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标题: 求助组分与水的相互作用能为0（LJ-SR与Coul-SR） [打印本页]

作者
Author: JefferSon 时间: 2023-12-22 00:50
标题: 求助组分与水的相互作用能为0（LJ-SR与Coul-SR）
sob老师好、各位老师好，

我在模拟PEG接枝金簇与小分子钙黄绿素在水中吸附相关探究，在分析与金簇(AOL)有弱吸附的钙黄绿素(BOL)与水的相互作用时，发现相互作用能为0（LJ-SR与Coul-SR），而未吸附的钙黄绿素(MOL)则是与水相互作用能不为0（LJ-SR为-8k，Coul-SR为-2w）。因此，想问一下这种情况是为什么呢，因为我看vmd时那些弱吸附的钙黄绿素明明和水有接触，不应该多多少少会有作用能，如果没有的话，未吸附的钙黄绿素不也应该没有作用能？
我的计算是后续通过改mdp文件rerun算相互作用能的，gro和mdp文件在附件。

谢谢各位老师，祝工作顺利！
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作者
Author: JefferSon 时间: 2023-12-22 00:54
gro文件太大，我进行了压缩。

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Author: sobereva 时间: 2023-12-22 02:07
这种事一般都是组的定义有问题。注意序号和结构文件的对应关系

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Author: JefferSon 时间: 2023-12-22 07:28

sobereva 发表于 2023-12-22 02:07
这种事一般都是组的定义有问题。注意序号和结构文件的对应关系

sob老师你好，我是人为地把gro里面的钙黄绿素改成BOL和MOL，它们在之前的NPT里都是MOL，序号是根据VMD里面的resid里面的序号提取的，然后将对应的XMOL替换为XBOL，而且我在makendx里数目是对的上的，应该是没有错的，不知道您说的这个序号和结构文件的对应关系是什么呢？
或者我将这个ndx分组后的gro再跑个1ns来产出能量试试，谢谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 16:09

JefferSon 发表于 2023-12-22 07:28
sob老师你好，我是人为地把gro里面的钙黄绿素改成BOL和MOL，它们在之前的NPT里都是MOL，序号是根据VMD里 ...

直接在make_ndx里根据gro里的残基名产生组的定义

也可能计算流程有什么问题，导致edr文件里没有相应的组之间相互作用能信息

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