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标题: 求助：用amber做动力学，遇到Error：Could not find angle parameter: os - ca - ha [打印本页]

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-18 17:15
标题: 求助：用amber做动力学，遇到Error：Could not find angle parameter: os - ca - ha
各位老师好，我用amber跑动力学遇到问题，Could not find angle parameter: os - ca - ha，我已经加载了guff立场，还用parmchk2检查缺失参数，生成补充参数文件frcmd
以下是我用的脚本，做到最下面这一步开始出错

module load apps/amber/AmberTools20/hpcx-2.4.1-gcc-7.3.1

source /public/software/apps/amber/amber20_src/amber.sh

antechamber -i lig.mol2 -fi mol2 -o lig.prepi -fo prepi -c bcc -rn LIG -pf y

parmchk2 -i lig.prepi -f prepi -o lig.frcmod

pdb4amber -i com-noh.pdb -o com.pdb --reduce

tleap

source leaprc.protein.ff14SB

source leaprc.gaff

source leaprc.water.tip3p

loadamberprep lig.prepi

loadamberparams lig.frcmod

set default PBRadii mbondi2

lig=loadpdb sqm.pdb

com = loadpdb com.pdb

receptor=loadpdb receptor.pdb

saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd

附件里是我的相关文件，希望大家不吝赐教，特别谢谢大家

作者
Author: abdoman 时间: 2023-12-18 17:22
简单说，小分子的参数不对

sqm.pdb 与com.pdb 里面的小分子各个原子的名字对应吗？

作者
Author: rpestana94 时间: 2023-12-18 21:39
Why you are loading the ligand as pdb and creating the the prepi and frcmod from a mol2 file, it can have different names, try loading the ligand as mol2 file, and should be the same one that you use to create the prepi file

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-19 15:25

abdoman 发表于 2023-12-18 17:22
简单说，小分子的参数不对

sqm.pdb 与com.pdb 里面的小分子各个原子的名字对应吗？

谢谢，确实是小分子的问题，小分子的结构在MOE中查看没问题，但在pdb文件中被分成了三段。

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-19 15:26

rpestana94 发表于 2023-12-18 21:39
Why you are loading the ligand as pdb and creating the the prepi and frcmod from a mol2 file, it can ...

Thank you, I have solved the problem.

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