计算化学公社

标题: xtb固定非氢原子优化，结构跑散了 [打印本页]

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-18 10:58
标题: xtb固定非氢原子优化，结构跑散了
1. 请问各位老师，我想优化一个晶体中提取出来的复合物结构，相拥xtb只优化氢原子，结果结构全部跑散了，之间离的特别远。
2.因为我的体系是带正电的所以就把阴离子补上，但是补阴离子也是从晶体中直接选的，还是固定非氢原子结果结构全弯了。
输入都是这个xtb 1.xyz -I 1 --opt tight -c 16 -u 0 --gfn 2 想问下这种情况应该怎么设置？
3.还有第三个问题就是要是在优化A,B两个分子通过弱相互作用结合在一起的时候，初始的结构应该怎么摆放，有没有什么技巧？
谢谢大家！

作者
Author: Novice 时间: 2023-12-18 14:44
本帖最后由 Novice 于 2023-12-18 16:51 编辑

你在windows还是linux里面使用的？你用的xtb的版本是什么？

我试了下你的1.xyz和1.inp，输入如下：

xtb 1.xyz --opt --input 1.inp --chrg 8

复制代码

运行结束后结构并没有“跑散”。
因此，猜测你出错的原因：
1. 你的结构1为什么电荷是16？我看你的体系里面是8个甲基吡啶基团，因此，结构应该是+8电荷，16是从哪里来的？不过16和8我试后都没有跑散。
2. xtb输入文件中，建议使用--option，且不要长短选项符混用。我好像在有个版本的xtb中遇到过-C指令没有正确识别电荷的情况。建议你计算时仔细查看屏幕输出，是否正确识别了你的设定。
3. 我试了下在WSL跑以上计算，可能由于内存不足直接报错了。如果你用的是windows版我不清楚情况，建议你给足够的内存，或在linux里计算试试。
4. 不要有windows的不好习惯(忽略文件的后缀名)，你的输入限制指令用的文件名是1.inp，但是你的命令行指定的是“-I 1”，这样是无法识别你的限制的! 这一点很可能是你优化失败的主要原因。

附件中为我设定电荷为8时输出的结果
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-18 20:25

Novice 发表于 2023-12-18 14:44
你在windows还是linux里面使用的？你用的xtb的版本是什么？

我试了下你的1.xyz和1.inp，输入如下：

老师首先谢谢您的回复，
1. 我是Ubuntu里用的xtb6.6.1。
2. 我的是联吡啶盐应该是16个正电荷，不过根据您的结果应该和电荷无关。
您说的那些小细节我学到了，我先试试。
不过out文件里的这个* started run on 2023/12/09 at 03:30:28.283

         -------------------------------------------------
      |             Calculation Setup             |
         -------------------------------------------------

      program call             : xtb 4_2DCSA.xyz -I 4_2DCSA --opt tight -c 16 -u 0 --gfn 2
      coordinate file          : 4_2DCSA.xyz
      omp threads             :                   32

molecular fragmentation (1/2 indicates fragments):
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
# atoms in fragment 1/2: 144 432
fragment masses (1/2) :    1059.35    3178.05
CMA distance (Bohr) :  27.218
constraining FC (au) :  0.0500
########################################################################
[WARNING] Please study the warnings concerning your input carefully
-2- userdata_read: could not find '4_2DCSA'
-1- set_rdcontrol: could not find '4_2DCSA'
########################################################################
是不是它没识别我的inp文件

作者
Author: Novice 时间: 2023-12-19 13:14
本帖最后由 Novice 于 2023-12-19 13:15 编辑

2532251334 发表于 2023-12-18 20:25
老师首先谢谢您的回复，
1. 我是Ubuntu里用的xtb6.6.1。
2. 我的是联吡啶盐应该是16个正电荷，不过根据 ...

是没有识别。
你仔细看我楼上回答的第2和4点，以及我展示的命令行的格式了吗？

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-20 10:16

Novice 发表于 2023-12-19 13:14
是没有识别。
你仔细看我楼上回答的第2和4点，以及我展示的命令行的格式了吗？

老师那会儿我还没试，今天刚按您说的那些调整了，其他的看起来正常运行，就是出现了这个，不知道为什么？因为我不懂控制文件怎没写，都是网上照搬别人的只是把原子坐标换了。
[WARNING] Please study the warnings concerning your input carefully
-1- set_fix: the key 'force constant' is not recognized by fix

作者
Author: Novice 时间: 2023-12-20 10:45
本帖最后由 Novice 于 2023-12-20 10:52 编辑

2532251334 发表于 2023-12-20 10:16
老师那会儿我还没试，今天刚按您说的那些调整了，其他的看起来正常运行，就是出现了这个，不知道为什么？ ...

xtb手册写的很详细，你不懂还从网上抄了一堆关键词组合起来用，那真是有奇效!
所以，与其走那么多弯路，不如 RTFM：
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/xcontrol.html

不过，既然结束了只优化氢原子的话应该问题不大。猜测出现警告的原因是你把Constraining的设置用在了Fixing上，删除限制文件里force constant行就好了，而且警告已经提醒的很清楚了！

还有，你一楼的第3个问题，可以参见genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具：http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html，或者xtb手册中的crest部分。至于获得的模型与真实情况的对应的准确性或者关联性，那就需要你自己斟酌了。

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-20 14:34

Novice 发表于 2023-12-20 10:45
xtb手册写的很详细，你不懂还从网上抄了一堆关键词组合起来用，那真是有奇效!
所以，与其走那么多弯路， ...

谢谢老师!

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-20 16:04

Novice 发表于 2023-12-20 10:45
xtb手册写的很详细，你不懂还从网上抄了一堆关键词组合起来用，那真是有奇效!
所以，与其走那么多弯路， ...

老师再请教您一下，我优化了之前的结构往里面加了甲苯分子xtb 2.xyz --opt tight --input 4_2DCSA.inp --chrg 16 --uhf 0 --gfn 0 > 2.out 固定了除了甲苯分子之外的所有的其他非氢原子，结果直接跑的分子都散架了，这个您有遇到过吗？

作者
Author: Novice 时间: 2023-12-20 19:19
本帖最后由 Novice 于 2023-12-20 19:20 编辑

2532251334 发表于 2023-12-20 16:04
老师再请教您一下，我优化了之前的结构往里面加了甲苯分子xtb 2.xyz --opt tight --input 4_2DCSA.inp -- ...

我试了下也出现了相同问题（gfnff也是），原因未明，可能是bug，建议你去github的xtb页面去反馈。

作者
Author: 2532251334 时间: 2023-12-21 14:02

Novice 发表于 2023-12-20 19:19
我试了下也出现了相同问题（gfnff也是），原因未明，可能是bug，建议你去github的xtb页面去反馈。

好的，谢谢老师!

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)