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标题: 碳纳米管拼接高斯优化问题怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 许豪铭 时间: 2024-1-3 14:34
标题: 碳纳米管拼接高斯优化问题怎么解决？
本帖最后由许豪铭于 2024-1-3 14:41 编辑

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Gaussian 09:  IA32W-G09RevC.01 23-Sep-2011
            25-Dec-2023
******************************************
%chk=E:\MS\tube5-2-dhy-3.chk
-------------------------
# opt freq b3lyp/6-31g(d)
-------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
MaxRes exceeded in AddRes.
Error termination via Lnk1e in D:\xuniji\Gaussian\G09W\l101.exe at Mon Dec 25 17:01:41 2023.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

请教一下两个纳米碳管的拼接优化问题

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-1-3 14:54
（1）b3lyp/6-31g(d)算不动这么大的体系，用任何程序都这样，不止Gaussian；（2）你用的是32位Win版Gaussian，上限只能用4核1GB的资源，这在b3lyp/6-31g(d)下只能算十几个原子。当然，即使你把程序换成64位Linux版Gaussian，也逃不脱（1）的限定。

作者
Author: 许豪铭 时间: 2024-1-3 15:10

zjxitcc 发表于 2024-1-3 14:54
（1）b3lyp/6-31g(d)算不动这么大的体系，用任何程序都这样，不止Gaussian；（2）你用的是32位Win版Gaussia ...

老师您好，那您有什么建议可以优化拼接碳纳米管呀？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-1-3 16:13

许豪铭发表于 2024-1-3 15:10
老师您好，那您有什么建议可以优化拼接碳纳米管呀？

经典力场

作者
Author: 许豪铭 时间: 2024-1-3 17:01

zjxitcc 发表于 2024-1-3 16:13
经典力场

老师您好，用什么软件的经典力场来优化呀

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 09:59
先确保gview里看到的键连关系都合理，不合理就改合理了，然后保存成含有键连关系的mol2文件。之后用openbabel、avogadro等免费程序都可以做基于分子力场的几何优化。用Gaussian基于UFF力场也可以

作者
Author: 许豪铭 时间: 2024-1-4 13:10

sobereva 发表于 2024-1-4 09:59
先确保gview里看到的键连关系都合理，不合理就改合理了，然后保存成含有键连关系的mol2文件。之后用openbab ...

感谢sob老师

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