计算化学公社

标题: 能量最小化后，MD能正常运行，但是发现部分分子断裂，请问怎么解决 [打印本页]

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2023-12-26 21:12
标题: 能量最小化后，MD能正常运行，但是发现部分分子断裂，请问怎么解决
本帖最后由 lzj-ustb 于 2023-12-27 10:49 编辑

用packmol生成三明治界面模型，中间为氯离子，钠离子和水，两层为两性表面活性剂，总电荷为0
这是单个表活的pdb 文件和体系的pdb
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
用的GAFF力场，Sobtop生成的itp。这是能量最小化和动力学的mdp文件top文件，还有表面活性剂分子的itp文件
NVT，没有冻结，约束，初速度
没有特殊的原子，观察结构没有问题
(, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 7)
一共1ns，最后几帧发现有表面活性剂分子断裂了，500ps时还没有断裂
各种设置都很常见。请问可能是什么原因，如何解决？
谢谢老师！
断裂的结构文件和图片
(, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-27 01:57
没有断裂时候的结构文件或截图，没法判断是什么情况

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2023-12-27 10:50

sobereva 发表于 2023-12-27 01:57
没有断裂时候的结构文件或截图，没法判断是什么情况

已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

作者
Author: xsc6 时间: 2023-12-27 11:20

lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀，此外没有gro和xtc文件没法看轨迹

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2023-12-27 14:57

xsc6 发表于 2023-12-27 11:20
你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀，此外没有gro和xtc文件没法看轨迹

你好，图片下边是gro文件啊，压缩过的。

作者
Author: lmch 时间: 2023-12-27 15:56

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2023-12-27 21:24

lmch 发表于 2023-12-27 15:56
**** 本内容被作者隐藏 ****

算了，itp文件里[atoms]有电荷信息

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:12

lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片，请老师再看看，谢谢老师！

把盒子边框显示出来。看上去只不过是被盒子边缘截断的，这种情况没什么问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)