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标题: 求助：IRC计算中如何固定/指定反应坐标 [打印本页]

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 00:12
标题: 求助：IRC计算中如何固定/指定反应坐标
本帖最后由 fresco604 于 2016-10-9 00:17 编辑

在我的一个IRC计算中，从一个minima A到另外一个minima B唯一的区别就是一个二面角dihedral angle的转换，但是在我的IRC计算中，有时除了该二面角，别的二面角可能也会出现改动

于是，我在input文件中，固定住了除了那个二面角以外所有别的二面角，就像这样：

# irc=(calcfc,lqa) b3lyp/6-31+g(d) geom=modredundant

过渡态分子结构

D 1 2 3 4 F
D 2 3 4 5 F
.......

我想这样的话在IRC计算当中应该反应坐标就只是那个我想旋转的二面角了，可是这个计算根本无法进行，每次都报错：

Cannot AddRedundant with Cartesian or Z-matrix opts.
Error termination via Lnk1e in /apps/rhel6/g09-D.01/g09/l1.exe

小弟在此求助各位大神，我如何才能在IRC计算中指定反应坐标，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 00:37
你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动，就对希望变动的二面角做柔性扫描，用F约束其它二面角运动。

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 00:39
另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态，要么就都只回到末态，导致我的IRC曲线是对称的，如图所示

(, 下载次数 Times of downloads: 34)

是不是我需要加一个nosymm 指令？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 00:40

fresco604 发表于 2016-10-9 00:39
另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态，要么就都只回到末态，导致我的IRC ...

明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 00:40

sobereva 发表于 2016-10-9 00:37
你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动，就对希望变动的二面角做柔性扫描，用F约束其它二 ...

谢谢指教，另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态，要么就都只回到末态，导致我的IRC曲线是对称的，是不是需要一个nosymm指令之类的？

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 00:42

sobereva 发表于 2016-10-9 00:40
明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。

哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个准确的过渡态

作者
Author: librakitty 时间: 2016-10-9 01:11

fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个 ...

之前我倒是遇到一种情况，构型变化就是一个键的角度发生变化，两个构型实际上是对称结构，这个例子就在北师大的一本计算化学实验书上有，我觉得吧你应该仔细对比一下你的两个结构再决定。祝好运！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 12:43

fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦，原来是这样，可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊，实在不知道怎么才能找到一个 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 21:00

librakitty 发表于 2016-10-9 01:11
之前我倒是遇到一种情况，构型变化就是一个键的角度发生变化，两个构型实际上是对称结构，这个例子就在北 ...

谢谢不过我的两个minima倒确实不是mirror image，就是一个dihedral angle有不同

作者
Author: fresco604 时间: 2016-10-9 21:02

sobereva 发表于 2016-10-9 12:43

谢谢！我再重新优化一下过渡态

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