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标题: 求助：金属原子的top文件要怎么写 [打印本页]

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Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-12-20 15:08
标题: 求助：金属原子的top文件要怎么写
老师，我想要写一个锂原子的top文件，但是我想要他带有电荷，我写成下面这张图写会不会就变成了锂离子了。
我在OPLS力场中的ffnonbonded.itp 和atomtypes.atp 中都加入这两种原子的LJ参数。不知道这么写是不是对的。

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-21 03:42
锂原子又带有电荷，不知道你要干什么。电荷怎么设成了-0.4

你若要定义有特定电荷的Li，直接把OPLS-AA目录下的ions.itp的Li+的信息复制出来，改个moleculetype的名字，写上电荷值就完了

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-12-21 09:39

sobereva 发表于 2023-12-21 03:42
锂原子又带有电荷，不知道你要干什么。电荷怎么设成了-0.4

你若要定义有特定电荷的Li，直接把OPLS-AA目 ...

老师, 是模拟锂电极，想要电极表面带电

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-21 19:36
本帖最后由 slxc920113 于 2023-12-21 19:52 编辑

打豆豆的灰鸭发表于 2023-12-21 09:39
老师, 是模拟锂电极，想要电极表面带电

锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如morse或者Buckingham）描述会更好，但是和传统力场的兼容性太差，所以也有一些学者专门拟合了LJ的形式，下面这篇文章里面整理和很多金属体系的LJ参数，其中就包括你需要的BCC的锂金属。

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需要说明的是，文章里面的表格单位是错的，LJ那儿的sigma的单位应该是埃，表里面的数值也不需要e后面的部分，epsilon换算成kJ/mol应该需要乘以阿伏伽德罗常数。

锂金属的LJ参数应该是：sigma=0.2811 nm epsilon=19.69142 kJ/mol

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-12-21 19:57

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

谢谢啦，我用的不是锂离子的LJ参数，是锂原子的，也是在文献中获得，只是这个top不知道怎么描述

作者
Author: tyb 时间: 2025-6-8 23:19

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

楼主有没有Bi原子的参数呢？跪谢

作者
Author: liushaohui 时间: 2025-12-19 21:56

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

您好!可以问以下锂离子的参数吗？还有，我想问一下，单个锂离子也需要非键参数吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-12-20 15:53
本帖最后由牧生于 2025-12-20 16:03 编辑

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

我没有算出和你一样的结果。

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那么，根据公式
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为何要乘阿伏伽德罗常数呢？那个表中的J，我觉得应该是kcal

我的哪里不对吗，能给出详细的计算公式吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-12-22 14:40

牧生发表于 2025-12-20 15:53
我没有算出和你一样的结果。

他写的单位是J，换算成kJ/mol，就是乘以NA/1000，3.271E-20*6.02E23/1000=19.69142 kJ/mol

作者
Author: 牧生 时间: 2025-12-22 15:53
本帖最后由牧生于 2025-12-22 16:16 编辑

slxc920113 发表于 2025-12-22 14:40
他写的单位是J，换算成kJ/mol，就是乘以NA/1000，3.271E-20*6.02E23/1000=19.69142 kJ/mol

好的，感谢解答

相较于文献npj Computational Materials (2021) 7:17 ，感觉这篇文章作者漏了fcc铁的参数。而且那个bcc的参数，用来跑bcc的相应的金属胞，实际都要变形，还不如我直接无脑就用冻结

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