激发态频率的chk文件，还要在input里写出发射能，请问输入文件怎么写？
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
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2016.09.08 06:36:31
A:
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
Q:
[图片]
谢谢sob老师，shermo可以向KisTheIp一样输出f(T)么
A:
不能。写个脚本反复调用shermo然后grep批量提取数据就完了
Q:
显然不能这样，需要几百的点
A:
怎么不能！？
几千上万都一样
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2016.09.08 06:50:56
Q:
其实我的想法是这样的，sob老师判断一下该想法可行不？
我想利用Gaussian程序计算分子得到该分子晶体中的热力学量
但是分子晶体热力学量应该不考虑分子的平动和转动，就剩下振动影响分子晶体的热力学量
所以就用分子振动引起的热力学量代替分子晶体的热力学量
sob老师觉得靠谱不
A:
没那么简单，还牵扯到和其它部分的耦合
应当用第一性原理程序算
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2016.09.08 10:29:44
Q:
请问你的%nprocshared是跨节点么？我是单CPU，4核8线程，是不是可以写%nproc=8
A:
二者是一码事
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2016.09.08 13:43:32
Q:
请问multiwfn能处理vasp的一些数据，进行画图么?
A:
不能
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2016.09.08 16:53:31
Q:
请教老师，对一个π-stacked 结构做优化和电子激发，在计算激发的时候需要对TD-CAM-B3LYP加EmpiricalDispersion=GD3BJ吗？
A:
算垂直激发加色散校正毫无用处，根本不影响激发能
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2016.09.08 17:06:59
Q:
请问NBO分析可以用于激发态吗？比如S1的Franck-Condon态？@Sobereva
A:
具体想分析啥？
Q:
想分析S1的Franck-Condon态中某两个NBO是否存在相互作用导致能量降低
比如导致LUMO能量降低
A:
从程序上可以
这根LUMO扯不上关系
Q:
关键词除了pop=nboread还应该有什么，TD吗？
A:
TD(root=x) density
用nboread干嘛
若无特殊目的直接pop=nbo就完了
Q:
默认的nstates=1？
还是6啊？
3？
A:
默认nstates=3,root=1
这里都写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.09.08 17:16:23
Q:
群里有大神做过TD-DFT吗
宝宝心里苦
[emoji][emoji][emoji][emoji]
我没有三头六臂[emoji][emoji][emoji]
我想多发几篇文章[emoji][emoji][emoji]
不想写代码
低调低调。。。
A:
其实TDDFT就交换相关核的积分麻烦而已，其它都好办
Q:
嗯嗯
老师写过吗
A:
没
文献也都是给出个式子，没看见怎么讨论数值处理的
Q:
嗯嗯，我先看看大体的理论
A:
TDHF代码倒是有现成的，加了那个积分就出来TDDFT
Q:
TDHF老师你做了？
A:
y
Q:
他们两个原理差不多吧
A:
[图片]
Q:
等做好了，会开源的
现在连半成品都不算
A:
TDHF求解可以看JCP,109,8218
Q:
嗯嗯，谢谢老师
A:
预告一下此物
[图片]
大抵N个月后发布吧
Q:
(⊙o⊙)哇
这个好
A:
[图片]
Q:
/强
[表情]
[图片]非常好
A:
[图片]
Q:
/强/强
/强
sob老师的书一定买
期待Sob老师新书的发布/可怜
什么时候上市啊
A:
预计在网络发布
这个也就100页吧。其它的好几百页的书才以一般渠道发布，明年至少会有一本出来
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2016.09.08 17:17:09
Q:
关于ESP图，我用vmd和Gaussview作都是不封闭的
A:
贴图
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2016.09.08 17:17:54
Q:
显然是等值面没取好
A:
要么盒子不够大，要么等值面数值太小
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2016.09.08 17:24:42
Q:
我想弱弱的问一下：我想学习一下amber, 是不是只要安装ambertools就行了？
A:
是
Q:
antechamber，paramfit，mcpb 我主要想用这个三个模块 ambertools 够吗@Sobereva
A:
够
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2016.09.08 17:39:39
Q:
sob老师，把molclus生成的isomers.xyz文件的标题行最后，随便加些字符，不会影响isostat的使用，对吧？
我试了几次，不影响。
为了保险，来确认一下
[图片]
A:
不影响
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2016.09.08 18:29:18
Q:
Natural Energy Decomposition Analysis (NEDA)是什么东东
A:
NBO支持的能量分解方法，没什么人用
Q:
所以EDA还是推荐ADF的？
A:
GAMESS-US
ADF毕竟要钱
还死鬼
