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标题: 求助：vmd如何显示ssbond里的二硫键信息 [打印本页]

作者
Author: molly85 时间: 2023-12-18 12:16
标题: 求助：vmd如何显示ssbond里的二硫键信息
各位老师好，我现在有一个问题，我用scwrl软件预测了二硫键的信息，即pdb开头附带有ssbond的信息，想将二硫键的信息用vmd显示出来。最开始的做法是在selected atoms的关键词是resname CYX(蛋白质半胱氨酸构成二硫键)，drawing method 换成dynamicbonds ,通过调整distance cutoff 来显示成键信息。
目前有两个新的疑问：
1. 为了成键，我需要不断调整distance cutoff（原子之间的距离）的信息，因此，它的取值大小的意义是什么呢，是为了显示二硫键嘛？
2. 我查到二硫键的长度约为2.05 A，但是我在画部分蛋白的二硫键的时候distance cutoff 需要调整到3.7，这两者有什么联系？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-18 16:32
VMD并不读pdb里的ssbond信息。成键关系是在载入结构时自动判断的，看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: molly85 时间: 2023-12-20 08:49

sobereva 发表于 2023-12-18 16:32
VMD并不读pdb里的ssbond信息。成键关系是在载入结构时自动判断的，看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的 ...

好的，谢谢老师！

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