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标题: zeo++可视化图的问题 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-12-21 11:25
标题: zeo++可视化图的问题
请问有大佬有做过zeo++的可视化vmd图吗，我做出来的感觉没有文献中的那种立体感，请问有人知道是什么原因吗（我做的是下面这张图

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 01:51
可以用Multiwfn+VMD/VESTA，效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-12-22 11:34

sobereva 发表于 2023-12-22 01:51
可以用Multiwfn+VMD/VESTA，效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http ...

好的sob老师，非常感谢，我现在去试试

作者
Author: JCenter 时间: 2023-12-24 02:03
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl，输入指定路径下的cssr结构文件。但是没有在打开的vmd中载入任何图像，有一行提示是:child process exited abnormally.楼主您有遇到过这个问题吗。

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-12-26 14:28

JCenter 发表于 2023-12-24 02:03
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl，输入指定路径 ...

1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug，我的vmd1.9.3没法正常运行，后使用ubuntu的linux版本解决
2 也可能是cssr文件的问题，我用的是cif文件没有这种问题

作者
Author: JCenter 时间: 2024-1-5 14:51

wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug，我的vmd1.9.3没法正常运行，后使用ubuntu的linux版本解决
...

非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的，zeovis估计只能在Linux系统中适用。

作者
Author: Alan123 时间: 2024-4-4 10:41

JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的，zeovis估计只能在Linux系统中适用。

您好，请问我在Linux上面运行zeovis，没有显示任何错误，但是VMD还是没有图像，请问这个是咋回事呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: qyw 时间: 2024-7-5 09:46

Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好，请问我在Linux上面运行zeovis，没有显示任何错误，但是VMD还是没有图像，请问这个是咋回事呢？

同问，你解决了吗

作者
Author: aerogel 时间: 2024-12-26 21:29

wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug，我的vmd1.9.3没法正常运行，后使用ubuntu的linux版本解决
...

你好，可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗，我试了好多次都显示
无法删除 'ZeoVisInput.zvis': 没有那个文件或目录

作者
Author: aerogel 时间: 2024-12-26 21:31

JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的，zeovis估计只能在Linux系统中适用。

你好，可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗

作者
Author: aerogel 时间: 2024-12-27 15:08

Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好，请问我在Linux上面运行zeovis，没有显示任何错误，但是VMD还是没有图像，请问这个是咋回事呢？

同问，你解决了吗

作者
Author: JCenter 时间: 2025-2-15 22:06

aerogel 发表于 2024-12-26 21:31
你好，可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗

在zeovis目录下有一个文件README,里面有详细的过程

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