Q:
目前弱作用分析越来越流行把各种作用力拆出来
但没有方便易用的免费软件
A:
GAMESS-US做LMOEDA就行，不会用GAMESS-US就用Multiwfn+GAUSSIAN+DFT-D3做简单的拆分
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2016.09.08 18:31:30
Q:
老师，DFT-D3校正计算色散作用能的片段校正能怎么算呢？把复合物拿来分解成两个片段然后用DFT-D程序分别校正吗@Sobereva
A:
对复合物、片段1、片段2都计算DFT-D校正能，求差，就是色散作用对相互作用能的校正
或者直接在DFT-D3程序里定义俩片段直接输出片段间色散作用项，这里说了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
《对复合物、片段1、片段2都计算DFT-D校正能》这种做法是在复合物基础上分成两个片段吧，就像multiwfn里那样分成两个片段，对吧
A:
显然
Q:
我是用Tmolex把优化好的out文件转换成mol2格式，然后用DFT-D程序计算的，这样就直接把转换的mol2格式的文件分成两个片段是不是就可以
A:
y
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2016.09.08 18:45:42
Q:
老师，运行cfour程序，感觉好像是我的并行设置有问题，但是找不到解决办法，我可以把错误信息发给您看看吗？
A:
我也好久不用了
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2016.09.08 18:48:51
Q:
请问老师，同一个分子结构优化出来的HS态的构型和BS态的构型是不是长一样的？
A:
同一个结构谈何优化？
如果初猜相同，当然优化完了不同，都不是一个势能面
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2016.09.08 18:53:22
Q:
请问大神 isotropic polarizability 极化率是什么意思呢~~
A:
这里有介绍
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
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2016.09.08 18:54:01
Q:
请教老师，算T1的NTO时，读取tddft后的chk，
geom=AllCheck Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1)
自旋多重度写1还是3？
A:
1
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2016.09.08 18:58:37
Q:
大神们，我想问问:有没有搜索或生成一个团簇所有可能结构的软件
A:
molclus
ABCluster
CALPYSO
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
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2016.09.08 19:37:33
Q:
请问G09+multiwfn怎么定量比较不同分子芳香性强弱，电子离域和共轭的程度
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
Q:
我刚刚看了这个教程，是说用离域化能及HOSE、芳香稳定化能等等，来从某个角度衡量芳香性强弱吗？
A:
提到的各种指标都能用来衡量
诸如稳定化能这种不好算的不优先考虑
Q:
我看您推荐多中心键级计算
A:
y
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2016.09.08 19:47:04
Q:
老师，我构造出一各构型，然后优化得出了它的HS态，那我想得到BS态，是不是在优化得出的HS态的基础上得到？将HS态out文件里的坐标复制到原先的gif文件里，并将Guess设置为MIX？
A:
没必要非用HS态的极小点结构作为初猜
虽然可以用
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2016.09.08 23:00:07
Q:
[图片][图片]老师，这是我的输入文件和输出文件这种错误怎么改
A:
opt=cartesian
甭用6-31G
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2016.09.08 23:12:09
Q:
Sob老师,我在讲义上说对于双分子反应路径和过渡态的搜索问题来说，反应物和产物是指反应复合物和产物复合物，这句话我不知道怎么理解，比我我算一个乙酸、乙醇反应生成乙酸乙酯+H2O的反应，我要找反应的过渡态对照上面这话我该怎么去构建我的输入文件呢？
A:
俩反应物放一起优化，朝向按照发生反应的情况摆
要么做IRC，优化始端得到反应物结构
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2016.09.08 23:18:48
Q:
因为“计算多中心键级时切不可使用弥散函数”，所以能否在相同水平下，不考虑弥散函数，计算NICS_zz和多中心键级
A:
可。
Multiwfn也支持基于NAO算多中心键级，就不怕弥散了，看手册3.11.2节
Q:
“多中心键级可以在Multiwfn当中计算，目前最多支持六中心，下个版本支持到10中心。”那如果是三金属六个氮的体系，目前就不能分析？另外，不管模型包含几个原子，只要想分析的环的原子数不超过六，都可以用目前版本分析多中心键级吧？
A:
目前已经支持12中心了
Q:
计算多中心键级需要进行过什么任务的fchk？单点能就行？还是要算轨道？
A:
单点
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2016.09.08 23:18:48
Q:
在中文论文中需要写出QTAIM的中文名吗？“分子中的原子的量子理论”......
A:
写
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2016.09.08 23:21:02
Q:
看了您在RHEL6-U1系统的Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法，请问在ubuntu下的编译方法也是这样吗？
A:
大抵一样
我不用ubuntu这破玩意
Q:
好吧
A:
注意看群共享里群规
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2016.09.08 23:38:48
Q:
“注意不要用这种方法比较大小不同的环的芳香性，比如4元环和6元环比较芳香性没有意义。”
那么，不同原子构成的环也不能比较“AIM环临界点处电子密度的曲率”吧？就像Au形成的以及Ag形成的，毕竟不同原子的电子密度也不一样
A:
最新版multiwfn计算多中心键级的时候考虑了个特殊的系数，不同中心现在也可以比了。
AIM那个是不行
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2016.09.08 23:38:50
Q:
[图片] 大家好请问这两条峰通过origin能拟合出来吗
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.09.08 23:41:01
Q:
请问一下老师，想分析一下大概1200多个原子的体系分子间弱相互作用，multiwfn适用吗？
A:
没戏，量化都算不动。还是分子力场去搞吧
Q:
用基于准分子密度的RDG应该可以分析
A:
RDG的话就得启用promolecular近似
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2016.09.08 23:43:12
Q:
G4方法能用oniom么
A:
显然不能
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2016.09.09 04:35:34
Q:
[图片]
[图片]
请问下我用chemrate 考虑内转动的影响，扫描结果如上，number of minima 是1还是2？
Sob 老师请问下我扫描内转动后，怎么从out文件看内转动的转动常数呢？
A:
out文件里没有
minima显然是2
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2016.09.09 04:52:42
Q:
请问可以通过什么方法计算两个基团的电负性，或是能够通过图像来表征出来
A:
连到同一个东西上，计算两个基团的原子电荷对比相对电负性大小
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2016.09.09 06:54:46
Q:
Atomic partial charges were estimated through fitting to quantum mechanical molecular restrained electrostatic potentials (RESP) computed at the RHF level with the 6-31 G(d,p) basis set using Gaussian 98 [29]. Electrostatic potential (ESP) charges fitting consists of using a least squares fitting algorithm in order to derive atom-centred point charges that could best reproduce the quantum mechanically calculated electrostatic potential of the molecule [30].
请问有没有人可以帮我解释一下这段话啊
A:
字号不要超过12
去看
拟合静电势电荷的计算方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
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2016.09.09 18:37:48
Q:
sob老师我现在做弱相互作用要用到NCI-plot，之前看到您的有篇帖子提到过这个程序。我照着它的manual和文献总是重复不出来
A:
NCIplot那个破程序N年前就被Multiwfn完爆了，无论是速度、功能还是易用性上
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.09.09 18:51:48
Q:
[图片]请问这样的关键词可以吗
A:
不行
B3LYP/6-31G* TD opt(ts,modredundant,noeigen) scrf=solvent=THF
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2016.09.09 20:58:51
Q:
对于spin unpolarized的体系[图片]是不是在对角线上方或下方取一个值就表示相应原子之间的键基值了
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.09 21:49:56
Q:
请问飞F,Cl,Br和I的Def2-TZVP基组是不是F,Cl,Br是全电子基组，而I是赝势基组？
如果是，这是种元素都用各自的基组计算，也应该由可比性吧？
谢谢！
A:
y
Q:
追问一句：只要是同一名称的基组，尽管对有些元素是全电子，对有些元素是赝势，也是可以相比的，对吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.09 21:53:11
Q:
我比较关心分子动力学培训什么时候办
A:
预计12月初
Q:
会不会有通知？
A:
开培训前能没通知么
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2016.09.09 22:14:50
Q:
老师，casscf 怎么计算才能得到自旋密度？
A:
没法得到
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2016.09.09 22:25:05
