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标题: cp2k软件做AIMD模拟时出现的问题 [打印本页]

作者
Author: learn-GAUSSIAN 时间: 2023-12-23 16:48
标题: cp2k软件做AIMD模拟时出现的问题
本帖最后由 learn-GAUSSIAN 于 2023-12-23 16:54 编辑

最近在用cp2k软件做AIMD模拟MOF周围水分子之间的质子传递过程，该过程牵扯着氢键的断裂，我想请问一下，如果用GFN1-xTB能不能观察到氢键的断裂，如果一定要设置电子温度的话那就不能开OT，速度就会降下来，有什么好点的意见吗？此外还在考虑采用周期性结构还是孤立体系放在大盒子中跑，哪个更好一些

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 01:01
甭用GFN1-xTB，描述纯水不理想，密度都严重离谱，很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能用的选择PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH
若无特殊情况就当周期性跑

作者
Author: learn-GAUSSIAN 时间: 2023-12-24 13:04

sobereva 发表于 2023-12-24 01:01
甭用GFN1-xTB，描述纯水不理想，密度都严重离谱，很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能 ...

谢谢老师，我还有一个疑问就是我在做NPT时，我想做固定原子绝对位置冻结的NPT_IA，在利用Multiwfn进行部分原子冻结之后发现输出的轨迹中原子还是移动的，后来查了一下，固定是固定的原子分数坐标，该如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 21:03

learn-GAUSSIAN 发表于 2023-12-24 13:04
谢谢老师，我还有一个疑问就是我在做NPT时，我想做固定原子绝对位置冻结的NPT_IA，在利用Multiwfn进行部 ...

没法固定绝对坐标，本来也没固定的意义

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-12-25 16:32
本帖最后由七尺贱于 2023-12-25 19:16 编辑

sobereva 发表于 2023-12-24 01:01
甭用GFN1-xTB，描述纯水不理想，密度都严重离谱，很可能是对水之间的氢键描述不理想所致
起码用最便宜的能 ...

老师xtb中有描述水环境中的质子转移比较合理的方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-26 02:24

七尺贱发表于 2023-12-25 16:32
老师xtb中有描述水环境中的质子转移比较合理的方法吗

没有令人放心的
没必要冒险

作者
Author: learn-GAUSSIAN 时间: 2023-12-30 11:14

sobereva 发表于 2023-12-24 21:03
没法固定绝对坐标，本来也没固定的意义

谢谢老师

作者
Author: learn-GAUSSIAN 时间: 2023-12-30 11:16

sobereva 发表于 2023-12-24 21:03
没法固定绝对坐标，本来也没固定的意义

还有一个问题，请问老师cp2k中怎么设置负背景电荷，我看了一篇文献说是在Ewald字段可以设置，但是去手册上看没有找到具体设置负背景电荷的方法，期待老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-31 10:28

learn-GAUSSIAN 发表于 2023-12-30 11:16
还有一个问题，请问老师cp2k中怎么设置负背景电荷，我看了一篇文献说是在Ewald字段可以设置，但是去手册 ...

如果你是指符号相反的均匀的补偿背景电荷，当你做带电体系的周期性计算时自动就会考虑

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