计算化学公社

标题: 求助：如何解决Gauss对有机小分子结构进行opt＋freq后，结构脱去了一个CO2的问题？ [打印本页]

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 15:05
标题: 求助：如何解决Gauss对有机小分子结构进行opt＋freq后，结构脱去了一个CO2的问题？
我对如图所示的有机小分子进行Gauss的opt＋freq后，发现输出的log文件脱去了一个CO2分子，以下是我输入的gjf文件、以及输入和输出的结构文件，这种情况应该怎么解决呢？

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-12-22 15:11
电荷和自旋多重度没有设置正确

作者
Author: pal 时间: 2023-12-22 15:14
这个分子的电荷和自旋多重度确定是正确的么

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-22 15:15
极大极大概率是因为这个结构本来就不合理。

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 15:27

mfdsrax2 发表于 2023-12-22 15:11
电荷和自旋多重度没有设置正确

好的，谢谢您的解答，我重新再设置一下

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 15:27

pal 发表于 2023-12-22 15:14
这个分子的电荷和自旋多重度确定是正确的么

谢谢您的解答，我是直接将mol2文件用Gauss转为gjf文件，进行后续的opt＋freq，所以我一直都是直接用的Gauss输出的电荷和自旋多重度，但是我看了一下mol2文件，发现有一个O是带一个负电荷的，这种情况我是不是应该需要再重新手动设置一下电荷和自旋多重度呢？

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-12-22 15:38

kirsty1019 发表于 2023-12-22 15:27
谢谢您的解答，我是直接将mol2文件用Gauss转为gjf文件，进行后续的opt＋freq，所以我一直都是直接用的Gau ...

根据量化知识自己设置，任何时候都要自己检查，程序没有这么聪明

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 15:48

牧生发表于 2023-12-22 15:15
极大极大概率是因为这个结构本来就不合理。

好的，谢谢您的解答，我注意一下这个问题

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 15:48

kimariyb 发表于 2023-12-22 15:38
根据量化知识自己设置，任何时候都要自己检查，程序没有这么聪明

好的，谢谢您，我自己设置一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 16:46
存在去质子化的羧基，显然净电荷应该-1，自旋多重度为1

不要随便简写Gaussian

这是荒谬的组合：
%nprocs=56
%mem=10GB

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: kirsty1019 时间: 2023-12-22 20:27

sobereva 发表于 2023-12-22 16:46
存在去质子化的羧基，显然净电荷应该-1，自旋多重度为1

不要随便简写Gaussian

好的，谢谢老师，我注意一下。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-26 08:24
帮你跑了一下，一切正常
(, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: kirsty1019 时间: 2024-1-3 10:32

牧生发表于 2023-12-26 08:24
帮你跑了一下，一切正常

好的，我看到啦，谢谢您，我自己试了一下，没问题啦

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