Q:
请问老师，团簇的电离势和亲和势需要用到带一个正电或者负电的离子能量，这个离子可以直接把优化好的中性团簇out文件在Gview里保存成gjf，然后把电荷0改成1,-1算吗？
A:
可
Q:
那老师，输入文件命令行就不用opt和freq命令了是吗
A:
算垂直的就不用
----------------------------------------------------
2016.09.09 22:26:17
Q:
当进行irc计算的时候如果起始结构不是过渡态结构的话计算是不是会报错？
A:
未必报错，但无意义
Q:
请问下如何解决IRC左半部分没有的问题？[图片]拿第一个点做了优化可以得到想要的产物。会不会是过渡态找的不对呢？
[图片]
老师，如何只跑前半部分呢？
A:
默认就是reverse和forward都做，根本不需要自己添加。当前IRC可能就是这样，说明正向势垒极低。看IRC最左边的结构和反应物极小点是否相似判断IRC合理性
Q:
我问一下，算irc时出现了No analytic 2nd derivatives for this method.问题的是不是没有读到freq的chk文件
A:
当前用的方法没二阶解析导数。
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2016.09.10 00:14:24
Q:
老师您好，在您《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》帖子中，若使用方法1或者方法2，理论依据应该是？需要引用那篇参考文献呢？非常感谢老师[图片]
A:
根本用不着引用，凭最基本智商都知道是合理的定义
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2016.09.10 00:26:28
Q:
请问nbo分析时报错总电子数不是整数，请高手帮忙解决，我用cam-b3lyp/6-311+g*+lanl2dz
A:
去掉弥散再试
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2016.09.10 00:52:13
Q:
[图片]
这篇涉及金属芳香性的综述怎样？
多处引用了
[图片]
激发态
激发能，振子强度，旋轨耦合矩阵元之类的
A:
Tsipis也是Multiwfn老用户了，之前就用Multiwfn发过几篇
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2016.09.10 04:43:08
Q:
[图片]
请教下，这种情况大家有遇见过吗？
A:
很正常的情况，又不是IRC，曲线什么样都有可能
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2016.09.10 05:19:34
Q:
请教一个问题，我用orca优化一个小分子，B3LYP/def2-TZVP, 我把得到的gbw转化为molden，然后导入multiwfn, 但是都是闪退，我也试过用molden2aim转化为标准的molden文件，再导入，还是报错退出来。我用的是linux版，是不是windows版支持会更好些呢？谢谢！
我换了一个小的体系，再转换，就可以打开了
A:
如果用最新的Multiwfn版本也这样，文件发过来
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2016.09.10 07:37:08
Q:
老师opt=maxcycle=n ，这个n一般多少较好
默认值出错
A:
没特殊情况甭改这个，除非原子数很少的情况，或者步长上限很小的情况。数值改得越大通常反映使用者越蠢
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2016.09.10 10:41:14
Q:
老师早些休息，我问一个问题就睡啦，我做的irc，用了td的b3lyp/6-31g（d）应该有二阶解析导数啊，我用的高斯算的
A:
TD当然没有二阶解析导数！
Q:
[图片]
A:
都写明了是数值二阶导数
Q:
那我用cis试试吧，优化用的td irc用cis
A:
IRC必须和优化过渡态在同一级别
Q:
谢谢老师，我激发态的过度态用cis，基态是dft的，这样可以吗？
A:
可以。但要说明原因。
最好还是基态DFT找TS，激发态TDDFT找TS，可以不给出IRC，理由是程序不支持。或者通过柔性扫描来等效地绘制出近似的IRC。要么就再等等高斯下一个大本版本出来，支持TDDFT的解析Hessian
----------------------------------------------------
2016.09.10 18:11:48
Q:
请教老师们，分子内氢键相互作用能怎么计算
A:
对构象进行调整，成为没有氢键的构型，计算体系能量和有氢键时候的求差。或者用AIM方式分析，看Multiwfn手册4.2.1节的例子。
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2016.09.10 18:54:45
Q:
老师，我想对已经收敛成功的进行二次运行，并让其对称性破损再次收敛，代码怎么改？Guess=（read，Mix）？
A:
如果之前有已经收敛的R的轨道，可以这样
Q:
就是我想对已经收敛（非限制U）成功的进行二次运行，并让其对称性破损然后再次收敛，代码怎么改？刚刚Sobereva老师说“已经收敛的R的轨道，可以这样Guess=（read，mix）”
A:
直接guess=mix就完了，何必非用之前的轨道，由于做了mix这样又不会比直接用harris初猜节省时间
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2016.09.10 23:11:41
Q:
请教各位老师，公式中零点能和振动熵是怎么计算的啊，有没有相关的资料可以参考 [图片]，谢谢了@Sobereva
我现在在使用MS的castep和Dmol模块做表面吸附的计算
A:
看这里的式子
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2016.09.11 00:18:36
Q:
请问下老师，对RDF做径向积分具体是怎么做的呢？还请多多指教
A:
用诸如梯形法积分就可以
