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标题: 用CI-NEB搜索过渡态时显示“KILLED BY SIGNAL:9(killed)报错怎么解决？ [打印本页]

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-20 17:13
标题: 用CI-NEB搜索过渡态时显示“KILLED BY SIGNAL:9(killed)报错怎么解决？
各位，我在CP2K中用CI-NEB搜索过渡态时老是显示以下报错是怎么回事，我修改不同参数进行了很多次尝试，不过还是不行，请问各位有什么好的解决办法，望不吝赐教，非常感谢！反应物，产物和输入文件在附件
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Author: sobereva 时间: 2023-12-21 03:38
看副本的out文件里的信息判断原因

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-22 11:48

sobereva 发表于 2023-12-21 03:38
看副本的out文件里的信息判断原因

sob老师，副点的out文件没有什么可用的信息呢，我256G的内存，应该不是内存不够的原因吧，请问老师还有什么可能的原因吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 15:57

科研好难发表于 2023-12-22 11:48
sob老师，副点的out文件没有什么可用的信息呢，我256G的内存，应该不是内存不够的原因吧，请问老师还有什 ...

诸如10个副本，内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨，别小瞧了

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-22 16:12

sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本，内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨，别小瞧了

好的sob老师，那这个可以储存到硬盘里吗？服务器装了一个16TB的硬盘

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 16:14

科研好难发表于 2023-12-22 16:12
好的sob老师，那这个可以储存到硬盘里吗？服务器装了一个16TB的硬盘

不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt关于内存使用问题

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还可以用psmp版让每个副本只用OpenMP方式并行节约内存

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-22 17:56

sobereva 发表于 2023-12-22 16:14
不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的 ...

好的，谢谢sob老师，我再研究研究

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-22 21:04

sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本，内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨，别小瞧了

sob老师，我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35，总点数从9降到7，然后就已经开始计算了，这是不是说明之前的报错真的是内存不够导致的？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 21:40

科研好难发表于 2023-12-22 21:04
sob老师，我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35，总点数从9降到7，然后就已经开始计算了，这是 ...

是

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-26 21:39

sobereva 发表于 2023-12-22 21:40
是

sob老师，我另一个帖问了您反应物，产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致，您让我把相关能量的设置设成一样的，为了验证能量能否一致，我想着把7个点改成5个点，CUTOFF和REC-CUTOFF从300，35提到和优化一致的600，55，k点从1，1，1提到2，2，1验证一下，结果一提交计算还是本帖一样的报错，sob老师，256G内存5个点都算不了，是不是有点夸张了，按这个情况的话，我这个体系搜索过渡态根本就做不了，老师，您看您有什么好的建议可以帮帮我吗？属实没辙了，导师又催得紧

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Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:21

科研好难发表于 2023-12-26 21:39
sob老师，我另一个帖问了您反应物，产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致，您让我把相关能量的设置 ...

前面说了，尝试psmp版

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Author: 科研好难 时间: 2023-12-27 21:57

sobereva 发表于 2023-12-27 01:21
前面说了，尝试psmp版

sob老师，好像没什么用哎，我用psmp版算5个点还是同样的报错哎，我打开了内存实时查看，一提交计算使用的内存就会急剧增加，不过就几秒的时间就报错了，这个时候内存也还剩200G左右啊。sob老师，还有k点对耗内存的影响打不打？

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-12-28 20:43
sob老师，会不会是我运行psmp版搞错了，您可以帮我看一下吗，我用psmp版计算之前popt版都可以算的7个点输入文件都报本帖的错哎，这不符合常理啊 (, 下载次数 Times of downloads: 18)

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