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标题: 求助：Amber做动力学遇到Error:failed to generate parameters [打印本页]

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-19 13:40
标题: 求助：Amber做动力学遇到Error:failed to generate parameters
本帖最后由 liuliuliu666 于 2023-12-19 16:15 编辑

大家好，我用amber做动力学遇到Error:failed to generate parameters，应该是和receptor有关，但不知道问题出在哪
以下是我的脚本，做到最下面这一步，对receptor.pdb文件的处理就是改变了69位组氨酸HIS的质子化状态，改成了HIE，最后没有生成receptor.prmtop和receptor.inpcrd文件，希望希望大家不吝赐教，谢谢

module load apps/amber/AmberTools20/hpcx-2.4.1-gcc-7.3.1

source /public/software/apps/amber/amber20_src/amber.sh

antechamber -i lig.mol2 -fi mol2 -o lig.prepi -fo prepi -c bcc -rn LIG -pf y

parmchk2 -i lig.prepi -f prepi -o lig.frcmod

pdb4amber -i com-noh.pdb -o com.pdb --reduce

tleap

source leaprc.protein.ff14SB

source leaprc.gaff

source leaprc.water.tip3p

loadamberprep lig.prepi

loadamberparams lig.frcmod

set default PBRadii mbondi2

lig=loadpdb sqm.pdb

com = loadpdb com.pdb

receptor=loadpdb receptor.pdb

saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd

saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd

saveamberparm receptor receptor.prmtop receptor.inpcrd

附件是我的相关文件

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-19 16:15
说错了口误，69位组氨酸HIS，我的蛋白是双链。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-12-19 20:11
receptor.pdb中B链8号ARG残基中有一个原子名为H22，应该是HH22

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2023-12-19 22:08

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-19 20:11
receptor.pdb中B链8号ARG残基中有一个原子名为H22，应该是HH22

非常谢谢您，确实是因为这个问题，第一次做没什么经验，还是特别感谢您

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