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2016.09.11 03:48:24
Q:
sob老师，向您请教一下，这种含螺原子的化合物，构象搜索结果非常多，Boltzmann分布很宽泛，如何选取构象，用于后面的理论ECD计算？
[图片]
A:
用molclus做构象搜索
无关痛痒的二面角可以不作为可旋转的来考虑，实际上优化的时候那些无关痛痒的二面角也会自发调整合适
molclus的gentor里主要考虑这几个键的旋转
[图片]
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2016.09.11 04:51:12
Q:
请教一个NBO轨道对应的问题，如果我想生成C82与C83的2Pz轨道的波函数等值线图，我生成了NBO.fchk和NBO.log文件，在NBO.log文件里查到C82的2Pz轨道为1384
[图片]
然后我在NBO.log文件里找到1384的位置对应1426
[图片]
所以C82的2Pz轨道就是NBO1426，请问是这样吗？
闭壳层
A:
尽量用NBO plot文件，省得再找对应关系
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2016.09.11 06:29:58
Q:
请问老师，为何TD 算吸收光谱时加与不加density关键词算出的垂直激发能差别很大可达0.3个ev?是否加density的原则上更准？@Sobereva
A:
因为用density的时候davidson迭代收敛限更严。要想结果更好，没必要用density，直接写TD=conver=6就完了
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2016.09.11 18:48:32
Q:
请问老师，如果“HOMO能量较高代表具有更强的供电子性或亲核性，LUMO能量较低代表具有更强的吸电子性或亲电性”这个表述是对的，那么它指的是动力学还是热力学角度？@Sobereva
A:
都有
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2016.09.11 21:16:23
Q:
请问对于40多个原子的芳香中性或带正电荷体系，若无明显CT激发，想较精确计算HOMO LUMO等分子轨道的能量，用什么泛函和基组合适？M062X/TZVP可以吗？
A:
B3LYP/6-31G*
Q:
对于带负电荷芳香体系，B3LYP泛函也可以，只是需要带弥散的基组，对吗
A:
对于算轨道能级来说是这样
Q:
跟CT激发是否有关？
A:
轨道是轨道，激发是激发，两回事
Q:
老师我想问，CT激发对想要精确计算轨道能级时所用的泛函基组的选择有无影响？比如S0到S1跃迁有CT激发特征，对应HOMO到LUMO跃迁，这时要算轨道能级的话，也可以用B3LYP而不必用M062X或CAM-B3LYP吗？
A:
y
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2016.09.11 23:08:06
Q:
想问一下，哪里能查到单个原子的能量啊？
用gaussview计算原子的能量是否会与实验值有偏差？
A:
查这个无意义
gview根本就不是量化计算程序
除非氢原子，否则显然不可能没偏差，多电子薛定谔方程又没法精确求解
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2016.09.11 23:37:24
Q:
好的，谢谢老师
还想问一下，老师，有的文献中会给出团簇的结合能随原子数的变化，这时候的单个S原子的能量怎么选择啊？
例如
[图片]
A:
用算团簇的级别自行算单个原子
Q:
原子单独拿出来，用算团簇的方法来自己计算是吗？
A:
y
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2016.09.12 01:03:36
Q:
弱弱地问一下，比较体系的 Gibbs 自由能的时候，是否需要加上零点能？
A:
ZPE已经体现在自由能的热校正量里面了
Q:
谢谢 Sob 老师的回复。
那需要比较包含 ZPE 和不包含 ZPE 两种情况呢？
是否需要比较包含 ZPE 和不包含 ZPE 两种情况呢？
A:
比较自由能必须包含ZPE，不包含ZPE就什么也不是，不能称为自由能
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2016.09.12 01:08:23
Q:
[图片]
这样的
A:
所以占据轨道编号是从冻核电子数+1算的
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2016.09.12 01:14:35
Q:
[图片]sob老师，箭头指的这两部分为啥要减去nmoFAC和nAelec
A:
因为积分变换的时候没有做完全的变换，只变换了CIS用到的部分
Q:
[图片]还有个诡异的地方就是，能量算对了，系数不对
完全搞不懂为什么。。。
老师，你算的都一样吗
A:
完全一样
Q:
Sob那本量子化学编程小书什么时候写好？
A:
N个月后
Q:
我的程序也在N 个月后开源放到gayhub,不对，是github/呲牙
A:
目前容量不值得出版
而且出版的话限制太多，没法随性
Q:
CC坚决不想做
cis闭壳层
A:
为啥不做CC？
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2016.09.12 02:33:19
Q:
请问，用高斯优化结构，如何才能保证z轴垂直于分子平面？我的一优化就成x轴垂直分子平面。请各位大师赐教
优化前调整好，优化时用nosymm
A:
或者优化完再旋转体系，用此文第二节的方法
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
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2016.09.12 03:43:02
Q:
请教sob老师，我看您博文里推荐计算HOMO-LUMO gap时使用HSE或B3PW91泛函，请问是否有benchmark文献或数据支持这一结论？我对乙炔和乙烯测试了几个泛函，结果如下：
[图片]
从这一结果来看，wB97XD、LC-wPBE、CAM-B3LYP要好一些，B3PW91、HSE并没有显示出更好的结果。
