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标题: 求助：amber软件，为什么体系加热后，膜4个角处不存在水分子？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-12-21 20:24
标题: 求助：amber软件，为什么体系加热后，膜4个角处不存在水分子？
老师好，
我在用amber跑一个膜蛋白和小分子复合物的体系，在给体系加热后，存出体系PDB，我发现膜蛋白4个角周围都没有水分子，我用的heat.in如下：
&cntrl
  imin = 0,
  irest = 0,
  ntx = 1,
  nstlim = 500000,
  dt = 0.002,
  ntc = 2,
  ntf = 2,
  tol = 0.000001,
  iwrap = 1,
  ntb = 2,
  ntp = 1,
  pres0=1.0,
  taup = 2.0,
  cut = 10,
  ntt = 3,
  gamma_ln = 2.0,
  tempi = 0.0,
  temp0 = 310.0,
  ntpr = 5000,
  ntwx = 5000,
  ntwr = 5000,
  ntr = 1,
  restraintmask = '!:WAT, Na+, Cl-',
  restraint_wt = 10,
  ntxo = 1,
  ioutfm = 0,
  ig = -1,
  ntwprt = 0,
  vlimit=10
/

请问老师这是因为什么？这样的体系正常吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 01:59
描述得太抽象
上传压缩后的结构文件，或者贴出截图

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-12-24 17:52
老师，非常抱歉。体系加热后存出来的PDB如下图：

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