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标题: 分子团簇索引文件建立问题 [打印本页]

作者
Author: reddy 时间: 2023-12-26 15:52
标题: 分子团簇索引文件建立问题
本人用gromacs进行离子液体和乙酸乙酯/环己烷共沸物之间的分子动力学模拟，想要看看离子液体和乙酸乙酯之间的团簇，使用了如下指令：gmx clustsize -f mdnoPBC.xtc -s md.tpr -n index.ndx -mcn -cut 0.3，但是index.ndx索引文件不知道怎么建，哪位大佬可以教一下吗？不胜感激。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:43
看清楚板块再发贴！gromacs的问题发到量子化学版块做什么？这次给你移动了，下次删帖扣分处理

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:45
没法专门获得“之间的团簇”。虽然可以把离子液体和乙酸乙酯一起定义为一个组，但这样分析出来的结果同时会包含纯乙酸乙酯的团簇和纯离子液体的团簇

作者
Author: reddy 时间: 2023-12-27 08:24

sobereva 发表于 2023-12-27 01:45
没法专门获得“之间的团簇”。虽然可以把离子液体和乙酸乙酯一起定义为一个组，但这样分析出来的结果同时会 ...

好的谢谢老师

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Author: reddy 时间: 2023-12-27 08:30

sobereva 发表于 2023-12-27 01:45
没法专门获得“之间的团簇”。虽然可以把离子液体和乙酸乙酯一起定义为一个组，但这样分析出来的结果同时会 ...

你好老师我能不能这样算出来，之后建一个纯的乙酸乙酯和离子液体的，然后减去纯的乙酸乙酯和纯的离子液体的数目，

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Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:18

reddy 发表于 2023-12-27 08:30
你好老师我能不能这样算出来，之后建一个纯的乙酸乙酯和离子液体的，然后减去纯的乙酸乙酯和纯的离子 ...

没有意义
两类分子（A和B）一起统计时，诸如可能会有3个A和2个B分子形成的一个五聚体团簇，而单独分析分析A类分子时这也会视为一个3A团簇、单独分析B类分子时这也视为一个2B团簇，结果导致减完了都成负数了

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