计算化学公社

标题: gromacs分析氢键的问题 [打印本页]

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-11 20:21
标题: gromacs分析氢键的问题
各位老师好，最近一直在自学有关gromacs的结果分析，用gmx hbond，选项-life,输出的hblife.xvg的文件，能用来说明什么问题呀？
本人菜鸟一枚，还望各位老师不要见笑。下面是输出的结果，第三列代表的是什么？
@ title "Uninterrupted hydrogen bond lifetime"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "()"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "p(t)"
@ s1 legend "t p(t)"
  10.000 2.105e-02 2.105e-01
  30.000 8.551e-03 2.565e-01
  50.000 4.985e-03 2.492e-01
  70.000 3.281e-03 2.296e-01
  90.000 2.365e-03 2.128e-01
110.000 1.739e-03 1.913e-01

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-11 22:39
计算公式在手册8.13 Hydrogen bonds一节里有说明
第一列（横坐标）是时间，第二列大抵是氢键能连续保持这么长时间不断掉的几率。第三列是前两列相乘

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-12 15:02

sobereva 发表于 2016-10-11 22:39
计算公式在手册8.13 Hydrogen bonds一节里有说明
第一列（横坐标）是时间，第二列大抵是氢键能连续保持这 ...

哦哦，好哒，谢谢老师

作者
Author: wei 时间: 2017-11-8 12:39
楼主用的应该是-life关键词，使用这个关键词会显示
HB lifetime = 0.82 ps
Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless
Use the -ac option instead and check the Forward lifetime
请问sob
1) 这个time是否真的useless?
2) - life 和 -ac区别何在？我的理解是前者是可能出现氢键几率的时间分布，后者是通过自相关予以计算不同时间片段（如0.5ps, 1ps）所形成氢键能保持的时间，我的理解对否？
3）我的体系是一个混合小分子溶液体系，如果使用-ac，gromacs会崩溃退出（segment fault），不知为什么？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 23:03

wei 发表于 2017-11-8 12:39
楼主用的应该是-life关键词，使用这个关键词会显示
HB lifetime = 0.82 ps
Note that the lifetime obtai ...

-ac的情况我忘了，-life的结果在我看来是有意义的，通过对不同实际体系的考察也能说明问题。

作者
Author: wei 时间: 2017-11-10 21:11
本帖最后由 wei 于 2017-11-11 08:08 编辑

1) 请问这个hbond算得的氢键数是怎么计算的？已经除以帧数和体系中的分子数了吗？因为这两者都是直接和氢键数量绝对值有关。
2）我的一个水溶液，如果index分别选取OW和OWHW1，测出的氢键数为0，寿命也是0；如果index都选取OWHW1和OWHW1，测出的氢键数为30w+，寿命是2.57ps，前一种方法显然不对，但为什么会有这么大的差别？3) 上述水溶液中溶质，比如A和B吧。如果我选择A分子做hbond分析，氢键个数300+，寿命1.6ps；但如果index A的一个group作为氢键受体，index A 的另一个group作为氢键给体，氢键数量降为50+（这也算合理，因为A有较多氢键给体受体可供形成别的氢键），但寿命升为4.2ps，这个我就无法理解了，按说二者寿命应该相当啊。请问为什么？
谢谢！

作者
Author: jackie 时间: 2019-12-3 15:52

sobereva 发表于 2016-10-11 22:39
计算公式在手册8.13 Hydrogen bonds一节里有说明
第一列（横坐标）是时间，第二列大抵是氢键能连续保持这 ...

按照楼主提问的数据算到110ps停止，是不是就表示分析的该氢键寿命是110ps，其出现的概率就是0.1739%？

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-5 11:02
楼主用的什么命令能详细写出来吗？我怎么分析氢键寿命显示错误。

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-7 21:01
本帖最后由 lao7 于 2019-12-9 15:21 编辑

wei 发表于 2017-11-8 12:39
楼主用的应该是-life关键词，使用这个关键词会显示
HB lifetime = 0.82 ps
Note that the lifetime obtai ...

你的理解应该是对的！我的计算发现，随着时间的增加，氢键数量逐渐增多趋于平衡。-life命令，显示纵坐标数值（GMX无给出单位，可能是无量纲）随着时间却逐渐减小，趋于平衡至零附近。两幅图此消彼长的关系，-life命令说明氢键数目稳定之后，新出现氢键的几率在逐渐变小。这是其真实的意义所在！但是，针对于-ac命令，也是递减。形式和-life命令相似，但是更长一点。

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