这种算gap 因体系而异
A:
何以定义更好？难道用最后一行的？那是HF的结果！显然HF成分越大的越接近最后一行
gap本身就是不可观测的
对于分子体系来说
Q:
/抠鼻刚废了半天劲才跟人解释清楚为什么cc算gap很愚蠢
因为本质是HF么
基于HF的post-HF方法
请问在计算中应该以什么方法作为评价gap的标准？
A:
脱离了单电子近似哪有HOMO-LUMO gap
Q:
轨道都是HF的轨道
考虑correlation轨道就不存在了
A:
先分清是什么gap
optical、fundamental还是band
还是HOMO-LUMO
Q:
HOMO-LUMO gap应该以什么作为标准？
A:
band gap这里有对比J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 1198−1203
J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 212–217
什么标准也没有
只能拿计算有物理意义的gap的结果姑且讨论算没有任何物理意义的HOMO-LUMO gap的好坏
Q:
经常有人问，CV测得的gap，opticalgap和HOMO LUMO的gap有什么区别
十来个分子
最准确的计算得到的homo lumo应该和UPS测的结果比
不过ups又要牵涉到分子聚集对能级的影响，所以，原则上来说算个二聚体或三聚体的homo已经lumo及其gap才有非常明确的实验对比
谢谢，我查到那篇论文了
我记得sob有篇帖子还是论坛里说过几种gap的区别
以前看了一些搞太阳能电池的，很喜欢把氧化还原势的差值和 HOMO-LUMO gap比较
另外查到一篇论文说Range-Separated泛函结果要更好些
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300420f
[图片]
[图片]
实验的人还经常说非聚集相的gap为band gap呢
Mind the gap！
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2014/MH/C3MH00098B#!divAbstract
Nonempirically Tuned Range-Separated DFT Accurately Predicts Both Fundamental and Excitation Gaps in DNA and RNA Nucleobases
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300420f
还有这篇sob推荐的
Accurate Band Gaps for Semiconductors from Density Functional Theory
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jz101565j
这算什么，经常看都一堆人用光gap来指认homo和lumo/憨笑
而且这样的文章居然能发表
[图片]大概审稿的三个人都不懂理论吧
而且，最而且的是，我们群里的人看了文章来群里问，居然还说人家都这样说的，文献都发表了
甚至还隐隐有埋怨回答问题者的意思
A:
老有些初学者，犯很傻的问题，给他指出，结果他还说XXX文章就这么写的，而且期刊IF多高多高
Q:
这个问题，我上次遇到一个做发光的，说要算HOMO-LUGO Gap，我问这是干啥，说是搞激发态，我说算这个和激发态直接关系……答：因为光催化的实验者们都这么做的
算这个和激发态有啥直接关系，少打两个字
A:
以至于之前想发个帖子，征集大家发现的中、高IF期刊文章里的严重错误，专门打那些迷信中、高IF期刊文章的人的脸
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2016.09.12 03:52:26
Q:
什么叫双正交@Sobereva
A:
有两套波函数{A}、{B}
A之间正交归一，B之间正交归一，A、B间也正交归一
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2016.09.12 04:16:20
Q:
各位老师，我有一个关于AIM电子密度拓扑分析的问题想问一下。我计算含氮官能团吸附多个水分子，发现水分子间形成氢键，但是水分子间形成的氢键的强度各不相同，有的很大，有的很小。请问，能否求水分子间形成的氢键键能的均值，将均值和水分子与含氮官能团形成的氢键键能比较，来说明是水分子与含氮官能团相互作用强，还是水分子间相互作用强。
A:
可以把官能团去了算算此结构下水分子间的相互作用能，然后折成平均值。
用V_BCP来分析也可以。
Q:
谢谢老师的解答。但是，如果把官能团去掉，如果优化的话，水分子构型会发生改变，与官能团存在时的构型不一样了。
A:
不优化啊
[图片]
Q:
老师，我明白了，是只是将官能团去掉，将水分子结构取出来，计算此结构下水分子的单点能，减去单个水分子的单点能，然后求平均值吗？谢谢老师解答，老师辛苦了。
A:
去掉官能团，算能量，如果有n个水，就减去n*单个水的能量。然后除以氢键数目
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2016.09.12 04:34:59
Q:
老师你好，我想请问一下gaussian用--Link1--把opt与freq分成两个任务来算的命令咋写？
A:
字号改成<12，黑色，无下划线，我再回
Q:
老师请问，gaussian用--Link1--把opt与freq分成两个任务来算的命令咋写
A:
B3LYP /6-31G* opt freq
自己不用写--link1--
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2016.09.12 04:49:49
Q:
请问有一个查文献的网址，就是什么都能查的那个
[图片][图片]
A:
半周经
Q:
[图片]可以写进群公告了
A:
通知和公告不一样
当前用的国际版没通知框
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2016.09.12 05:04:38
Q:
[图片]
请问一下，计算在这里出错是啥原因
那请问一下，计算一个体系的荧光光谱，要怎样设置命令呢
A:
