计算化学公社

标题: 请各位前辈帮忙看看审稿人的提问及我的回答是否可行 [打印本页]

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2023-12-27 22:08
标题: 请各位前辈帮忙看看审稿人的提问及我的回答是否可行
本帖最后由 Gonglinquan 于 2023-12-28 08:22 编辑

投稿的工作是关于聚合度为3的聚合物的热降解机理的研究，优化和振动分析采用的是B3LYP/6-311G**，单点是m062x/def2tzvp。但由于没有意识到体系存在柔性，计算方法也没有使用色散校正和频率校正因子，其中一个审稿人针对这些问题提了几个比较专业的意见，如下所示：
1. As mentioned in the computational details, theB3LYP method is used for optimization and frequency calculations. Why not usedispersion correction and frequency correction factors to obtain more accuratemolecular structure and thermally corrected values?
2. As mentioned in the line 263 to 265("Apparently, the stable configuration shows a spiral structure, and threemonomers form a cycle"). Whether this view is supported by a comprehensiveconformational search. In other words, are there other conformations that aremore stable?
3. In the paper, potential energy profiles areplotted using Gibbs free energy. It is suggested to consider the contributionof low frequency vibration modes to entropy.
针对这三条意见，我整理了一下回复的思路，想请各位前辈帮忙看看是否合理可行。
1. 计算IGMH证明分子内弱相互作用不强，以此说明不加色散校正的原因，但频率校正因子我暂时还没有思路如何回答
2. 考虑使用Gromacs跑一下分子动力学以获得多构象，然后通过molclus进行计算筛选，找出其他稳定构象，来讨论存不存在更稳定的构象。如果不存在，刚好可说明我采用的结构是合理的，如果存在，只能考虑解释确实存在更稳定的构象，相关研究可以在后续工作中进行，本工作的局限性也在文中进行说明
3. 第三条意见没有太理解到审稿人的意思，是让我计算低频振动模式对熵的贡献绘制势能面的意思吗？
希望各位前辈能不吝赐教！小弟在此提前拜谢！

作者
Author: lishen123 时间: 2023-12-28 18:01
1.不加D3可能不行吧，频率校正可以用sob老师的Shermo软件。3.低频振动模式对热力学值的影响也可以通过Shermo中使用的准RRHO模型解决。第二点按你说的应该可以。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-28 19:17
本帖最后由牧生于 2023-12-28 19:22 编辑

你尝试加上D3再算一遍优化，看看和你当前结构区别有多大，如果区别不大，倒是说得过去。。如果区别比较大，那就说不过去了。

聚合度为3，在我看来，低聚物都算不上，完全就是一个结构简单的小分子。潜意识里，我觉得聚合度应该更高才有意义。

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2023-12-28 21:04

lishen123 发表于 2023-12-28 18:01
1.不加D3可能不行吧，频率校正可以用sob老师的Shermo软件。3.低频振动模式对热力学值的影响也可以通过Sherm ...

1.就是说我在计算过程中没有添加校正因子，将out文件输入到shermo可以重新计算它的值吗？
3.我不明白的点是审稿人是要让我用熵来做势能面，还是说考虑低频振动模式对熵的影响后再重新计算自由能来做势能面

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2023-12-28 21:07

牧生发表于 2023-12-28 19:17
你尝试加上D3再算一遍优化，看看和你当前结构区别有多大，如果区别不大，倒是说得过去。。如果区别比较大 ...

加上D3计算后发现结构差别不大，应该可以说的过去了。感谢帮助！
另外关于聚合度的问题，因为如果考虑高聚合度的话，计算量会十分庞大，所以对于这部分的考虑我也有在文中进行说明，所以审稿人可能也因此没对这个问题提出疑问

作者
Author: lishen123 时间: 2023-12-29 11:15

Gonglinquan 发表于 2023-12-28 21:04
1.就是说我在计算过程中没有添加校正因子，将out文件输入到shermo可以重新计算它的值吗？
3.我不明白的 ...

1计算过程中怎么加校正因子？感觉很奇怪。3我理解的是后者。

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2023-12-29 20:15

lishen123 发表于 2023-12-29 11:15
1计算过程中怎么加校正因子？感觉很奇怪。3我理解的是后者。

1. 我理解的是在关键词里写上scale=x这个关键词；3. 我也认为是后者

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