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标题: 在GCMC计算时出错，使用软件为RASPA [打印本页]

作者
Author: 10yaoxue 时间: 2016-10-8 22:24
标题: 在GCMC计算时出错，使用软件为RASPA
_cell_length_a: 25.860400
_cell_length_b: 25.860400
_cell_length_c: 25.860400
_cell_length_alpha: 90.000000
_cell_length_beta: 90.000000
_cell_length_gamma: 90.000000
End reading cif-file
ReturnPseudoAtomNumber: Error!!!! :H_h2

附输入文件：SimulationType             MonteCarlo
NumberOfCycles             20000
NumberOfInitializationCycles  20000
PrintEvery                   500
RestartFile                no

Forcefield                   TraPPE
ChargeMethod                Ewald
EwaldPrecision             1e-6

Framework 0
FrameworkName MOF-5
UnitCells 1 1 1
HeliumVoidFraction 0.572
ExternalTemperature 273.15
ExternalPressure 1 10000 20000 30000 40000 50000 60000 70000 80000 90000 100000 110000 120000

Movies yes
WriteMoviesEvery 500

Component 0 MoleculeName                   hydrogen
         MoleculeDefinition             TraPPE
         TranslationProbability          0.5
         RotationProbability             0.5
         ReinsertionProbability          0.5
         SwapProbability                1.0
         CreateNumberOfMolecules       0

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-1-10 14:00
请问你是怎么编译的，我编译，到了automake这一步，出现错误：
configure.ac: error: no proper invocation of AM_INIT_AUTOMAKE was found.
configure.ac: You should verify that configure.ac invokes AM_INIT_AUTOMAKE,
configure.ac: that aclocal.m4 is present in the top-level directory,
configure.ac: and that aclocal.m4 was recently regenerated (using aclocal)
automake: error: no 'Makefile.am' found for any configure output

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-1-11 11:17

zyj19831206 发表于 2017-1-10 14:00
请问你是怎么编译的，我编译，到了automake这一步，出现错误：
configure.ac: error: no proper invocatio ...

问题已经解决。

作者
Author: 小瓶子 时间: 2017-1-22 22:32
楼主你好，我有个小问题想向你请教，在输入文件中，有
         TranslationProbability          0.5
         RotationProbability             0.5
         ReinsertionProbability          0.5
         SwapProbability                1.0
平动转动插入的概率和为什么不是1呢？谢谢楼主！

作者
Author: agent99 时间: 2017-1-23 06:51

小瓶子发表于 2017-1-22 22:32
楼主你好，我有个小问题想向你请教，在输入文件中，有
TranslationProbability 0.5 ...

我记得这些概率都是相对值吧

作者
Author: 小瓶子 时间: 2017-2-16 17:15

agent99 发表于 2017-1-23 06:51
我记得这些概率都是相对值吧

谢谢，学习了

作者
Author: senR_R 时间: 2019-8-5 17:31
您好，请问这个问题您最后是怎么解决的？

作者
Author: Yanglz 时间: 2019-11-3 18:35
您好，我在计算C2H2时也遇到了类似的问题，ReturnPseudoAtomNumber: Error!!!! :C_C2H2，请问您最后怎么解决的？

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-12-17 19:32

Yanglz 发表于 2019-11-3 18:35
您好，我在计算C2H2时也遇到了类似的问题，ReturnPseudoAtomNumber: Error!!!! :C_C2H2，请问您最后怎么解 ...

您好，我也遇到了类似的问题，请问您是怎么解决的呀

作者
Author: NK-MOF 时间: 2021-9-14 15:34

cdcdcd 发表于 2020-12-17 19:32
您好，我也遇到了类似的问题，请问您是怎么解决的呀

把C2H2.def文件中的C_C2H2和H_C2H2改成C和H就可以了。

作者
Author: Zengwenmao 时间: 2022-1-22 00:56

NK-MOF 发表于 2021-9-14 15:34
把C2H2.def文件中的C_C2H2和H_C2H2改成C和H就可以了。

您好，我也尝试把_后面的内容删除，但是请问这样会影响调用force_field_mixing_rules.def中对应的原子参数吗？
比如：C2H2中的C原本应该调用C_C2H2的LJ参数，在去掉_C2H2后是否会调用C的参数？
是否有其他方法可以解决该问题？

作者
Author: NK-MOF 时间: 2022-1-29 13:04

Zengwenmao 发表于 2022-1-22 00:56
您好，我也尝试把_后面的内容删除，但是请问这样会影响调用force_field_mixing_rules.def中对应的原子参 ...

可以在输入文件中加入关键词“RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes”试一试。

作者
Author: CJW 时间: 2022-5-24 19:52

小瓶子发表于 2017-1-22 22:32
楼主你好，我有个小问题想向你请教，在输入文件中，有
TranslationProbability 0.5 ...

Swap 包含插入和删除两个操作，这里设为1这几个操作概率就一样了。当然没有必要保证这里的概率一样，大概只是为了写文章方便说。

作者
Author: 一路向前 时间: 2023-11-6 20:21

cdcdcd 发表于 2020-12-17 19:32
您好，我也遇到了类似的问题，请问您是怎么解决的呀

RASPA计算乙炔模拟需要修改力场参数

作者
Author: 一路向前 时间: 2023-11-8 14:14
在用RASPA计算乙炔和CO2的时候，各位有没有好的计算参数，如怎么修改force_field_mixing_rules.def，C2H2.def及pseduo_atom.def文件呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-8 14:33

一路向前发表于 2023-11-8 14:14
在用RASPA计算乙炔和CO2的时候，各位有没有好的计算参数，如怎么修改force_field_mixing_rules.def，C2H2.d ...

https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html#ce-ch-4-gcmc

作者
Author: 一路向前 时间: 2023-11-10 20:56

slxc920113 发表于 2023-11-8 14:33
https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html#ce-ch-4-gcmc

谢谢

作者
Author: 一路向前 时间: 2023-11-15 16:59
但是计算发现用这个软件计算出来的结果还是有很大偏差

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