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标题: CP2K用CI-NEB搜索过渡态时能量问题 [打印本页]

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-12-25 10:55
标题: CP2K用CI-NEB搜索过渡态时能量问题
各位，我CP2K中用CI-NEB搜索过渡态时遇到两个问题，请教一下大家，非常感谢！
1、由于我提前优化了反应物和产物，搜索过渡态时就关闭了优化始态和末态，可是我发现搜索过渡态过程中始末态的能量和优化完的反应物和产物能量不一样，请问这是怎么回事？
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2、搜索过渡态时发现如上图所示趋势不是简单的先增后减，于是我提取了能量低的2点和5点重新优化后搜索过渡态，这次还是出现差不多的趋势，请问这该怎么解决？
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作者
Author: jim 时间: 2023-12-25 16:30
本帖最后由 jim 于 2023-12-25 16:53 编辑

LZ，请问你的这个大分子体系用PBE泛函来计算，你的服务器能扛得住？

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-12-25 17:21

jim 发表于 2023-12-25 16:30
LZ，请问你的这个大分子体系用PBE泛函来计算，你的服务器能扛得住？

体系确实有点大，不过没办法，反应物就那么大了，服务器是双路80物理核心的还可以

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-26 04:19

jim 发表于 2023-12-25 16:30
LZ，请问你的这个大分子体系用PBE泛函来计算，你的服务器能扛得住？

这种大小的体系用速度极快的CP2K做纯泛函计算毫无压力

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-26 06:16
确保优化极小点和跑CI-NEB的和能量有关的设置严格一致，如CUTOFF、色散校正、盒子参数等，输入文件对照着仔细检查
对于含Mg的体系结合GTH赝势基组，当前CUTOFF明显偏小

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-12-26 11:36

sobereva 发表于 2023-12-26 06:16
确保优化极小点和跑CI-NEB的和能量有关的设置严格一致，如CUTOFF、色散校正、盒子参数等，输入文件对照着仔 ...

原来设置要一致啊，谢谢sob老师指点

作者
Author: jim 时间: 2023-12-26 17:19

sobereva 发表于 2023-12-26 06:16
确保优化极小点和跑CI-NEB的和能量有关的设置严格一致，如CUTOFF、色散校正、盒子参数等，输入文件对照着仔 ...

sob老师，请问这种大分子与催化材料结合的时候是否要用molclus来优化下它们结合的部位，还是直接做结构优化？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:13

jim 发表于 2023-12-26 17:19
sob老师，请问这种大分子与催化材料结合的时候是否要用molclus来优化下它们结合的部位，还是直接做结构优 ...

拿单一初猜结构优化可能会优化到亚稳结构
有条件的话最好跑动力学，每隔一定时间取一个结构当初始结构，分别优化，取能量最低的作为最稳定的吸附结构

作者
Author: jim 时间: 2023-12-27 17:01

sobereva 发表于 2023-12-27 01:13
拿单一初猜结构优化可能会优化到亚稳结构
有条件的话最好跑动力学，每隔一定时间取一个结构当初始结构， ...

请问sob老师，以LZ的研究对象为例，请问是否可以按照如下步骤搜索大分子与催化材料最佳结合部位：（参照您的帖子“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”

）
1、在Gaussian或MS等软件建模，将大分子与催化材料摆放差不多的位置，然后生成xyz文件，命名为：A.xyz；
2、构建md.inp文件，参照您帖子中的“4第一步：用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟”；
3、参照您帖子中的“5 第二步：用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”；
4、参照您帖子中的“6 第三步：用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化”；
5、还需要参照您帖子中的“7 第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”来进一步更高级别的计算吗？如果需要，但是这么大体系调用Gaussian/ORCA，成功的几率应该不大吧？
辛苦sob老师！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:05

jim 发表于 2023-12-27 17:01
请问sob老师，以LZ的研究对象为例，请问是否可以按照如下步骤搜索大分子与催化材料最佳结合部位：（参照 ...

当前是对周期性模型做周期性计算，跟Gaussian、ORCA、xtb根本没直接关系

作者
Author: jim 时间: 2023-12-28 11:25

sobereva 发表于 2023-12-28 10:05
当前是对周期性模型做周期性计算，跟Gaussian、ORCA、xtb根本没直接关系

这个帖子我知道是搜索过渡态，我是针对您回答的8#有关亚稳结构来说的，因为您的帖子“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”中没涉及到催化材料吸附大分子相关的例子，所以借楼问问您。我和LZ做得有些相似，也是催化材料催化降解大分子，所以特别关心，谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-29 04:38

jim 发表于 2023-12-28 11:25
这个帖子我知道是搜索过渡态，我是针对您回答的8#有关亚稳结构来说的，因为您的帖子“使用Molclus结合xtb ...

催化材料是周期性体系，和瑞德西韦那篇文章要用的程序明显不一样，瑞德西韦又不是周期性体系

作者
Author: jim 时间: 2023-12-30 10:17

sobereva 发表于 2023-12-29 04:38
催化材料是周期性体系，和瑞德西韦那篇文章要用的程序明显不一样，瑞德西韦又不是周期性体系

明白了，谢谢sob老师。我在论坛中查了下，好像没见molclus应用于周期性材料的例子或者帖子，请问molclus是否可以应用于这种周期性材料与大分子结合方式的搜索？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-31 10:28

jim 发表于 2023-12-30 10:17
明白了，谢谢sob老师。我在论坛中查了下，好像没见molclus应用于周期性材料的例子或者帖子，请问molclus ...

不正常周期性的情况

作者
Author: jim 时间: 2024-1-2 10:23

sobereva 发表于 2023-12-31 10:28
不正常周期性的情况

sob老师新年好！非常冒昧地问一下，我搜索了“不正常周期性、Molclus”，好像没见相关的内容，请问是否能再稍微详细地指点我们一下。我现在想将周期性材料与大分子结合方式全局搜索一下，卡这儿了动不了了，我的猜想是：全局搜索后再进一步结构优化，然后再用CI-NEB来搜索过渡态，看能否突破一二，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-3 03:30

jim 发表于 2024-1-2 10:23
sob老师新年好！非常冒昧地问一下，我搜索了“不正常周期性、Molclus”，好像没见相关的内容，请问是否能 ...

按我8楼说的方式处理

作者
Author: jim 时间: 2024-1-3 09:24

sobereva 发表于 2024-1-3 03:30
按我8楼说的方式处理

越来越清晰了

请问是gromacs是吧？那我先去跑跑分子动力学，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 10:57

jim 发表于 2024-1-3 09:24
越来越清晰了请问是gromacs是吧？那我先去跑跑分子动力学，谢谢

CP2K跑基于DFT的AIMD

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