计算化学公社

标题: 关于使用sobEDAw分析三个片段间的相互作用所遇到的问题。 [打印本页]

作者
Author: ZhenGong 时间: 2023-12-25 20:33
标题: 关于使用sobEDAw分析三个片段间的相互作用所遇到的问题。
老师好，我在使用sobEDAw进行三个片段之间的相互作用分析时，有一些疑惑。我将我的体系分成A、B和C三个片段，如果我想知道A与B、B与C以及A与C之间的相互作用，应该在哪里找到具体的结果？输出的结果如下：

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-26 03:51
用三个片段计算，sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作用能和成份，只能依次取二聚体模型用sobEDA.sh来算

作者
Author: ZhenGong 时间: 2023-12-26 14:07

sobereva 发表于 2023-12-26 03:51
用三个片段计算，sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作 ...

谢谢老师的指导，还有一个问题想要请教，如果我选取两个片段单独计算的话，我是否可以将第三个片段考虑成外势加到我的计算当中去？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:17

ZhenGong 发表于 2023-12-26 14:07
谢谢老师的指导，还有一个问题想要请教，如果我选取两个片段单独计算的话，我是否可以将第三个片段考虑成 ...

原理上可以。但当前的脚本没考虑这种特殊情况，得自己折腾

作者
Author: 飞奔的点点 时间: 2025-3-3 14:31

sobereva 发表于 2023-12-26 03:51
用三个片段计算，sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作 ...

老师，我有个分子，那么我想分为三个片段A,B,C。那么如果我想知道A和B的相互作用，是要把C包含的原子删除么，然后把A和B组成一个整体，然后再划分2个片段？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-4 16:46

飞奔的点点发表于 2025-3-3 14:31
老师，我有个分子，那么我想分为三个片段A,B,C。那么如果我想知道A和B的相互作用，是要把C包含的原子删除 ...

是。只不过这样体现不出来C对A和B的极化以及电荷转移作用，但多数情况这种效应可以忽略，看具体体系

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)