计算化学公社

标题: 关于量化计算的初始结构，是否一定要先做构象搜索？ [打印本页]

作者
Author: Shuang-Jie 时间: 2023-12-18 21:57
标题: 关于量化计算的初始结构，是否一定要先做构象搜索？
关于量化计算的初始结构的选择的问题一直都没有完全搞明白，如果想要保证自己的优化结果是全局最小点，是一定要做构象搜索么？我做有机小分子优化多一些，有时候觉得分子结构比较简单，就不太想去做麻烦的构象搜索，但是又怕自己最终得到的结果并不是最合理的。所以想问一下大家，做量化计算，如何较好地保证收敛到全局最小点呢？标准的流程是不是必须要“构象搜索-量化计算”，如果是的话，有机小分子的构象搜索有没有什么比较简便的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-18 23:28
有可旋转的键通常都需要做构象搜索，除非体系足够简单且你有足够准确的化学直觉，能判断摆成什么样的初猜结构肯定能优化到全局最小点结构

molclus是做构象搜索最好的选择，看
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: niobium 时间: 2023-12-19 08:41
我觉得做不做构象搜索取决于你前面那句话：保证自己的优化结果是全局最小点。如果你追求全局最小点，那稍微复杂点的分子都要做构象搜索。但是我觉得有两点你也要知道：1. 不是所有的计算都必须要求是全局最小点，2. 做构象搜索也没法保证能得到全局最小点。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)