计算化学公社

标题: 求助使用amber中的MMPBSA.py计算QM/MM PBSA的方法选择问题 [打印本页]

作者
Author: MrMr浩 时间: 2023-12-28 01:21
标题: 求助使用amber中的MMPBSA.py计算QM/MM PBSA的方法选择问题
请问用过amber中的MMPBSA.py的朋友，QM的方法只能选择amber自带的那些半经验方法吗，可以像amber中跑QM/MM MD那样外接量化软件，用DFT算QM/MM PBSA嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 11:09
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “使用amber中的MMPBSA.py计算QM/MM PBSA” 改了，以后务必注意！

作者
Author: Huschein 时间: 2023-12-28 13:54
直接去看PBSA模块，有就是有，没有就是没有，PBSA不支持interface外接的

作者
Author: Serious 时间: 2023-12-28 14:19
本帖最后由 Serious 于 2023-12-28 14:49 编辑

1）感觉应该是可以的。△G≈E(QM/MM, gas)+△G(PBSA, solv)，算QM/MM的轨迹也用来算PBSA。魔改一下sander。。
2）以上为想法，没做过QM/MM PBSA。。

作者
Author: MrMr浩 时间: 2023-12-29 08:30

Huschein 发表于 2023-12-28 13:54
直接去看PBSA模块，有就是有，没有就是没有，PBSA不支持interface外接的

那请问amber自带的那些半经验方法，精度比较好的是哪些呢，我现在用的是PM6

作者
Author: Huschein 时间: 2023-12-29 14:31

Serious 发表于 2023-12-28 14:19
1）感觉应该是可以的。△G≈E(QM/MM, gas)+△G(PBSA, solv)，算QM/MM的轨迹也用来算PBSA。魔改一下sander。 ...

理论当然简单，但是你要自己改源码，找到两个程序的interface，自己写好，我说实话你interface写好，测几个不同的体系，对比下实验Km，你都可以再发一篇了

作者
Author: Huschein 时间: 2023-12-29 14:32

MrMr浩发表于 2023-12-29 08:30
那请问amber自带的那些半经验方法，精度比较好的是哪些呢，我现在用的是PM6

没用过QM的PBSA，你看看有没有PM6的一些校正版，比如PM6H3之类的，PM6也凑合

作者
Author: Serious 时间: 2023-12-29 18:52

Huschein 发表于 2023-12-29 14:31
理论当然简单，但是你要自己改源码，找到两个程序的interface，自己写好，我说实话你interface写好，测几 ...

1）前期的搭建工作固然重要繁多；
2）还没试过在QM/MM的基础加上PBSA。。如果是小分子与受体的结合自由能，用TI或FEP，精度也不错；不清楚QM/MM PBSA的适用场景了。。

作者
Author: Huschein 时间: 2023-12-30 12:58

Serious 发表于 2023-12-29 18:52
1）前期的搭建工作固然重要繁多；
2）还没试过在QM/MM的基础加上PBSA。。如果是小分子与受体的结合自由 ...

QM的PBSA感觉没必要，有这时间可以去FEP了。除非是针对一些极特殊体系吧，反应过程中的结合能？

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