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标题: 求助用Multiwfn和VMD绘制分子HOMO和LUMO图，显示分子中间的S-S键断裂 [打印本页]

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2023-12-22 17:23
标题: 求助用Multiwfn和VMD绘制分子HOMO和LUMO图，显示分子中间的S-S键断裂
向老师请教：用Multiwfn和VMD绘制分子HOMO和LUMO图，但是结果显示分子中间的S-S键断裂，这种情况是绘制有误还是什么

作者
Author: 乐平 时间: 2023-12-22 18:34
本帖最后由乐平于 2023-12-22 19:13 编辑

其实吧，所有的模型显示软件，例如 VMD, GaussView, VESTA, Jmol, OVITO 等等，显示的都不是“化学键”，只是原子之间的连接方式而已。

之所以会出现所谓的“化学键”断开，只不过是上述这些程序用来判断原子是否连接在一起的默认值小于你的模型中某两个原子的实际距离，导致程序认为这两个原子没有连接。

你只需要修改判断值，就能把“连接线”，或者“连接棒”显示出来了。

VMD 的显示操作如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 19:07
老生常谈的问题
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2023-12-23 10:39

乐平发表于 2023-12-22 18:34
其实吧，所有的模型显示软件，例如 VMD, GaussView, VESTA, Jmol, OVITO 等等，显示的都不是“化学键”，只 ...

我试了一下改了这个Distance cut0ff，但是我发现我一改所有的都变了，HOMO的分布感觉也变了，就变成图上这种，感觉很奇怪

作者
Author: 超限制抱怨 时间: 2023-12-23 14:53

星星到齐了吗发表于 2023-12-23 10:39
我试了一下改了这个Distance cut0ff，但是我发现我一改所有的都变了，HOMO的分布感觉也变了，就变成图上 ...

原子颜色怎么调整的啊

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2023-12-25 08:20

超限制抱怨发表于 2023-12-23 14:53
原子颜色怎么调整的啊

原子颜色你是指图上的蓝绿吗，那是计算HOMO的结果，其他的就是它本来的颜色啊，O是红的S是黄的，没有调整

作者
Author: 超限制抱怨 时间: 2023-12-25 08:55

星星到齐了吗发表于 2023-12-25 08:20
原子颜色你是指图上的蓝绿吗，那是计算HOMO的结果，其他的就是它本来的颜色啊，O是红的S是黄的，没有调整

我是说第一张图的球棍模型的颜色

作者
Author: 星星到齐了吗 时间: 2023-12-25 15:56

超限制抱怨发表于 2023-12-25 08:55
我是说第一张图的球棍模型的颜色

这不是自带的吗，我没有改它

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