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标题: qmmm计算势能面扫描结构优化不收敛 [打印本页]

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Author: llh 时间: 2023-12-19 22:48
标题: qmmm计算势能面扫描结构优化不收敛
本帖最后由 llh 于 2023-12-19 23:09 编辑

      小白求助。我在做蛋白体系的QM/MM时，采用反应坐标驱动法进行势能面扫描，从中间体结构向产物和反应物方向拉点，向反应物方向扫描时遇到结构优化不收敛的问题。方法基组：B3LYP/6-31+G(d)，qm区使用gaussian 03 进行计算，MM部分采用amber8，扫描几个点之后，开始有个点的一直优化不出来（图一，所示10），qm区（图二）和MM区能量显示正常，查看结构也是正常的，换了各种关键词（calcfc  calcall  scf(conver=6)  scf(tight) int=ultrafine ），尝试换了初猜结构，第二步优化成功，但x.3又不收敛，并有变坏趋势，如下图（图三），四个指标都远大于收敛限（图四，x.3.log）。是我漏了哪些因素没有考虑吗？还是继续换结构优化呢？而且对于同一体系其它结构，也出现了类似的情况，优化到接近反应物结构是，收敛变得困难。求大神指点。 x.3.com的输入文件在附件。
   另外，我想问一下，哪里可以看更多的关于gaussian+amber做qmmm计算的相关教程或者计算经验之类的资料呢？非常感谢！

(, 下载次数 Times of downloads: 4)
(, 下载次数 Times of downloads: 6) 图一  point10 结构优化不成功
(, 下载次数 Times of downloads: 6) 图二 qm区能量
(, 下载次数 Times of downloads: 8) 图三 point10 rms force
(, 下载次数 Times of downloads: 8) 图四 point10 x.3.com 四个收敛项

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Author: sobereva 时间: 2023-12-20 01:20
直接用簇模型做DFT计算就完了，没必要鼓捣这些
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

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Author: llh 时间: 2023-12-20 09:05

sobereva 发表于 2023-12-20 01:20
直接用簇模型做DFT计算就完了，没必要鼓捣这些
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问 ...

谢谢sob老师。这个qm/mm是程序课题组一直在用的，之前其它相似体系也是用的这个，从reac到产物拉点没有遇到过这么难收敛的情况。如果用簇模型的话，我其它的结构是不是也需要都重新算一遍呢。请老师指点

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Author: sobereva 时间: 2023-12-21 03:12

llh 发表于 2023-12-20 09:05
谢谢sob老师。这个qm/mm是程序课题组一直在用的，之前其它相似体系也是用的这个，从reac到产物拉点没有遇 ...

如果需要横向对比就需要

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