计算化学公社
标题: py.Aroma: 芳香性计算辅助工具 [打印本页]
作者Author: wangzhe 时间: 2023-12-25 15:48
标题: py.Aroma: 芳香性计算辅助工具
本帖最后由 wangzhe 于 2023-12-25 17:20 编辑
本人之前练习编程的时候写过几个NICS分析的辅助程序，用来生成Gaussian输入文件以及处理其输出文件。后来将这些脚本整合到了一个程序里，命名为py.Aroma。
最近将py.Aroma更新了一下，决定借这个平台宣传一下。
程序由python编写，使用PyQt6作为GUI，同时使用了NumPy, Matplotlib, NetworkX, Openpyxl库。提供打包好的Mac .app和Windows .exe程序，可下载后直接运行。
主要功能如下：
- 绘制BLA
- 自动识别分子内的环状结构，并计算HOMA（不需要指定原子序号）
- 计算POAV
- NICS：一键为分子内所有环状结构添加Bq原子
- 为扭曲环以及环平面不与XY面平行的环计算NICS_ZZ
- NICS Scan
- 2D/3D NICS（ICSS）
- NICS积分（INICS）
- NMR：允许用户使用标度法或者设置reference并绘制NMR图谱
- 自动生成Supporting information
更详细的介绍欢迎阅读用户手册。
下面是几张截图，供参考。
(, 下载次数 Times of downloads: 189)
(, 下载次数 Times of downloads: 193)
(, 下载次数 Times of downloads: 193)
(, 下载次数 Times of downloads: 191)
PS：上图里的hf/sto-3g只是用来测试的，并非正经的计算
作者Author: xxxhhh 时间: 2024-10-5 13:58
你好，我课题组最近在算杯吡咯衍生物，其中有一些环明显偏离重原子平均平面。
我注意到这款软件自4.0其支持倾斜环的NICS，但主页提供的Windows版我这边下载不了，GitHub网站的发行页也只有源代码。请问能否在GitHub网站的发行页上也提供.exe文件的下载？
另外，课题组算的有些中间体的金属配合物的中心金属明显偏离配位原子所在平均平面，因此在这些配位原子的几何中心也加了Bq原子，请问选择倾斜环的时候能否以Bq原子作为多边形顶点？
作者Author: wangzhe 时间: 2024-10-7 08:15
github的文件上传有size限制，可以向我发邮件索要。
作者Author: wal 时间: 2025-4-19 17:02
我载入了一个multiwfn生成的NICS 2D输出文件，程序似乎把这个当成NICS zz的输出了
(, 下载次数 Times of downloads: 133)
或者说我没找到地方？
还挺喜欢py.Aroma的可视化的，所以想问一下程序区分不同NICS输出文件的判断依据是什么呢，如果不太复杂的话我想捣鼓个脚本修饰一下格式
作者Author: wangzhe 时间: 2025-4-19 22:13
py.Aroma是通过文件名区分计算类型的，如果文件名中有“_2D_NICS"的话会被自动识别为2D NICS的输出文件，详见10.3390/chemistry6060103的SI的Fig.S1
我把您提供的文件名改了一下用py.Aroma打开发现程序会闪退，大概看了一下应该是Multiwfn对Bq定义的顺序和我的不一样所以会报错
作者Author: wal 时间: 2025-4-19 22:24
嗯嗯，我后面注意到说明书上的提示，尝试改了一下也闪退，看来还是要用您的程序产生输入文件
您有考虑过提供一些生成输入文件的API接口嘛，我这边大量计算的时候还挺需要纯脚本运行的，所以现在比较依赖multiwfn，hh
作者Author: wangzhe 时间: 2025-4-21 10:06
有时间的话我可以尝试一下，不过最近比较忙。。
py.Aroma的可视化完全基于matplotlib，如果您有时间的话可以根据自己的需要修改一下程序
作者Author: wal 时间: 2025-4-21 18:16
没事的，紧着您方便来，我这边不是刚需hhh
我尝试过用mathplotlib写可视化，无奈技术力不够(我代码基本全靠AI)实现不了，改天我学习一下您的代码
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |