计算化学公社

标题: NVT平衡后蛋白质脱离盒子，配体在盒子里 [打印本页]

作者
Author: 任佛儿A 时间: 2023-12-23 22:16
标题: NVT平衡后蛋白质脱离盒子，配体在盒子里
(, 下载次数 Times of downloads: 14) 如图所示，平衡后配体在盒子里，而蛋白几乎已经出来，平衡之前如下图所示，希望各位老师帮忙看一下，非常感谢！！！！
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 01:06
trjconv接上-pbc res转换轨迹，保持残基的完整性

作者
Author: 任佛儿A 时间: 2023-12-24 12:25

sobereva 发表于 2023-12-24 01:06
trjconv接上-pbc res转换轨迹，保持残基的完整性

感谢sob老师，但是我对代码命令这方面不是很了解，您能展开说一下具体操作过程吗非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 21:06

任佛儿A 发表于 2023-12-24 12:25
感谢sob老师，但是我对代码命令这方面不是很了解，您能展开说一下具体操作过程吗非常感谢！

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt：
把里面-pbc mol改成-pbc res
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: 任佛儿A 时间: 2023-12-25 18:25

sobereva 发表于 2023-12-24 21:06
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt：
...

感谢sob老师问题解决！！！！

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