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标题: 求助各位老师GROMACS模拟有机物交联计算交联度的问题 [打印本页]

作者
Author: Lingwei12138 时间: 2023-12-27 09:42
标题: 求助各位老师GROMACS模拟有机物交联计算交联度的问题
像这种文章中模拟乙二醇/和淀粉链的话,在分析的时候只能对氢键(比如均方位移/径向分布函数/氢键能)的指标进行分析嘛？
如果说涉及到通过醚化、酯化交联，计算交联度这类指标通过GROMACS就不能实现了是吗?
请问各位老师有没有一些好的建议,或者通过其他软件、不局限于分子动力学模拟是否还能够实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 10:51
**指标的计算是后处理统计的事，本来就不是动力学程序分内的事。即便gromacs没自带相应的分析工具，也显然不意味着没法通过VMD tcl脚本，或者各种Python轨迹分析库，或者第三方轨迹分析程序去分析。对于动力学程序只能问能否模拟某类问题。如果是要模拟涉及共价键成键/断键的过程，gromacs做不到，需要用诸如CP2K等。

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