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标题: 聚类分析的速度如何提高？ [打印本页]

作者
Author: Newbee_Ccc 时间: 2023-12-28 10:18
标题: 聚类分析的速度如何提高？
请问各位老师，我在进行gmx cluster分析的时候觉得速度太慢了，300ns，4万个原子的结果要跑接近20个小时，请问这个能设置使用多个CPU或者用GPU加速吗？查了一下gmx rms里面似乎没有相关指令。麻烦大家了。现在的机器应该还好，每天可以处理700+ns的模拟，后续的聚类分析成为了限制性瓶颈，选择cutoff都要尝试好多次的。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-29 05:11
没辙，很多命令就是不支持并行
可以找个单核性能快的机子跑，或者用其它簇分析程序/库，有不少其它选择。要么自己试图并行化
情况允许的话，也可以把轨迹帧数减少（让帧的保存间隔更大）

作者
Author: Newbee_Ccc 时间: 2023-12-29 11:20

sobereva 发表于 2023-12-29 05:11
没辙，很多命令就是不支持并行
可以找个单核性能快的机子跑，或者用其它簇分析程序/库，有不少其它选择。 ...

感谢sob老师的回复，知道了问题，至少我能尝试加速了，再次感谢

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