to Score Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.09.12 05:44:00
Q:
sob老师，cis的开壳层好像不能跟闭壳层那样处理吧。
只能用行列式。
那样会出现一个比闭壳层大约大一倍的矩阵。
A:
对
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2016.09.12 07:22:58
Q:
各位老师，我用Chem3D的MMFF94对化合物1优化后，再用spartan软件进行构象搜索（根据MMFF94分子立场），得到的是化合物2的系列构型，请问问题出在哪？[图片]
A:
你先确认MMFF94优化、载入spartan后还是1。
字号不要超过12
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2016.09.12 17:32:30
Q:
溶剂效应下优化一直不收敛，加入scf=conver=6之后收敛了，老师请问这个计算结果和默认的conver=8结果有很大差别么，会不会不准@Sobereva
A:
勉强能忍
尽量用其它方式解决
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2016.09.12 17:40:10
Q:
请问老师，如果想根据离域指数的大小来判断是局部激发还是电子转移应该怎么做呢？按mulitiwfn计算出来的激发模型1,2,3,4,5是对应的高斯09计算出来的垂直激发能吗？
A:
离域化指数根本就不能干这个
手册4.18.1节有例子介绍怎么考察激发的类型
Q:
我已经看过例子了，那计算出来的激发模型1,2,3,4,5计算出来的能量是对应的g09计算出来的垂直激发能吗？
A:
“激发模型1,2,3,4,5”什么鬼？
Multiwfn又不给你激发能
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2016.09.12 18:02:45
Q:
老师我用MS 建一个CH3NH3PbI3的tetragonal相的模型我通过文献找到了原子坐标但在添加原子时添加C和N原子是加一个原子会一个位置附近会出现四个原子就是下面这个效果该怎么解决
[图片]
A:
那就换构象搜索程序
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2016.09.12 19:05:11
Q:
请问基组里为什么p轨道只有一个函数，例如C和O的p轨道都是一个函数，不分Px，Py, Pz，也不管P轨道是2电子还是4个电子
A:
当然分px,py,pz
那叫一个壳层
Q:
[图片]
这是emsl 的basis set，C和O的STO-3G, P轨道只有一个函数，和1s,2s一样，只有一个函数构成的
可能是2Px,2Py, 2Pz形状一样？所以只有一个函数
A:
基组是按照壳层来定义的，定义一个P壳层等于定义了PX,PY,PZ
Q:
有d层电子是不是更麻烦
[图片]
这是Te的STO-3G，给了两个D层的函数，也不知道是5个中的哪两个
A:
定义了两层D，共2*5=10个d基函数，而不是一层中的哪两个
Q:
明白了，算基函数数目时2p壳层也得x3对吧。即使2p形状一样，不同的取向x, y, z也算一个基函数对吧
A:
y
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2016.09.12 22:48:43
Q:
请问为什么用Gaussian计算ccsd的sp会显示破坏对称性，我先用的b3lyp优化再ccsd单点能计算
A:
如果是指密度矩阵对称性break，大抵当前波函数本身就没那么高对称性，分子结构的点群对称性给高了
Q:
我在用ccsd后计算加上nosymm可以出结果，但是这个结果有没有问题呢@Sobereva
A:
没问题
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2016.09.12 22:51:59
Q:
请问老师，用什么方法可以将几个物质的频率图整合到一张图上?
A:
什么叫频率图？
如果是诸如IR，用Multiwfn产生各个体系的IR谱，导出曲线数据，然后一起放到origin里作图
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2016.09.12 23:32:02
Q:
哪位大神知道 HF方法能处理dispersion作用吗
对于dispersion 占较大比重的弱相互作用能算出来么。
A:
完全不能，仔细看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2016.09.12 23:35:58
Q:
[图片]
这是什么意思
A:
重装高斯和gview
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2016.09.13 01:05:16
Q:
[图片]计算过渡态时候反应物的吉布斯自由能直接取倒数第一个能量可以吗？还是需要进行一些矫正呢？
A:
[图片]
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
[图片]
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2016.09.13 02:39:47
Q:
谁有LINUX下的G09能不能发给我一个，谢谢！
谁有LINUX下的G09能不能发给我一个，谢谢！
噫，马甲
A:
严厉打击马甲
先在本本上记录一下
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2016.09.13 02:56:54
Q:
请问单重态用UHF计算是什么意思呢？高斯程序是把单重态当成3重态来算么
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.09.13 03:27:00
Q:
请问SOB 老师我采用 #p freq 6-311+g(d,p) geom=connectivity uo3lyp方法计算一个分子后，想提取OUT文件中的HESSIAN 矩阵，请问是下面的内容吗？
Force constants in Cartesian coordinates:
1 2 3 4 5
1 0.812017D+00
2 -0.101815D+00 0.598657D+00
...........
