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标题: 想要生成KCl,Cl-以及水合氢离子H3O+的top文件用什么来生成比较好？ [打印本页]

作者
Author: Are 时间: 2023-12-23 11:50
标题: 想要生成KCl,Cl-以及水合氢离子H3O+的top文件用什么来生成比较好？
请问大家，想要生成KCl,Cl-以及水合氢离子H3O+的top文件用什么来生成比较好？可以用sobtop来生成吗，或者有没有其他更好的方法啊

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-23 19:33
水合氢离子用sobtop是必然的首选。

单个离子，部分可以用gmx自带的参数。如果想用更好一点的参数，就找已经公布的参数就行，如果自己不会写，就从这里的支撑材料抄作业就行，会复制粘贴就OK。
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

作者
Author: Are 时间: 2023-12-25 20:15

牧生发表于 2023-12-23 19:33
水合氢离子用sobtop是必然的首选。

单个离子，部分可以用gmx自带的参数。如果想用更好一点的参数，就找 ...

谢谢大神，如果生成KCl的top文件是用什么软件比较好呀请问？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-25 20:46

Are 发表于 2023-12-25 20:15
谢谢大神，如果生成KCl的top文件是用什么软件比较好呀请问？

大声朗读以下内容

单个离子，部分可以用gmx自带的参数。如果想用更好一点的参数，就找已经公布的参数就行，如果自己不会写，就从这里的支撑材料抄作业就行，会复制粘贴就OK。
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

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作者
Author: Are 时间: 2023-12-25 21:17

牧生发表于 2023-12-25 20:46
大声朗读以下内容

实在抱歉，我一开始的理解是只有CL-的top文件可以这样得到。实际上KCL只需要将K+和CL-的结合在一起就行吗？那请问在哪里能找到已经公布的参数啊？非常抱歉，我刚开始接触gromacs，所以问的问题可能太弱智了

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-26 07:10
本帖最后由牧生于 2023-12-26 08:19 编辑

Are 发表于 2023-12-25 21:17
实在抱歉，我一开始的理解是只有CL-的top文件可以这样得到。实际上KCL只需要将K+和CL-的结合在一起就行吗 ...

如果自己不会写，就从这里的支撑材料抄作业就行，会复制粘贴就OK。
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

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如果还不会，看这里分子动力学与GROMACS程序培训班
http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

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