计算化学公社

标题: 如何处理蛋白小分子体系周期性 [打印本页]

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2023-12-22 11:15
标题: 如何处理蛋白小分子体系周期性
我将小分子随机放在有蛋白的水盒子里。我用-pbc mol和-pbc nojump处理完轨迹后，蛋白能够保持完整，但是小分子却一直处在水盒子外部。请问这种情况我应该如何处理周期性使得蛋白和小分子的轨迹都保持完整呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 16:37
截图说明处在外部具体是什么情况。
边界处的小分子若保持完整，必然有原子处在外部。问题是矛盾的

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2023-12-23 16:09

sobereva 发表于 2023-12-22 16:37
截图说明处在外部具体是什么情况。
边界处的小分子若保持完整，必然有原子处在外部。问题是矛盾的

非常感谢老师的回复，以下是我的情况，中间黄色的是蛋白，两边红色的是小分子。我是先用-pbc mol处理后再-pbc nojump得到的轨迹。D:\AD-docking\pbc.png

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 01:16

ｃｌａｒｅ发表于 2023-12-23 16:09
非常感谢老师的回复，以下是我的情况，中间黄色的是蛋白，两边红色的是小分子。我是先用-pbc mol处理后再 ...

我不知道你所谓的“完整”是什么意思
如果在盒子范围里才叫完整，显然不能用nojump

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2023-12-28 09:56

sobereva 发表于 2023-12-24 01:16
我不知道你所谓的“完整”是什么意思
如果在盒子范围里才叫完整，显然不能用nojump

老师，我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃，所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端跳跃，轨迹保持连续，但是小分子会距离蛋白很远。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:03

ｃｌａｒｅ发表于 2023-12-28 09:56
老师，我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃，所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端 ...

弄清楚是PBC的原因还是实际中本来就脱离了

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2023-12-28 10:43

sobereva 发表于 2023-12-28 10:03
弄清楚是PBC的原因还是实际中本来就脱离了

老师，是pbc的原因，我的小分子在初始时就是随机放在盒子里的。我在看未处理的原始轨迹时，发现小分子在一些时刻是可以结合在蛋白上的，但是用nojump处理完后，轨迹的整个过程小分子都和蛋白距离很远。距离远到超出了盒子大小。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2023-12-28 16:37

ｃｌａｒｅ发表于 2023-12-28 09:56
老师，我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃，所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端 ...

用-center 把蛋白放在盒子中间看？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-29 04:36

ｃｌａｒｅ发表于 2023-12-28 10:43
老师，是pbc的原因，我的小分子在初始时就是随机放在盒子里的。我在看未处理的原始轨迹时，发现小分子在 ...

肯定中途失去了结合
如果配体一直和蛋白质处于结合状态，nojump之后肯定还是结合在一起运动出盒子的

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-29 10:12
先-pbc nojump输出system，再-fit rot+trans叠合蛋白backbone输出复合物

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2023-12-29 14:58

sobereva 发表于 2023-12-29 04:36
肯定中途失去了结合
如果配体一直和蛋白质处于结合状态，nojump之后肯定还是结合在一起运动出盒子的

是的老师，中途小分子是会离开蛋白进入溶剂中。所以不清楚这种情况要如何处理周期性。

作者
Author: ｃｌａｒｅ 时间: 2024-1-2 16:24

LiuSX 发表于 2023-12-29 10:12
先-pbc nojump输出system，再-fit rot+trans叠合蛋白backbone输出复合物

非常感谢您的建议，我尝试过后发现还是不行。蛋白固定了，但是小分子依旧无法像未处理周期性一样在蛋白表面停留并离开，而是一直和蛋白保持较远距离。

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