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标题: 请教一下RMSD分析的问题，目前是否算是收敛了 [打印本页]

作者
Author: Newbee_Ccc 时间: 2023-12-22 13:04
标题: 请教一下RMSD分析的问题，目前是否算是收敛了
各位老师好！先感谢下论坛，从论坛查了很多资料，能够让我将整个程序跑完。现在我是在做一个含有金属的蛋白与底物小分子的MD。在跑完之后，rmsd分析结果如图，发现在17900ps左右的时候rmsd突然增大。参考了老师说的方法，将180000帧和182410帧比较之后发现，偏差主要发生在整个蛋白的loop区域和末端。小分子底物区域没有什么特别大的变化，请问这样的结果可以用吗？

先谢谢大家了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 16:40
如果当前研究和那部分没直接关系就可以用。也可以只对感兴趣的残基部分计算RMSD来证明这部分已经充分收敛了

作者
Author: Newbee_Ccc 时间: 2023-12-22 20:24

sobereva 发表于 2023-12-22 16:40
如果当前研究和那部分没直接关系就可以用。也可以只对感兴趣的残基部分计算RMSD来证明这部分已经充分收敛了

感谢sob老师的回复，我这就按照这个方案处理。再次感谢！

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-23 15:15

Newbee_Ccc 发表于 2023-12-22 20:24
感谢sob老师的回复，我这就按照这个方案处理。再次感谢！

你好，如果按照这样处理，忽略loop区和末端的变化，需要做哪些说明呢

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