计算化学公社

标题: 求助关于计算BSSE矫正能！ [打印本页]

作者
Author: tjuchan 时间: 2014-12-8 21:45
标题: 求助关于计算BSSE矫正能！
大家好，想请问一下，我想计算A、B相互作用能，想考虑BSSE矫正，不知道是不是下面这样做呢？1、首先在某一个基组Q下opt+freq优化A，没有虚频；
2、接着同一个基组Q下opt+freq优化B，同样没有虚频；
3、还是统一基组Q下将优化完的A和B几个构型凑在一块(相互作用的部位) opt+freq 并添加counterpoise=2
4、然后；作用能= 矫正的二聚体corrected energy - 矫正的片段1(A)能量 - 矫正的片段(B)的能量
是这样的吗？第1和2步需要吗？？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-8 22:06
一般计算考虑了BSSE的相互作用能的时候，就是这么几步
(1)对AB复合物进行优化。（优化过程中不建议考虑BSSE，不仅意义不大，而且由于没有解析梯度，耗时增加甚巨。）
(2)从复合物结构中提取A的结构，算A的单点能E_A
(3)从复合物结构中提取B的结构，算B的单点能E_B
(4)计算考虑了BSSE校正后的复合物能量E_AB_corrected
然后E_AB_corrected - E_A - E_B即是相互作用能。

下面这个帖子有详细讨论。实际上Gaussian里用counterpoise关键词对优化后的复合物做单点能计算的时候，已经把(2)、(3)、(4)一次性全都计算出来了。
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

在计算A和B的能量前是否对A和B单独进行优化看具体考察什么。比如对于A，它在优化后结构下的能量和在复合物结构下的能量之差是所谓的变形能，体现了与B相互作用前结构发生变形造成的能量改变。多数相互作用能的研究都是不考虑变形能的。但如果要计算诸如反应热，那是肯定要考虑的。

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2014-12-9 20:10
在计算ab复合物结构的时候加上关键词counter再定义分子片段，这个也可以吧？我一直是这样做的

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-9 20:51

小菜鸟求关照发表于 2014-12-9 20:10
在计算ab复合物结构的时候加上关键词counter再定义分子片段，这个也可以吧？我一直是这样做的

上面回帖中我说的“实际上Gaussian里用counterpoise关键词对优化后的复合物做单点能计算的时候，已经把(2)、(3)、(4)一次性全都计算出来了。”就是你说的这个过程

作者
Author: 小菜鸟求关照 时间: 2014-12-10 09:17

sobereva 发表于 2014-12-9 20:51
上面回帖中我说的“实际上Gaussian里用counterpoise关键词对优化后的复合物做单点能计算的时候，已经把(2 ...

嗯呢明白啦

作者
Author: zhangyina 时间: 2016-9-28 16:42

sobereva 发表于 2014-12-8 22:06
一般计算考虑了BSSE的相互作用能的时候，就是这么几步
(1)对AB复合物进行优化。（优化过程中不建议考虑BSS ...

老师你说的E_AB_corrected - E_A - E_B即是相互作用能这里的 E-A 、E-B是不是就是输出文件里的 E（MCBS）1和E（MCBS）2 可以这样理解吗？这样减出来的值就是文献里常说的Eint吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-28 16:50

zhangyina 发表于 2016-9-28 16:42
老师你说的E_AB_corrected - E_A - E_B即是相互作用能这里的 E-A 、E-B是不是就是输出文件里的 E ...

是

一般直接取counterpoise任务最后输出的complexation energy = xxx kcal/mole (corrected)就完了，就是这个值，省得还自己加减了

作者
Author: zhangyina 时间: 2016-9-28 17:10

sobereva 发表于 2016-9-28 16:50
是

一般直接取counterpoise任务最后输出的complexation energy = xxx kcal/mole (corrected)就 ...

我用高斯09 a.02 做的输出结果只有BSSE 和校正后的复合物的能量

作者
Author: zhangyina 时间: 2016-9-28 17:25

sobereva 发表于 2016-9-28 16:50
是

一般直接取counterpoise任务最后输出的complexation energy = xxx kcal/mole (corrected)就 ...

用mp2计算时 E（MCBS 1） E（MCBS 2）应该是EUMP2后面的值对吧？那就算Eint时也减得是这个数值吗？好像不对那应该是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-28 19:07

zhangyina 发表于 2016-9-28 17:25
用mp2计算时 E（MCBS 1） E（MCBS 2）应该是EUMP2后面的值对吧？那就算Eint时也减得是这个数值吗？ ...

MP2计算当然得取EUMP2的值，scf done后面是HF能量

作者
Author: zhangyina 时间: 2016-9-28 19:41
本帖最后由 zhangyina 于 2016-9-28 21:54 编辑

sobereva 发表于 2016-9-28 19:07
MP2计算当然得取EUMP2的值，scf done后面是HF能量

E_AB_corrected - E_A - E_B即是相互作用能用MP2计算时 E-A E_B 应该是EUMP2 后面的值还是 scf done 后的HF的能量？如果都不是那应该是什么？老师下面是我做的mp2计算的输出文件请问在这种情况下 Eint 是该如何算？

作者
Author: zycz138 时间: 2016-9-28 19:45

sobereva 发表于 2016-9-28 16:50
是

一般直接取counterpoise任务最后输出的complexation energy = xxx kcal/mole (corrected)就 ...

两个片段还好，如果设置八个片段，如何从结果文件中计算两两片段之间的相互作用能呢？是不是很复杂了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-28 22:21

zycz138 发表于 2016-9-28 19:45
两个片段还好，如果设置八个片段，如何从结果文件中计算两两片段之间的相互作用能呢？是不是很复杂了

不复杂啊。
你要算哪两部分的相互作用能，就把哪两部分在counterpoise时各设成一个片段就完了

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