..........
21 0.695072D-03
Leave Link 716 at Mon Sep 12 18:43:34 2016, MaxMem= 39321600 cpu: 0.0
(Enter C:\G09W\l103.exe)
A:
是
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2016.09.13 03:39:57
Q:
请问高斯以Ang作为单位输入，fchk中Hessian的单位分母上是Ang还是bohr
A:
跟输入的单位无关
Q:
那是哪个？
bohr吗？
A:
细节这里都有
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
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2016.09.13 04:11:03
Q:
请问Multiwfn能把fchk文件转换成wfn文件吗？我转换了，好像结果对不上
A:
能
转换无问题
Q:
multiwfn导入fchk，选6，再选0？
A:
y
或者主功能100里选项2
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2016.09.13 04:43:13
Q:
老师你好，请问能不能在chemdraw中得到分子的长宽高？就是一个盒子，正好装着分子的那种。
看文献说用它和mm2力场优化，就得到了，不清楚如何操作。请问有了解的么？
谢谢大家了～
A:
不能
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2016.09.13 05:18:20
Q:
请问下面数据如何算Eag[图片]是否是0.190105-0.110431
还想问一个问题：一个用Gaussian计算的中性团簇自旋多重度为1的话如何求VIP
A:
用0 1态优化的结构，算+1 2态的能量减去0 1态的能量就完了
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2016.09.13 06:17:04
Q:
求 Wiberg bond order的概念，找了好久都没找到。谢谢
A:
S google一搜就有啊。原文见tetrahedron, 24, 1083，脚注部分定义的
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2016.09.13 07:29:03
Q:
我问一下，前线分子轨道上的电子密度分布变化能否用来分析分子结构的扭转呢？@Sobereva
分子结构扭转align一下直接看不就行了
但是我看到mos等值面的电子布居也发生很大变化
如果扭转成垂直的时候，电子会分布到一个group上，另一个group没有分布
而扭转很小时，失衡没这么严重
A:
肯定会变化，但至于能分析出什么有意义的东西就看你怎么讨论了
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2016.09.13 16:20:03
Q:
老师，#p cas(6,6,slaterdet)/6-31G(d) opt=conical optcyc=150 #p cas(6,6)/6-31G(d) opt=conical optcyc=150 这样研究圆锥交叉输入有问题么
A:
大抵没有
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2016.09.13 16:21:10
Q:
请问大家 genecp 是等价于 gen pseudo=read吗谢谢
A:
y
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2016.09.13 16:28:03
Q:
谢谢老师，那如果用Gaussian计算VEA的话，阴离子基态为1，那么中性为2是不是@Sobereva
A:
1、2指什么？根据实际情况设定
Q:
自选多重度
[图片]我在网上看到这个，但是这样的话不应该是当计算中性团簇自选多重度为1或3的话，其正离子使用都为自选多重度2，就算VEA的话，还要从头来过（重算最低能量值）@Sobereva
A:
什么乱七八糟
中性状态如果是0 1，计算阴离子状态就是-1 2。前者能量减后者就是VEA
结构用的也是中性下优化的
Q:
哦，都是使用中性结构的基态能量，我还以为VEA是阴离子基态能量减去中性的阴离子结构，谢谢老师指点@Sobereva
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.13 16:44:55
Q:
如果准备买高斯的linux版本，在不同节点并行。请问一下，他的site license是指一个节点一个还是买一个就够了，linda呢？
谢谢
A:
site license和linda是两码事
跨节点并行就买linda
一个机构买让里面所有人都能用才买site
高斯跨节点并行效率颇低，而且linda还多花不少钱，划不来
----------------------------------------------------
2016.09.13 16:50:17
Q:
那老师你好，我该如何得到分子的长宽高呢？
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2016.09.13 16:53:52
Q:
谢谢老师，又有问题了想请教老师了，VAE不考虑ZPE，那么VIP考虑ZPE，AIP不考虑ZPE是吗@Sobereva
A:
少贴一张幻灯片都不行
[图片]
Q:
什么时候还举行陪训班？
请问这个课件能下载到吗
A:
不能
参加科音基础量化培训的才能拿到纸质版
基础量化班年明年春季才有下一次
Q:
这样
多问一下，到时的培训费发票，能开成会议的形式吗
A:
能
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2016.09.13 18:18:47
Q:
请问老师，输入文件中的#p是输出主要信息的意思吗
A:
输出全面的信息，而不是主要信息
输出全面的信息，而不是主要信息
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