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标题: IRC为何一步还没有跑完就正常结束了？ [打印本页]

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-10 20:06
标题: IRC为何一步还没有跑完就正常结束了？
一个活泼质子氢的转移反应，为何跑IRC的时候作业正常结束了，但一步都没有跑完？附件是输出文件，还请各位前辈给点建议，是势垒太小的原因么？还是哪个参数设置的不合适？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-10 20:28
胡说，分明跑了30步：

(, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-10 21:09

liyuanhe211 发表于 2016-10-10 20:28
胡说，分明跑了30步：

不好意思啊李老师，是我言不达意了， (, 下载次数 Times of downloads: 40)

我是想问这个react coord为何等于问号？是哪里出问题了？这个是用chemcraft打开Log文件后显示的结果

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-10 22:00

珊珊来迟发表于 2016-10-10 21:09
不好意思啊李老师，是我言不达意了，

我是想问这个react coord为何等于问号？是哪里出问题了？这个是 ...

用其他软件尝试。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-11 01:27
明明都已经正常跑完了啊，还想怎么跑，gview看到的IRC曲线也很正常
Maximum number of steps reached.
Calculation of FORWARD path complete.
Reaction path calculation complete.

Energies reported relative to the TS energy of    -1076.212813
--------------------------------------------------------------------------
Summary of reaction path following
--------------------------------------------------------------------------
                     Energy RxCoord
1                   0.00000 0.00000
2                -0.00017 0.14107
3                -0.00154 0.28600
4                -0.00543 0.43270
5                -0.01148 0.57951
6                -0.01783 0.72626
7                -0.02225 0.87196
8                -0.02433 1.01289
9                -0.02568 1.15820
  10                -0.02665 1.30405
  11                -0.02745 1.45035
  12                -0.02812 1.59692
  13                -0.02870 1.74348
  14                -0.02920 1.89011
  15                -0.02964 2.03677
  16                -0.03004 2.18340
  17                -0.03040 2.33015
  18                -0.03073 2.47687
  19                -0.03103 2.62353
  20                -0.03130 2.77026
  21                -0.03156 2.91699
  22                -0.03179 3.06379
  23                -0.03200 3.21053
  24                -0.03219 3.35720
  25                -0.03237 3.50391
  26                -0.03253 3.65062
  27                -0.03267 3.79740
  28                -0.03280 3.94413
  29                -0.03291 4.09079
  30                -0.03302 4.23752
  31                -0.03311 4.38425

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-11 09:24

sobereva 发表于 2016-10-11 01:27
明明都已经正常跑完了啊，还想怎么跑，gview看到的IRC曲线也很正常
Maximum number of steps reached.
Ca ...

恩恩，谢谢sob老师，做完IRC之后不知道怎么正确的分析结果，一直纠结于上个用chemcraft的截图显示的信息，这下用GVIEW看到IRC曲线了，谢谢老师啦

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-11 09:30

sobereva 发表于 2016-10-11 01:27
明明都已经正常跑完了啊，还想怎么跑，gview看到的IRC曲线也很正常
Maximum number of steps reached.
Ca ...

(, 下载次数 Times of downloads: 65)
另外sob老师，还有一个小问题请教您，请问文献中这种反应路径图是用什么软件做的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-11 13:12

珊珊来迟发表于 2016-10-11 09:30
另外sob老师，还有一个小问题请教您，请问文献中这种反应路径图是用什么软件做的呢？

在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-11 18:02

sobereva 发表于 2016-10-11 13:12
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320

太感谢老师啦！！！

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-12 22:47

sobereva 发表于 2016-10-11 01:27
明明都已经正常跑完了啊，还想怎么跑，gview看到的IRC曲线也很正常
Maximum number of steps reached.
Ca ...

sob老师，产物方向IRC正常结束了，可为什么产物方向IRC报错，然后结果是这样的？第二个的能量突然降到这么低？附件是我的log文件，还请老师给点建议，麻烦您啦 (, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-12 22:57

珊珊来迟发表于 2016-10-12 22:47
sob老师，产物方向IRC正常结束了，可为什么产物方向IRC报错，然后结果是这样的？第二个的能量突然降到这 ...

IRC里写LQA，IRC正常跑完了看到的就正常了。

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-12 23:05

sobereva 发表于 2016-10-12 22:57
IRC里写LQA，IRC正常跑完了看到的就正常了。

恩恩，谢谢老师！

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-13 18:39

sobereva 发表于 2016-10-12 22:57
IRC里写LQA，IRC正常跑完了看到的就正常了。

sob老师您好，加了LQA关键词后IRC正常结束了。太谢谢您啦！
老师，我是要比较A ，B两条路径哪个势垒比较低，现在IRC跑完了，证明两个过渡态找的是正确的，但其中PathB的过渡态△U和△H都为负值，比反应物还要低，但△G是比反应物高的，请问老师这种情况怎么处理呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 59)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-13 18:42

珊珊来迟发表于 2016-10-13 18:39
sob老师您好，加了LQA关键词后IRC正常结束了。太谢谢您啦！
老师，我是要比较A ，B两条路径哪个势垒比较 ...

只要你的计算过程、数据读取都确保无误，自由能垒为正，就说明是严格意义的过渡态。H和U就甭管它了

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-13 18:52

sobereva 发表于 2016-10-13 18:42
只要你的计算过程、数据读取都确保无误，自由能垒为正，就说明是严格意义的过渡态。H和U就甭管它了

有没有可能是因为找到的过渡态结构不够准确？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-13 22:03

珊珊来迟发表于 2016-10-13 18:52
有没有可能是因为找到的过渡态结构不够准确？

既然IRC都跑通了，不可能不正确

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-10-16 17:37

sobereva 发表于 2016-10-11 13:12
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320

老师，enepro.exe用什么程序可以打开？双击后显示我的电脑没有程序可以打开它。。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-16 17:51

珊珊来迟发表于 2016-10-16 17:37
老师，enepro.exe用什么程序可以打开？双击后显示我的电脑没有程序可以打开它。。

origin_enepro.exe显然双击就能运行，不可能运行不了。除非你电脑软件环境被折腾得很古怪

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