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标题: MOF表面吸附Li2S4，优化结构小分子跑散了，该如何处理 [打印本页]

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Author: 37010405 时间: 2023-12-22 09:45
标题: MOF表面吸附Li2S4，优化结构小分子跑散了，该如何处理
Ni基MOF 表面吸附Li2S4模型，用multiwfn生成的输入文件。文献查得4.5K以下MOF为铁磁性，故设置Ni的MAGNETIZATION 为2.0，截取4X3X0.5的晶胞，体系中Ni的个数为48，所以设置MULTIPLICITY为97. 做结构优化，现在还没结束，但是截取最后一帧来看，Li2S4的结构已经跑散了如图，感觉不合理。网上说这种原子跑散了一般都是输入文件设置有问题，但不知道问题在哪？还是再等等它还能跑回去？

另外还有一个问题，做表面切片时候要考虑上表面的断键的合理性，那下表面需要吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 17:11
净电荷为什么是-2？

Li2S4一开始摆远一点，看优化成什么

作者
Author: 37010405 时间: 2023-12-22 20:52

sobereva 发表于 2023-12-22 17:11
净电荷为什么是-2？

Li2S4一开始摆远一点，看优化成什么

感谢卢老师回复。静电荷为-2是因为图中这两个位置，原来应该是-OH，考虑到Li应该跟O作用，为了把氧暴露出来，所以建模的时候这两个位置删掉了两个H，因此将静电荷设成-2.
另外，我在建模的时候对于周期性体系切表面后的静电荷设置还有一个疑惑，也想请教您。比如我这个体系中，与体相内部的Ni相比，表面的Ni少一个羧基的配位，那设置体系静电荷时候需要考虑每个表面Ni多出来的一个正电荷吗？

好的老师，我试一下把距离提高到3看看

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 22:01

37010405 发表于 2023-12-22 20:52
感谢卢老师回复。静电荷为-2是因为图中这两个位置，原来应该是-OH，考虑到Li应该跟O作用，为了把氧暴露出 ...

用中性状态计算应当更合理

作者
Author: 37010405 时间: 2023-12-27 09:52

sobereva 发表于 2023-12-22 22:01
用中性状态计算应当更合理

老师我用中性表面，把距离拉开到3 跑来还是散的

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2023-12-27 10:29
Li2S4这类结构本身稳定性就不是那么好。。

作者
Author: 37010405 时间: 2023-12-27 10:48

喝杯热水发表于 2023-12-27 10:29
Li2S4这类结构本身稳定性就不是那么好。。

我看文献上算出来的锂硫化物结构都是完整的，有办法固定锂硫化物吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:14

37010405 发表于 2023-12-27 10:48
我看文献上算出来的锂硫化物结构都是完整的，有办法固定锂硫化物吗

体系不一样没有可比性
当前基底的原子和S成键作用如果太强，自然就会破坏Li2S4结构。你也可以先重复一下已有文章里的计算，看是当前体系的实际特点还是纯粹计算问题

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2023-12-28 10:49

37010405 发表于 2023-12-27 10:48
我看文献上算出来的锂硫化物结构都是完整的，有办法固定锂硫化物吗

我最近算过的体系。一个就是完整的，另外一个就是不完整的。基底如果跟S强结合，那不完整很正常。

作者
Author: 37010405 时间: 2023-12-28 14:47

sobereva 发表于 2023-12-28 10:14
体系不一样没有可比性
当前基底的原子和S成键作用如果太强，自然就会破坏Li2S4结构。你也可以先重复一下 ...

嗯，我对比一下看看，非常感谢

作者
Author: 37010405 时间: 2023-12-28 14:49

喝杯热水发表于 2023-12-28 10:49
我最近算过的体系。一个就是完整的，另外一个就是不完整的。基底如果跟S强结合，那不完整很正常。

明白，谢谢

作者
Author: lypsysu 时间: 2024-5-21 17:18
37010405老师您好，请问您还记得您做这个MOF结构优化的参数吗？本小白最近也在做这个结构的优化，但是切完平面和添加真空层后一直无法收敛。

作者
Author: 37010405 时间: 2024-7-2 10:38
哪个参数

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