计算化学公社

标题: 求助：VASP的CI-NEB计算均存在小虚频或较大虚频，如何消除？ [打印本页]

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-17 22:00
标题: 求助：VASP的CI-NEB计算均存在小虚频或较大虚频，如何消除？
本帖最后由红烧肉盖饭于 2023-12-19 10:10 编辑

VASP消虚频的方法，我在论坛中搜索过了，像加上“打破对称性，ISYM=-1”“使用vaspkit的507程序”等等，均未成功。下面是我的一些结果数据。
1.我的CI-NEB计算INCAR文件以及频率计算文件。频率计算的POSCAR均是对应结构的CONTCAR。
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

2.这里贴的是我一个初态结构的频率计算结果。
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
这是我在这个文件夹下，使用vaspkit的507程序得到的输出。可以发现，有“Frequencies have excluded the rotational and translational ones! No imaginary-freq to be corrected!”的输出结果。 (, 下载次数 Times of downloads: 31)

我的问题如下：
1.我列出的这个结构计算的虚频，作为初态有点过于大了。有的结构算出的初态，只有不到10i的虚频。这个虚频是可以忽略的还是必须消除掉？
2.如果是必须消除的，有什么具体的解决方法呢？我有试过jmol查看OUTCR文件，但是不知道如何保存它在虚频上的扭转结构。请问能给出具体的解决方法吗？
谢谢各位老师。

作者
Author: 白皛白 时间: 2023-12-18 09:54
1，没看到过具体文献说可以忽略小的虚频，所以我个人认为还是不可忽视的，即便确实很小。
这部分请见
http://bbs.keinsci.com/thread-13344-3-1.html
2，可以试试用主要虚频作为MODECAR来跑个dimer，从经验上来讲这样跑个dimer小的虚频都可以消除掉。
dimer的使用方法请看
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=dimer

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-18 10:16

白皛白发表于 2023-12-18 09:54
1，没看到过具体文献说可以忽略小的虚频，所以我个人认为还是不可忽视的，即便确实很小。
这部分请见
htt ...

非常感谢，我仔细看看博文

作者
Author: bingo.0 时间: 2023-12-28 17:10

白皛白发表于 2023-12-18 09:54
1，没看到过具体文献说可以忽略小的虚频，所以我个人认为还是不可忽视的，即便确实很小。
这部分请见
htt ...

您好，请问如何将主要虚频提取出来作为MODECAR来跑dimer

作者
Author: 白皛白 时间: 2023-12-29 11:22

bingo.0 发表于 2023-12-28 17:10
您好，请问如何将主要虚频提取出来作为MODECAR来跑dimer

1，在计算频率的文件夹下，grep cm-1 OUTCAR就可以看到有哪些频率，像图1这样。
2，以图1为例子，grep “12 f/i” OUTCAR -A n+2 > freq 实际选择哪个虚频看你的实际情况，n是你的体系的原子数，这一步做完请检查下是否包含了全部原子。
3，把freq文件中最右侧三列的全部数据如图2红色框起来的那些，复制到一个新的文本文件里，将该文本文件命名为MODECAR即可。

作者
Author: 阿司匹林泡腾片 时间: 2023-12-29 15:27
qvasp有消虚频的功能，另外，你可以拿这个结构做个IDM或者Dimer试试

作者
Author: bingo.0 时间: 2024-1-2 20:01

白皛白发表于 2023-12-29 11:22
1，在计算频率的文件夹下，grep cm-1 OUTCAR就可以看到有哪些频率，像图1这样。
2，以图1为例子，grep ...

谢谢老师，我去试一下

作者
Author: yang543 时间: 2025-3-27 14:51

白皛白发表于 2023-12-29 11:22
1，在计算频率的文件夹下，grep cm-1 OUTCAR就可以看到有哪些频率，像图1这样。
2，以图1为例子，grep ...

请教一下，这里手动制作MODECAR的第二步是grep OUTCAR?怎么没输出成功图中界面，我有14i，15i两个虚频，我要14i

作者
Author: 白皛白 时间: 2025-3-27 16:24

yang543 发表于 2025-3-27 14:51
请教一下，这里手动制作MODECAR的第二步是grep OUTCAR?怎么没输出成功图中界面，我有14i，15i两个虚频， ...

输出在freq文件里。

作者
Author: yang543 时间: 2025-3-31 15:46

白皛白发表于 2025-3-27 16:24
输出在freq文件里。

感谢，OUTCAR里手动翻到了做的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)