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标题: VASP-CINEB计算过渡态出现极大原子受力太大 [打印本页]

作者
Author: nosugar 时间: 2023-12-19 17:46
标题: VASP-CINEB计算过渡态出现极大原子受力太大
各位老师好，最近在用CI-NEB算H2O在ZnO表面解离成H和OH的过渡态，遇到了一些问题，希望得到大家的帮助！
我打算先用CI-NEB跑一个粗收敛，然后用Dimer精收敛，但是在跑CI-NEB的时候一直没有收敛的趋势，用的是idpp.py非线性插点，dist.pl返回值为4.01971793752659，插点个数为4，下面是我的INCAR，以及IS和FS结构。我的材料为五层，上面两层放开，下面三层固定。
nebef.pl结果:
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
INCAR：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
(, 下载次数 Times of downloads: 31)
IS-top:
(, 下载次数 Times of downloads: 29)
IS-side:
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
FS-top:
(, 下载次数 Times of downloads: 29)
FS-side:
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-12-20 08:33
iopt=3 插点数为5

作者
Author: nosugar 时间: 2023-12-20 09:59

wypkdhd 发表于 2023-12-20 08:33
iopt=3 插点数为5

是把这两个参数改成这样嘛？我尝试一下，非常感谢！顺便方便请教一下这样修改的理由嘛？

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-12-20 10:39
其实你还有两个参数有问题，既然是氧化物了。
If you have no a priori knowledge of your system, for instance, if you do not know whether your system is an insulator, semiconductor or metal then always use Gaussian smearing ISMEAR=0 in combination with a small SIGMA=0.03-0.05.
插点数为距离/0.8四舍五入。
iopt对应算法，具体去vtst官网自己看，iopt=7没iopt=3安全。

作者
Author: nosugar 时间: 2023-12-20 10:55

wypkdhd 发表于 2023-12-20 10:39
其实你还有两个参数有问题，既然是氧化物了。
If you have no a priori knowledge of your system, for in ...

非常感谢您的解答，参数这一部分我再仔细看看

作者
Author: 单单 时间: 2024-7-1 14:19
请问dist.pl脚本可以发给我一个吗？谢谢

作者
Author: songyu 时间: 2024-7-4 11:34

单单发表于 2024-7-1 14:19
请问dist.pl脚本可以发给我一个吗？谢谢

#!/usr/bin/env perl
#;-*- Perl -*-
use FindBin qw($Bin);
use lib "$Bin";
use Vasp;
# This program prints the difference in each coordinate for two POSCAR files.
# variables needed by the script
@args=@ARGV;
@args==2 || die "usage: dist.pl <POSCAR 1 filename> <POSCAR 2 filename> ";
$poscarfile1 = $args[0];
$poscarfile2 = $args[1];
($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)
= read_poscar($poscarfile1);
($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)
= read_poscar($poscarfile2);
$difference = pbc_difference($coordinates1,$coordinates2,$total_atoms);
$cartesian = dirkar($difference,$basis,$lattice,$total_atoms);
$distance = magnitude($cartesian,$total_atoms);
print $distance,"\n";

复制代码

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-4 12:26

单单发表于 2024-7-1 14:19
请问dist.pl脚本可以发给我一个吗？谢谢

这个脚本在 VTST 官网上就能下载到

https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html

vtstscripts.tgz 解压之后里面全是各种有用的脚本

作者
Author: 单单 时间: 2024-7-5 15:55

乐平发表于 2024-7-4 12:26
这个脚本在 VTST 官网上就能下载到

https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html

好的，谢谢

作者
Author: 单单 时间: 2024-7-5 15:55

songyu 发表于 2024-7-4 11:34

谢谢

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