计算化学公社

标题: 怎么对修饰过的单晶得到固体结构 [打印本页]

作者
Author: 11122233 时间: 2023-12-25 10:18
标题: 怎么对修饰过的单晶得到固体结构

请问，想对单晶结构加一些基团做修饰然后跑GROMACS模拟固体结构，加完基团后怎么堆积呢，我想的是如果基团比较大的话，按照原来单晶的堆积会发生干涉。

我是看的这篇文献：10.1016/j.chemphys.2023.112080，对有单晶结构的CzTrzBp加氰基然后跑GROMACS做QM/MM得到固体结构，不知道加完氰基后怎么堆积然后去跑分子动力学。

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-26 04:23
修改基团后，需要做晶体结构搜索才能得到相应分子的单晶结构。基团的简单改变就可能造成晶体结构中分子排列的显著改变，不可能跑个简单动力学就得到新的单晶结构

文献里那只是无定型结构或者团簇结构而已

作者
Author: 11122233 时间: 2023-12-26 10:04

sobereva 发表于 2023-12-26 04:23
修改基团后，需要做晶体结构搜索才能得到相应分子的单晶结构。基团的简单改变就可能造成晶体结构中分子排列 ...

谢谢老师指点，非常感谢。请问晶体结构搜索是通过http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这篇博文中的方法获得吗，望老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:11

11122233 发表于 2023-12-26 10:04
谢谢老师指点，非常感谢。请问晶体结构搜索是通过http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这篇博文中 ...

没直接关系
要用晶体结构预测程序，诸如USPEX等
做动力学也不是不能预测晶体，原则上通过非常缓慢的退火模拟得到晶体结构也可以，但模拟需要的时间尺度极长

作者
Author: 11122233 时间: 2023-12-27 09:43

sobereva 发表于 2023-12-27 01:11
没直接关系
要用晶体结构预测程序，诸如USPEX等
做动力学也不是不能预测晶体，原则上通过非常缓慢的退 ...

谢谢老师指点

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